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EST-SSRs文献资料
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濒危药用植物新疆阿魏cDNA文库构建与微卫星标记
目的:测试和分析新疆阿魏转录组,挖掘基因表达谱多态性标记(EST-SSRs),为新疆阿魏属植物遗传多样性、生物学特性、功能基因鉴定和濒危机制的研究奠定基础.方法:提取新疆阿魏茎叶总RNA,反转录合成cDNA,应用454 GS FLX Titanium进行测序,并对其序列进行拼接,获得一致性序列(UniqueSequences);使用Simple Sequence Repeat Identification Tool (Perl Script)对一致性序列进行分析,检索SSRs模体,采用Primer 5及SSR Hunter软件设计引物并进行PCR扩增.结果:高通量测序获得新疆阿魏ESTs序列550 200条,经拼接得到60 248条Unique Sequences,从中发现1916个EST-SSRs,平均每100kb出现3.18个SSR,其中二核苷酸多,GA重复常见,随机挑选5条序列扩增及测序结果表明,80％的SSR位点与Sanger测序结果一致.结论:通过转录组测序首次获得新疆阿魏EST-SSRs,为新疆阿魏生物学特性及濒危机制研究奠定了基础.
