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有氧胁迫下幽门螺杆菌球形体形成的比较蛋白质组学研究
目的研究有氧胁迫下幽门螺杆菌(H.pylori)由螺旋体转变成球形体的适应性调节蛋白.方法运用双向电泳技术比较H.pylori螺旋体与球形体的全菌蛋白表达谱,差异蛋白进行胶内酶切,肽混合物使用基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱仪(MALDI-TOF-MS)进行质谱分析,将肽质量指纹谱数据输入互联网上的蛋白质数据库进行检索.结果获得6个与H.pylori球形体形成相关的适应性调节蛋白,即翻译延长因子Tu、丙酮酸-黄素蛋白氧化还原酶、黄素氧化还原蛋白、尿素酶G、烷基化氢化氧化酶、超氧化物歧化酶.结论上述蛋白的鉴定对深入研究有氧胁迫下H.pylori球形体的形成机制,筛选具有潜在价值的抗H.pylori药物靶位和疫苗候选表位具有参考价值.
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一种磷酸化蛋白质组定性定量分析方法的考察
目的 对用于磷酸化蛋白质的相对定量分析的一种基于双向差示凝胶电泳(2-D DIGE)技术和Pro-Q Diamond 荧光染色的方法进行考察.方法 采用DIGE技术,从Pro-Q Diamond染色后对Cy2、Cy5荧光强度的影响、Pro-QDiamond染色过程中采用的试剂对CyDye标记的蛋白质的影响、去离子水对DIGE扫描结果的影响、CyDye染料扫描的稳定性影响等方面,考察了该方法的有效性和特异性.结果 在Pro-Q Diamond染色前对DIGE凝胶进行处理的过程中,有多种因素影响荧光强度变化,以致在进行pro-Q Diamond染色后,凝胶点的荧光强度变化无法区分是染色造成的灰度值变化还是CyDye染料自身的变化,从而使通过荧光强度变化来定量检测磷酸化蛋白质变得困难.结论 不宜采用对同一DIGE凝胶进行Pro-Q Diamond再染色检测磷酸化蛋白质的方法进行比较蛋白质组学的定量分析,为能同时展示出胶上的磷酸化蛋白质和总蛋白质,可通过DIGE实验与Pro-Q Diamond分开运行,再通过DIGE扫描图谱与Pro-Q Diamond染色图谱进行匹配的方法进行改进.
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儿童微小病变型肾病综合征激素耐药和敏感的比较尿蛋白质组学研究
肾上腺皮质激素(激素)作为治疗小儿肾病综合征(NS)的首选药物已逾40年.既往对激素耐药的研究大多都集中在基因水平上,而蛋白水平的研究较少且集中在膜蛋白.无论激素耐药的机制如何,终都会通过体内蛋白质水平的改变而实现.应用比较蛋白质组学的方法研究NS激素耐药与激素敏感之间的差异蛋白,希望能为今后进一步阐明激素的作用机制,为耐药型NS的诊断试剂的研制提供线索.
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应用比较蛋白质组学探讨中药干预肝癌机制的思路与方法
通过分析比较蛋白质组学在肝癌中的应用现状及其在新药研究中的作用,探讨其在揭示中药干预原发性肝癌的机制的思路.认为比较蛋白质组学有别予以往筛选疾病治疗前后比较“有效”(靶点)蛋白的方法,采用逆向思维模式,锁定筛选相对“无效”(非靶点)的候选蛋白,以新的视角揭示中药方剂“不能治愈”和“能够治疗”肝癌的分子生物学机制,以期发现肿瘤的“逃逸”蛋白机制.
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不同迁徙能力奇异变形杆菌的比较蛋白质组学研究
目的 应用比较蛋白质组学的方法 ,检测2种不同迁徙能力奇异变形杆菌变化显著的差异蛋白,为深入研究奇异变形杆菌的耐药性提供重要依据.方法采用LB培养基培养迁徙能力不同的内环与外环变形杆菌,通过菌落直径比值反映2种菌迁徙能力的差异;采用比较蛋白质组学的方法,检测2种菌总体蛋白表达差异,并着重分析差异明显的核糖蛋白各种类间的相互作用.结果 内环菌菌落直径较小,外环菌菌落直径较大,其菌落直径比值为3.84±0.56;与内环菌相比,外环菌蛋白表达变化显著,仅外环菌表达的蛋白29种,外环菌表达显著下调的蛋白129种,显著上调的蛋白269种;针对核糖蛋白分析发现,表达显著增高的核糖蛋白种类有34种.结论 外环菌从形态到蛋白质表达均有显著变化,其核糖体蛋白表达的显著增加可能是其产生耐药性的原因.
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多柔比星对乳腺癌细胞核内丝切蛋白相互作用蛋白影响的比较蛋白质组学研究
目的 采用比较蛋白质组学的方法,检测多柔比星对乳腺癌细胞核内丝切蛋白(cofilin)相互作用蛋白的影响.方法 采用Westem blot检测多柔比星对细胞核内cofilin表达的影响;免疫共沉淀后,采用比较蛋白质组学方法,检测对照组与多柔比星处理组细胞核内cofilin相互作用蛋白的差异;采用流式细胞仪检测多柔比星对细胞周期的影响.结果 多柔比星处理MDA-MB-231细胞后,细胞核内cofilin表达增加,呈明显量效和时效关系;与对照组比较,多柔比星处理组核内与cofilin相互作用的蛋白结合蛋白、结构分子激活蛋白、细胞骨架蛋白、核酸结合蛋白、核糖体蛋白的种类明显减少(109、60、45、76、34 vs 79、32、20、56、16);多柔比星处理细胞后,可引起细胞周期阻滞在S/G2期,并呈明显量效关系,G1期细胞由(45.92±4.57)％降至(10.50±0.83)％(P＜0.01).结论 多柔比星处理细胞后可增加cofilin核聚集,减少细胞核内与cofilin相互作用蛋白的种类,终使细胞周期阻滞在S/G2期.
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比较蛋白质组学在肿瘤标志物研究中的应用
目的 介绍比较蛋白质组学在肿瘤标志物研究中的应用情况.方法 通过查阅国内、外有关蛋白质组、蛋白质组学和肿瘤标志物的大量文献,对比较蛋白质组学在肿瘤标志物研究中的应用情况作一综述. 结果随着人类基因组研究的不断深入,基因数量的有限性和结构的稳定性与生命现象复杂多变的矛盾凸现,蛋白质组学的研究被推到了生命科学的前沿,比较蛋白质组学在肿瘤领域的应用研究也成为当前一大热点,其在肿瘤标志物研究中的应用更是备受人们关注. 结论利用比较蛋白质组学筛选肿瘤标志物是一项极具前景的研究.
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圆锥角膜组织与正常角膜组织差异蛋白的表达
目的 运用比较蛋白质组学技术,比较圆锥角膜组织和正常角膜组织的差异表达蛋白,筛选出圆锥角膜特异性分子标记物,探讨其与圆锥角膜发病机制的关系.方法 收集12例圆锥角膜组织和4例正常人角膜组织,提取角膜组织总蛋白,行固相PH梯度双向凝胶电泳,分析凝胶电泳图谱,筛选差异表达蛋白,采用基质辅助激光解吸离子化一串联飞行时间质谱(MOLDI-TOF/TOF MS)和数据库检索对差异蛋白质进行鉴定.结果 圆锥角膜组织和正常角膜组织的双向电泳代表胶的蛋白点数分别为1035和1070,匹配点数为869个,匹配率为84％.选取有明显表达差异的7个蛋白质点,其中6个蛋白质点在圆锥角膜组织中表达下调,1个蛋白质点表达上调.这7个蛋白质点分别为转化生长因子B诱导的细胞外基质黏附蛋白(TGFBIp/βig-h3)、Ⅵ型胶原蛋白α1链前体(collagen alpha-1 (Ⅵ) chain precursor)、αA-晶体蛋白(alpha crystallin A)、βB-晶体蛋白(alpha-crystallin B)、βB2-晶体蛋白(beta-crystallin B2)、谷氨酰胺合成酶(glutamine synthetase)、碳酸酐酶(carbonic anhydrase),除Ⅵ型胶原蛋白α1链前体在圆锥角膜组织中表达上调外,其余6个蛋白成分在圆锥角膜组织中均表达下调.结论 TGFBIp/βig-h3、alpha-crystallin A、alpha-crystallinB、beta-crystallin B2、glutamine synthetase、collagen alpha-1 (Ⅵ)chain precursor6种在圆锥角膜中差异表达的蛋白质成分可能与圆锥角膜发病相关.
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高转移和低转移人大细胞肺癌细胞株的比较蛋白组学研究
目的 探讨比较人高转移大细胞肺癌细胞株(L9981)和人低转移大细胞肺癌细胞株(NL9980))间蛋白质表达的差异.方法 采用固相pH梯度双向凝胶电泳分离L9981细胞株和NL9980细胞株的总蛋白,用图像分析软件比较分析细胞间的差异表达蛋白质.对13个差异表达的蛋白质点通过胶内酶解,基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALD-TOF-MS/MS)和蛋白质数据库检索进行鉴定.结果 经Image Master软件分析后发现有8个蛋白质点仅在L9981中检测到有表达,8个蛋白质点仅在NL9980中检测到有表达,发现19个蛋白质点在两种肺癌细胞株中均存在,其中9个蛋白质点在L9981中表达量显著高于NL9980,10个蛋白质点在NL9980中表达量显著高于L9981 (P<0.05).通过对差异明显的蛋白质点进行质谱鉴定和蛋白质数据库查询,发现线粒体热休克蛋白和谷胱甘肽合成酶在L9981中的表达被上调,P47蛋白、免疫球蛋白重链可变区、烯醇化酶1和真核翻译起始因子3 在L9981中的表达被下调, 丙酮酸激酶仅在L9981中有表达,WD-40重复蛋白仅在NL9980中有表达.结论 人高、低转移大细胞肺癌细胞株蛋白质组的表达存在明显差异, 鉴定的差异蛋白质多与肿瘤的侵袭转移相关,这些差异蛋白质有可能为进一步发现与肺癌转移相关的分子标志物和阐明肺癌转移的分子机制提供线索.
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定量蛋白质组学检测技术进展
目前蛋白质组学的研究主要集中在不同细胞或组织表达的全部蛋白质在数据库的构建与细胞在不同状态下表达差异的研究上[1].随着比较蛋白质组学的发展,定量技术成为人们关注的热点.因此有人提出"定量蛋白质组学(quantitative proteomics)"的概念.定量蛋白质组学就是把一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂体系中所有的蛋白质进行精确的定量和鉴定的一门学科[1].这一概念的提出标志着有关蛋白质的许多研究已从对蛋白质简单的定性向精确的定量方向发展.
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Atp5a1基因在新疆哈萨克族食管癌中的表达分析
目的：利用比较蛋白质组学方法获得差异表达蛋白，从中寻找与新疆哈萨克族食管癌发生、发展密切相关的基因，为新疆哈萨克族食管癌的早期诊断和治疗提供依据。方法利用二维凝胶电泳（2-dimensionelectro-phoresis，2-DE）和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（matrix-assisted laser desorption／ionization time-of-flight mass spectrometry，MALDI-TOF-MS）技术联用检测新疆哈萨克族食管癌癌组织与远端正常组织的差异表达蛋白，对其中表达上调的 Atp5a1基因进行 RT-PCR 验证。结果2-DE 结果显示新疆哈萨克族食管癌癌组织中Atp5a1明显可见，蛋白表达强度差异＞1．5倍。RT-PCR 验证结果显示，癌组织中 Atp5a1 mRNA 明显升高，差异有统计学意义（P ＜0．05）。结论Atp5a1基因的高表达和食管癌的发生、发展密切相关。
