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乌拉尔甘草EST资源的SSR信息分析
目的:为了在乌拉尔甘草中开发功能性EST - SSR分子标记,分析乌拉尔甘草EST - SSRs特征.方法:从NCBI公共数据库中下载乌拉尔甘草EST序列,运用DNAstar软件中的Seqman Pro程序,对下载序列进行拼接和聚类,去除冗余序列,利用SSRIT软件筛选重复序列长度≥20 bp的二、三、四、五核苷酸4种类型的SSR,统计分析乌拉尔甘草EST - SSR的特征.结果:从NCBI公共数据库中下载50666条乌拉尔甘草EST序列,剔除冗余序列,得到全长为9.28×106 bp的无冗余EST序列11100条.在这些序列中搜索出752条EST序列含有963个SSR,占无冗余EST序列的8.68％,平均每9.64 kb EST出现1个SSR位点.二核苷酸重复基元SSR出现频率高(43.41％),其次是三核苷酸(41.95％),AG/TC、GA/CT和CTT/GAA是二、三核苷酸中的优势重复基元.乌拉尔甘草EST - SSR以4～ 10次重复为主,基序长度主要集中于20～30bp.结论:乌拉尔甘草EST - SSR的出现频率高,重复类型丰富,理论上表明这些EST-SSR具有较高的可用性.本文通过对乌拉尔甘草EST资源的SSR信息的研究,为分子水平和生物信息学角度上开发乌拉尔甘草的SSR功能性标记提供了候选序列.
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小叶女贞叶片转录组研究
目的 探讨小叶女贞中化学成分生物合成的遗传基础.方法 采用Illumina/Solexa Hiseq 2000测序平台在转录水平上对小叶女贞叶片进行高通量测序,结合生物信息学方法开展基因功能注释和SSR位点搜索.结果 共获得4 907 020 800个clean reads,含4.90 Gb的有效数据.利用生物信息学对clean reads进行拼接和组装共获得157 450条Unigene,总长度、平均长度和N5o分别为115.49 Mb,734 bp和1510bp.进一步进行基因功能预测,在GO数据库中共有17 756条Unigene可被分别注释到细胞组分、分子功能和生物学过程3大类别中,将Unigene与COG数据库进行比对,可获得25个功能类别,其中大部分Unigene与叶片中物质的合成与转运相关.在KEGG数据库中进行搜索比对,Unigene可定位到21类代谢途径中,涉及重要次生代谢产物苯丙素类、黄酮类和萜类生成的Unigene数目分别为860,216和806条.利用SSR分析软件,在所有的Unigene中共搜索到17 593个SSR位点,重复类型以二核苷酸为主.结论 本研究首次对小叶女贞转录组进行测序分析,获得的参与次生代谢的关键基因可为研究小叶女贞药用成分的生物合成和调控机制研究奠定基础.
