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中国毛南族和仫佬族群体STR的遗传差异性分析
目的 研究中国毛南族和仫佬族6个短串联重复序列基因座(STR):D2S1338、D8S1179、D16S539、D18S51、D19S433、D21S11的遗传多态性以及他们与其他5个少数民族群体的遗传进化关系,丰富这两个群体的遗传学数据库.方法 采用聚合酶链反应-短串联重复序列(PCR-STR)技术及ABI3100测序仪,研究中国毛南族(200例)和仫佬族(183例)无关个体6个STR位点的基因频率的分布特点.结果 毛南族和仫佬族的6个STR位点分别共检出6l和65种等位基因,其频率分布在0.002 5～0.320 0和0.002 7～0.284 2之间;共检出216和218种基因型,其频率分布在0.005 0～0.150 0和0.005 5～0.158 5之间;两者的平均H＞0.8,PIC＞0.8;累积DP达0.999 999 98,累积EP达0.998 3以上.遗传距离和进化树结果显示:毛南族与仫佬族关系近,彝族与水族关系远;7个民族在进化树上被分为2类,彝族自成一类,其余6个民族聚为一类.结论 毛南族和仫佬族的6个STR基因座具有高度遗传多态性的特点,实用价值较高,故以上数据可用于人类群体遗传学、法医学个体识别和亲子鉴定等研究;广西7个民族STR的遗传差异性与他们的历史文化和地理分布基本一致.
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288株猪圆环病毒的序列比较及遗传进化分析
目的 为进一步了解猪圆环病毒(Porcine circovirus,PCV)的遗传进化规律,为该病的预防和控制奠定基础.方法 对来自世界各国的26株PCV1和262株PCV2的全序列用生物软件进行了核苷酸的同源性比较,并对其ORF1和ORF2进行了核苷酸和推导氨基酸的比较.结果 从核苷酸水平来看,PCV1与PCV2明显分为两支,PCV1间分布没有规律,而PCV2间又分为以来自美国、加拿大、澳大利亚的序列为代表的亚型Ⅰ和以来自法国和新西兰的序列为代表的亚型Ⅱ;但从氨基酸水平来看,其分型并没有规律可循.从遗传进化树可以看出,PCV2的分布并没有地域性和时限性.数据统计显示,尽管相隔近十年之久,但其同源性并没有发生太大的改变,可见PCV2相当保守.另外对PCV2的碱基和氨基酸突变位点进行统计发现,PCV2序列间更倾向于碱基的颠换,但并无单个碱基和氨基酸的偏好性.结论 PCV2相对保守,地域性和时限性分布不明显.
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高产DHA海洋真菌Thraustochytrium sp.FJN-10脂肪酸的组型及其18S rDNA序列分析
采用松花粉垂钓法分离到一株Docosahexaenoic acid(DHA)高产菌FJN-10.该菌株长链高度不饱和脂肪酸的组成为DHA(43.2%)和花生酸(17.5%).高密度培养获得33.0 g/L生物量.该菌株生活史中有营养细胞、孢子囊和孢囊胞子.对其18S rRNA基因进行了克隆测序,并登录GenBank(AY773276).依据18S rRNA基因建立的系统进化树分析表明:该菌与Thraustochytrium sp.CHN和Thraustochytrium spMBIC11092具有紧密的亲源关系.
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斯氏并殖吸虫线粒体Cytb基因的扩增、测序以及遗传进化分析
目的 扩增出斯氏并殖吸虫线粒体Cytb(cytochrome B)基因片段并测序,分析该基因对吸虫遗传分类的意义.方法 提取斯氏并殖吸虫成虫基因组DNA,PCR扩增线粒体Cytb基因,克隆质粒并测序.在NCBI的GeneBank中作相似性和同源性检索,用DNAsis等软件分析这些吸虫的线粒体Cytb基因,采用大简约法(MP)和邻位相连法(NJ)构建系统进化树,用MEGA4软件对遗传距离进行计算分析.结果 获得542 bp的斯氏并殖吸虫线粒体Cytb基因片段,通过在Gene-Bank数据库中Blast发现,斯氏并殖吸虫的Cytb序列与日本血吸虫(中国流行区虫种)、异盘并殖吸虫、哈氏并殖吸虫以及巨睾吸虫等7种吸虫有相似性,斯氏并殖吸虫与日本血吸虫的遗传距离近.结论 线粒体Cytb基因可作为吸虫遗传进化分类的依据之一,也是斯氏并殖吸虫与血吸虫等易出现较高的交叉反应率的原因之一.
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A-超家族芋螺毒素基因的克隆及内含子遗传进化分析
目的 从中国南海独特芋螺中克隆新的A-超家族芋螺毒素基因,并分析其内含子的遗传进化关系.方法 以独特芋螺基因组DNA为模板,根据A-超家族芋螺毒素基因的信号肽保守序列和3'-非翻译区(3'-UTR)保守序列设计特异性引物,通过PCR方法扩增出目的基因片段,并将其连接到pMDTM 19-T载体,转化到DH5α感受态细胞并测序,同时对新的A-超家族芋螺毒素基因内含子进行遗传进化分析.结果 从海南产独特芋螺基因组DNA中克隆到4条新的完整A-超家族芋螺毒素基因.CaI-M1a,CaI-M1b,CaI-M1c是编码同一种芋螺毒素CaI-M1的3个基因,它们的内含子序列存在较大的差异,特别是其中的GT重复不同.CaⅩⅩⅦ-M2编码产生的成熟肽含有5个半胱氨酸,与传统的属于A-超家族的α-芋螺毒素含有4个半胱氨酸的模式不同.结论 首次在独特芋螺中克隆到4个新的含有完整内含子的A-超家族芋螺毒素基因,并表明其内含子的多样性与物种进化和捕食习性有一定的联系.
关键词： A-超家族芋螺毒素基因 基因克隆 内含子 遗传进化树 -
云南双江佤族、布朗族15个STR基因座遗传多态性及遗传关系分析
目的 检测云南双江县佤族、布朗族15个STR基因座遗传多态性及与其他群体的遗传关系.方法 以Power PLex 16 system Kit复合扩增15个STR基因座(D3S1358、THO1、D21S11、D18S51、Penta E、D5S818、D13S317、D7S820、D16S539、CSF1PO、Penta D、VWA、D8S1179、TPOX、FGA),用ABI PRISM 310遗传分析仪检测扩增产物,计算群体等位基因频率等法医学参数,并结合文献发表的国内其他群体的遗传学资料,运用CODIS系统13个基因座计算群体间的遗传距离.结果 15个STR基因座在佤族、布朗族中均具有较高的遗传多态性,适于群体的法医学应用.群体遗传距离比较中,佤族与布朗族近(0.0110),佤族与布依族及鄂温克族分别为0.030 2和0.024 3;佤族与汉族群体的遗传距离普遍较近,短为浙江汉族(0.0140).布朗族与布依族、鄂温克族遗传距离分别为0.0343和0.0309,与汉族群体的距离也较近,短为安徽汉族(0.0124).结论 15个STR基因座在云南双江佤族、布朗族中具有较高的遗传多态性,适于群体的法医学应用;群体分析对了解佤族、布朗族群体的起源、迁徙及其遗传关系有重要意义.
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不同部位分离须癣毛癣菌的分子鉴定及药敏分析
目的 对须癣毛癣菌临床株进行分子生物学鉴定,并评价其对抗真菌药物的敏感性.方法 选取本科近3年临床不同部位分离的须癣毛癣菌50株,以转录间隔区(ITS)为靶位,PCR扩增后对产物进行测序,采用大似然度法进行序列分析并建立遗传进化树;参照美国临床和实验室标准化委员会(Clinical Laboratory andStandards Institude,CLSI)的M38-A2方案,检测分离菌株对8种抗真菌药物的敏感性.结果 ITS树提示受试菌株和趾间毛癣菌聚类在同一主支的概率为98％;须癣毛癣菌对卢立康唑和特比萘芬有着较低的MIC值,氟胞嘧啶的MIC值高;分离自头面部的菌株对特比萘芬和咪康唑的MIC值显著高于分离自指/趾甲和足部菌株.结论 不同部位分离的须癣毛癣菌在分子生物学上均鉴定为趾间毛癣菌,但二者对常用抗真菌药物的敏感性存在差异.
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云南玉溪汉族15个STR基因座多态性及遗传关系分析
目的 调查玉溪汉族人群15个STR基因座的遗传多态性,并分析与国内部分地区汉族群体的遗传关系.方法 采用AmpFLSTR Identifiler试剂盒,复合扩增15个STR基因座,计算基因频率及法医学参数；收集国内其他10个群体的遗传学资料进行遗传距离和聚类分析.结果 玉溪汉族群体15个STR基因座等位基因及基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡定律,PD值在0.790 6 ～0.968 1之间,PE值在0.315 9 ～0.733 5之间,PIC值在0.554 6～0.856 4之间,15个基因座累积个体识别力为0.999 999 999 999 999 99,累积非父排除率为0.999 998.不同地区汉族群体间遗传距离分析提示,玉溪汉族与成都汉族遗传距离近(0.0040),其次是河南(0.0045)和潮汕(0.0047);内蒙古远(0.036 1).结论 云南玉溪汉族15个STR基因座具有较高的遗传多态性,适于该群体的法医学应用,遗传关系分析结果可为该群体的起源、迁徙及与其他群体的遗传关系分析提供参考.
