首页 > 文献资料
-
两种基因集分析方法的有效性比较
目的 比较竞争性原假设χ~2-Fisher's精确概率法和自限性原假设SAM-GS方法作为基因集分析方法筛选富集基因集的效能,探讨两种方法的筛选效果.方法 采用两种待比较的方法处理5种不同情景下的模拟数据,比较筛选结果与模拟设定的差异,计算相应的评价指标,探讨两种方法筛选富集基因集的效果.结果 相同设定条件下,SAM-GS方法的筛选率均高于χ~2-Fisher's精确概率法.但推断结论相差不大,即当两组间均数相差较小(≤0.30)时,两种方法均不能较好地识别组间差异;相反,当两组均数差异足够大(>0.30)时,两种方法均能识别差异.结论 SAM-GS方法略优于χ~2-Fisher's精确概率法,但两种方法均可用于基因表达谱筛选富集基因集的分析.χ~2-Fisher's精确概率法的优点是可用来分析解释变量为多分类变量的数据资料.
关键词： 基因表达谱 基因集 SAM-GS χ2-Fisher's精确检验 推断 -
公共数据库GEO分析TGFB1I1在胃癌中表达及临床意义
目的 利用在线表达谱芯片数据,探讨转化生长因子-β1诱导转录蛋白1(TGFB1I1)在胃癌中的表达情况与临床病理学参数的关系,评价TGFB 1I1对胃癌的预后价值.方法 利用GEO数据库的胃癌数据集GSE62254和K-M plotter数据库,分析TGFB1 I1表达与临床病理参数的相关性及预后.采用基因集富集分析(GSEA)预测TGFB1 I1在胃癌中调控的相关基因.结果TGFB1 I1在GSE62254中的表达与性别、年龄无关;与肿瘤浸润深度(P＜0.01)、淋巴结转移(P＜0.05)、肿瘤分期(P＜0.01)、Lauren分型(P＜0.01)显著相关.TGFB1I1的表达与胃癌患者的复发和死亡显著相关(P＜0.01).K-M plotter数据库进一步验证,TGFB1I1高表达患者生存期更短(P＜0.01).TGFB1 I1高表达的肿瘤样本中富集到粘着斑、细胞外基质受体、钙通路及细胞间隙连接等基因通路.结论 利用在线数据库,发现TGFB 1I1的表达与胃癌的预后不良临床参数显著相关,TGFB1 I1高表达的患者预后更差,并且可以调控细胞粘附、转移相关的分子通路.
关键词： 胃癌 转化生长因子-β1诱导转录蛋白1 预后 基因集 -
GAGE和GSEA在基因集研究中的有效性比较
目的:研究在基因芯片数据分析中自限性原假设和竞争性原假设两类方法的优劣性和准确型,选取各自具有代表性的GAGE(Generally Applicable Gene-set Enrichment)和GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)两种基因集分析方法筛选富集基因集的效能,并探讨其筛选效果.方法:采用两种待比较的方法在实际基因表达谱数据中分析研究,比较筛选结果的准确性和科学性,探讨两种方法筛选富集基因集的效果.结果:两方法对已知的基因表达谱数据进行应用分析表明GAGE的检验效能和筛选出的基因集生物学相关性均优于GSEA.结论:GAGE作为一种自限性原假设的基因集分析方法,由于其充分利用了表达谱数据,并将表达数据分为实验集和通路集分别进行分析处理,同时考虑到基因集的上调和下调,其检验效能优于竞争性原假设的GSEA,能够得到更为准确和科学的结果.
-
SSRP1表达对乳腺癌预后的影响及其基因集富集分析
目的:探讨SSRP1和乳腺癌的临床病理特征的关系;评价SSRP1对乳腺癌患者预后评价的意义;预测SSRP1影响乳腺癌进展的方式.方法:收集NCBI的基因表达汇编(GEO)中的编码基因表达谱数据集,对乳腺癌肿瘤样本表达谱资料及其对应的临床信息进行病理指标的回顾性分析(卡方检验)和预后分析(Kaplan-Meier法);利用GSEA方法分析预测SSRP1高表达样本中富集的基因集.结果:在乳腺癌中,SSRP1呈现高表达;高表达SS-RP1的乳腺癌样本与患者年龄、p53突变及缺失、雌激素受体表达水平、孕激素受体表达水平及组织学分级显著相关(P＜0.05);SSRP1高表达的乳腺癌患者预后更差(P＜0.05);SSRP1高表达的乳腺癌样本富集了与DNA复制、有丝分裂、细胞周期和DNA损伤修复相关的基因集.结论:SSRP1是乳腺癌发生发展过程中的重要癌基因,能影响患者的预后,并可作为乳腺癌的诊疗靶点.
-
AGXT2L1低表达对肝细胞癌患者预后的评价意义
目的:利用表达谱数据探讨AGXT2L1在肝细胞癌中的表达水平;分析AGXT2L1与肝细胞癌临床病理特征的关系;评价AGXT2L1对肝细胞癌预后评价的意义.方法:搜集NCBI的GEO公共数据集,对表达谱资料进行质检后,对样本及其对应的临床信息进行各临床相关指标的回顾性分析(卡方检验)和预后分析(Kaplan-Meier法);利用基因集富集分析(GSEA)的方法分析预测受AGXT2L1调控的相关基因.结果:在肝细胞癌中,AGXT2L1的表达显著低于癌旁组织;低表达AGXT2L1与患者甲胎蛋白(AFP)水平、肿瘤结节数目、肿瘤分期和转移潜能密切相关(P＜0.05);低表达AGXT2L1的患者的总体生存期和无病生存期显著低于高表达组的患者(P＜0.05);AGXT2L1可以影响与脂肪酸和脂质代谢相关的基因集.结论:AGXT2L1在肝细胞癌中显著低表达,与多个病理指标显著相关,其低表达与术后较差预后相关,并且AGXT2L1可以调控脂肪酸和脂质代谢.
-
PLCE1表达对肝细胞癌、乳腺癌、肺癌患者预后的评价意义
目的:探讨PLCE1与肝细胞癌、乳腺癌和肺癌的临床病理特征的关系;评价PLCE1对肝细胞癌、乳腺癌和肺癌预后评价的意义.方法:收集NCBI的肿瘤公共数据集,对手术患者肿瘤样本表达谱资料及其对应的临床信息进行病理指标的回顾性分析(卡方检验)和生存期分析(Kaplan-Meier法);利用基因集富集分析(GSEA)方法分析预测受PLCE1调控的相关基因.结果:在肝细胞癌中,高表达PLCE1的样本与高转移能力预测特征表达谱显著相关;在肺癌中,在不同性别、T分期、淋巴结浸润状态的分组中,PLCE1的表达均有显著差异;PLCE1高表达的肝细胞癌和乳腺癌患者预后更差,PLCE1低表达的肺癌患者预后更差;在不同肿瘤中,PLCE1高表达的肿瘤样本富集了不同的癌症相关基因.结论:PLCE1在不同类型肿瘤中的功能不同,其在肝癌和乳腺癌中为癌基因,在肺癌中为抑癌基因;造成PLCE1功能异质性的原因可能是PLCE1在不同类型组织中调控了不同的癌症相关基因和信号通路.
