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一种基于分子动力学模拟来识别GPIbα与vWF-A1结合面上重要残基的新方法
目的 发展一种识别受体与配体相互作用中关键氨基酸残基的计算机新方法.方法 GPIbα/vWF-A1的晶体结构取自PDB数据库;利用自由分子动力学模拟,观察GPIbα/vWF-A1复合物结合面上的盐桥和氢键的形成和演化;利用分析计算得到的这些盐桥和氢键的生存率的高低,作为度量相互作用残基对之重要性的判据.结果 在GPIbα/vWF-A1的结合面上,GPIbα的21个残基和vWF-A1的21个残基显著参与了GPIbα和vWF-A1间的相互作用,这些残基中的20个已得到突变实验的证实.结论 该方法能较好地预报和识别受体-配体相互作用中的关键残基,并可为传统的氨基酸残基突变实验和抗凝血栓药物设计提供指导.
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耐热阿拉伯糖苷酶三维结构模拟和底物对接分析
阿拉伯糖苷酶能催化L-阿拉伯糖和木糖间糖苷键的水解,在半纤维素降解及阿拉伯糖制备过程中有重要作用.源自乙醇热厌氧杆菌Thermoanaerobacter ethanolicus的阿拉伯糖苷酶具有阿拉伯糖苷酶和木糖苷酶的双重活性,且具有高度的热稳定性.为深入研究该酶的催化机理,预测了该酶的空间结构和活性中心关键残基,以便指导进一步的实验研究;使用同源模建的方法,以Thermotoga neapolitanaβ-糖苷酶3b的结构为模版,模建了T.ethanolicus阿拉伯糖苷酶的结构,并使用分子对接的方法,将底物对硝基苯基-L-阿拉伯糖苷(pNPAP)和对硝基苯基-D-木糖苷(pNPX)对接到酶的活性中心;预测的底物-酶复合物结构表明酶活性中心Asn90、Arg164、Lys201、Asp281等残基在底物结合和水解过程中可能发挥有重要的作用.
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噬菌体突变库技术在蛋白质改造中的应用
噬菌体展示突变蛋白库是以噬菌粒为载体,对蛋白质序列中的位点(特异或随机)在DNA水平上进行突变而构建的次级文库.突变蛋白库构建策略包括:寡核苷酸介导的直接位点突变、盒式突变、DNA shuffling以及错倾PCR.蛋白突变库主要应用于提高蛋白亲和力、延长半衰期、确定蛋白关键残基.
