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全外显子测序分析X染色体不同失活状态人胚胎干细胞遗传差异
目的 在全外显子DNA序列水平上分析X染色体异常失活与随机失活的人胚胎干细胞(hESC)在各种变异类型上的数量,比较两种不同失活模式细胞变异水平的差异.方法 10株人胚胎干细胞根据其X染色体失活(XCI)状态分为异常XCI组和随机XCI组.运用全外显子测序技术对干细胞进行DNA水平变异分析.对两组细胞总变异数、单核苷酸变异、微小插入、缺失变异、移码变异、无义突变、错义突变等数量进行统计分析,比较两种不同失活模式细胞间各变异是否有差异.结果 两组细胞间均检出超过2万个变异,在变异总数量上两组间差异无统计学意义(P>0.05);在X染色体上两组变异均以错义突变和同义突变为主,对可导致蛋白编码错误的移码突变和无义突变,异常XCI组和随机XCI组各检出5.4个,两组间差异无统计学意义(P>0.05);对可导致蛋白编码改变的变异,在异常XCI组特异性地检出TCEAL6、UBE2NL、FTHL17三个基因变异,其功能主要与RNAⅡ型聚合酶启动子在基因转录调控及翻译的延伸作用及复制后的修复和相关蛋白的泛素化作用有关.结论 在异常失活hESC和随机失活hESC两组细胞间并无明显的DNA序列变异差异.全外显子测序技术可以为在高分辨率水平上分析hESC遗传性状提供极好的技术支持.
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LRP1基因突变与壮族人群前列腺癌相关性的初步研究
目的 通过对壮族前列腺癌患者癌组织和癌旁组织进行全外显子组测序,探讨可能与前列腺癌易感性有关的基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)突变基因.方法 取26例壮族前列腺癌患者癌组织及癌旁组织,提取DNA后进行全外显子组检测,筛选排在前60(TOP 60)的突变基因.在DAVID在线功能通路富集数据库和人类基因变异与临床信息整合数据库中查找TOP 60突变基因中与人类疾病发生相关的基因突变.结果 共突变结果显示,26例前列腺癌患者中,23.1％的患者低密度脂蛋白受体相关蛋白1基因(low density lipoprotein receptor-related protein 1,LRP1)突变;其中检索到LRP1基因的chr12:57556206位点为致病位点,发现chr12:57603908、chr12:57548363、chr12:57567636、chr12:57554683、chr12:57549979位点可能与前列腺癌发生有关,且各位点均与chr12:57556206位点相互独立(r2＜0.7).结论 LRP1基因突变可能与壮族人群前列腺癌发生有关.
关键词： 前列腺肿瘤 全外显子测序 低密度蛋白受体相关蛋白1基因 -
应用全外显子组测序技术筛查罕见石骨症致病基因
目的 筛查石骨症患者的致病基因,为疾病的基因诊断及预后提供参考.方法 收集石骨症患者临床资料及外周血标本,提取DN A,构建全外显子测序文库,进行高通量测序并结合生物信息学技术筛查石骨症致病基因.结果 对2例石骨症患者的全外显子进行了分析,平均测序深度分别为169.38X、231.06X,其中患者1携带罕见突变TCIRG1(c.1305+2T>C)、TCIRG1(c.2008C>T)和CLCN7(c.1116C>T);患者2携带罕见突变CLCN7(c.857G>A),生物信息学分析表明患者携带的罕见突变均对基因产物的结构和功能具有不同程度的影响.结论 全外显子测序可一次性筛查已知石骨症致病突变,是石骨症致病突变筛查的有效工具,2例石骨症患者的临床病征可能与患者携带的TCIRG1和CLCN7突变密切相关.
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一个2D型肢带肌营养不良家系的基因变异分析
目的 运用全外显子测序技术对1个2D型肢带肌营养不良家系的SGCA基因进行变异分析,明确患儿的病因.方法 应用多重连接探针扩增技术对该家系的先证者进行DMD基因大片段缺失/重复筛查,用FastTargetTM富集二代测序+Sanger测序验证技术对DMD基因变异检测.在完成先证者DMD排查后,用全外显子测序技术对先证者及其父母进行检测,用Sanger测序技术进行致病基因变异位点验证.结果 先证者DMD基因变异及筛查结果均为阴性.全外显子测序发现其SGCA基因存在c.409G＞A(p.Glu137Lys)和c.409G＞C(p.Glu137Gln)复合杂合变异,先证者父亲为SGCA基因c.409G＞C(p.Glu137Gln)变异携带者,先证者母亲为SGCA基因c.409G＞A(p.Glu137Lys)变异携带者,胎儿未检测到此位点变异.结论 c.409G＞A(p.Glu137Lys)和c.409G＞C(p.Glu137Gln)复合杂合变异为患儿的致病原因.
关键词： 2D型肢带肌营养不良 全外显子测序 SGCA基因 产前诊断 -
一个X连锁智力障碍家系的全外显子测序分析
目的 对一个非特异性智力低下患者家系进行临床表征及基因突变分析,为该家系遗传咨询提供依据.方法 运用多重探针扩增技术(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)对先证者进行脆性X综合征筛查.在该家系中通过全外显子测序(whole exome sequencing,WES)分析以及Sanger测序验证,终对该家系进行遗传学咨询.结果 MLPA方法学排除先证者脆性X综合征.全外显子测序结果以及OMIM数据库分析结合先证者临床表型,推断ARX基因第1外显子c.88G＞T位点突变为该患者非特异型智力障碍致病基因.Sanger测序结果显示先证者母亲为ARX c.88G＞T突变的携带者,其姐姐及父亲均无此突变,两位舅舅为该位点半合子突变.结论 应用全外显子测序技术对X连锁非特异型智力低下家系进行诊断,明确了该家系的基因致病位点,有助于该家系的遗传咨询.
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应用全外显子测序技术对一个Escobar综合征家系进行基因突变分析
目的 对1例Escobar综合征患者及其家系成员进行基因突变分析,为遗传咨询及产前诊断提供依据.方法 应用全外显子测序技术对疑似为Escobar综合征的先证者进行致病基因筛查,结合临床表型资料,锁定候选基因致病位点,结合Sanger测序技术对先证者及其家系成员进行致病突变验证.结果 发现先证者及其胞弟均携带CHRNG基因c.715C＞T(p.R239C)纯合突变,先证者父母及其女儿均为CHRNG基因c.715C＞T突变携带者,其他正常家系成员未携带该突变.结论 Escobar综合征是一种罕见的遗传病,应用全外显子测序技术能够快速发现Escobar综合征基因突变,有助于该家系的遗传咨询及产前诊断.
关键词： Escobar综合征 CHRNG基因 全外显子测序 -
特发性震颤的遗传学研究进展
特发性震颤(essential tremor,ET)是常见的成年起病的神经系统变性疾病之一.ET分为家族性和散发性2种,约一半以上患者存在家族史,遗传因素可能发挥着重要作用.目前,大量研究致力于寻找ET发病的风险位点及致病基因.进行ET遗传学分析有助于进一步研究其病理生理机制,因此文章从该病的单基因遗传模式及复杂疾病遗传模式2个方面对ET的遗传学进展进行了阐述.
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二代测序技术在儿童T淋巴母细胞淋巴瘤全外显子测序中的应用
目的 建立从石蜡包埋的儿童T淋巴母细胞淋巴瘤(T-LBL)病理组织中提取基因组DNA,采用二代测序技术行全外显子测序检测的方法并分析其可行性.方法 从10例儿童T-LBL石蜡包埋组织中提取基因组DNA,PCR反应扩增后采用二代测序技术行全外显子测序检测并确定致病位点,所获得的致病突变采用Sanger测序法测序确认,比较两种方法的一致性.结果 10例石蜡包埋T-LBL组织标本中均成功提取到基因组DNA,采用二代测序技术开展全外显子测序测序均检测到致病突变;二代测序检测结果经Sanger测序法验证,证实致病突变确实存在,且与Sanger测序结果一致.结论 基于二代测序技术的全外显子测序测序可用于检测石蜡包埋的儿童T-LBL病理标本的致病突变.
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一家族性肥厚型心肌病致病基因的检测及其意义
目的 通过全外显子测序(WES)寻找肥厚型心肌病(HCM)家系的致病突变基因,探讨其基因突变与疾病临床表型的相关性.方法 收集在上海市儿童医院就诊的1例HCM患儿及其家系成员的临床资料,采集家系成员的外周血,抽提血液DNA,行WES,寻找致病基因,Sanger测序并在家系中验证可能的致病基因突变.结果 将测序结果比对分析,多个生物数据库筛选 、过滤,发现MYH7基因c.1210G>A位点发生杂合突变,是该家系的可能致病基因.MYH7基因V404M残基在不同物种之间,具有高度保守性.临床表型分析发现,患儿心房增大,左心室流出道血流快,突变导致该家系相关成员心功能异常.此位点突变在汉族儿童中尚属首次报道.结论MYH7基因c.1210G>A位点突变导致的HCM表型较严重,且患儿易发生猝死等,但存在较大的表型异质性.WES可以用于HCM致病基因的全面筛查,对于儿童心肌病早期筛查和精准诊治可提供有力的依据.
