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DNA条形码技术在中缅树鼩隆安种群和昆明种群鉴定中的研究
目的:本研究利用线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(CO1)的一段保守区域作为DNA条形码技术的研究序列,探讨DNA条形码技术对中缅树鼩隆安种群和昆明种群进行分类鉴定的可行性.方法:对22只广西隆安树鼩和21只昆明树鼩样本的CO1基因进行PCR扩增、测序,应用MEGA V5软件对序列进行比对及分析其遗传距离,采用NJ法构建系统发育树.结果:中缅树鼩种群中,隆安种群、昆明种群和海南亚种的种内遗传距离为0.00％-0.79％,种群间遗传距离为9.71％-13.59％,中缅树鼩与普通树鼩的种间遗传距离为20.43％-24.11％,存在条形码间隔.系统发育树显示:隆安种群、昆明种群及海南亚种分别聚为一小支,分支置信度高达100％.结论:本研究结果表明DNA条形码技术有助于树鼩种群和亚种的分类鉴定,经CO1基因的测序分析证实广西隆安树鼩和昆明树鼩分属不同的种群.
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细粒棘球蚴线粒体CO1基因的克隆与序列分析
目的 研究细粒棘球蚴(Echinococcus granulasus)种间遗传标记特点,为该虫种的分子分类学研究提供基础.方法 在内蒙古地区从羊肝脏采集细粒棘球蚴,肝包虫病患者手术剥离囊包后,签署知情同意书,采集细粒棘球蚴.提取虫体DNA,扩增线粒体细胞色素氧化酶1(CO1)基因,将其克隆到PGM-T载体后,用PCR技术鉴定阳性菌落,并进行测序,运用DNAstar5.0软件计算序列间的相似性,计算遗传距离,同时,应用MEGA4.0软件的大似然法(ML-Maximum Likelihood)和邻接法(NJ-Neighbor Joining)构建系统发育树,进行聚类分析.结果 细粒棘球蚴DNA扩增出的羊株、人株CO1基因序列片段长度为936 bp.同其他亲缘关系较近的属CO1基因序列比对:羊株、人株细粒棘球蚴CO1序列与黄花棘球绦虫的同源性高,分别为91.9％、91.2％;羊株、人株细粒棘球蚴CO1序列与黄花棘球绦虫位于同一分支,自展值(Boostrap)高,均为100％.羊株、人株细粒棘球蚴CO1序列所属分支与原头目的Proteocephalus macrocephalus所属分支相隔较远.结论 CO1基因序列稳定保守,无宿主特异性,可作为细粒棘球蚴理想的种间遗传标记.
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基于CO1基因序列的DNA条形码在中尼边境鼠类物种鉴定中的应用
目的 探讨了线粒体CO1基因作为DNA条形码对鼠类进行物种鉴定的可行性.方法 将从中尼边境采集到的42个鼠类标本,提取基因组DNA,用通用引物PCR法扩增线粒体CO1基因,并测序.将测序结果与GenBank中其他鼠类物种的DNA条码进行BLAST比对,并构建分子进化树.结果 本研究中有17个标本能通过PCR扩增出特异性CO1基因条带,17个标本的种内遗传距离平均值为0.035,种间遗传距离平均值为0.47,种间遗传距离是种内遗传距离的10倍以上.根据BLAST比对法,将采集到的17个标本分到不同的鼠种中.结论 CO1基因序列能够对鼠类进行有效的物种鉴定.
