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基于本草基因组学应用流式量测序技术检测人参基因组大小
人参(Ginseng)是五加科植物人参(Panax ginsengC.A.Mey.)的干燥根和根茎.由于其基因组数据的缺乏制约了人参基础研究和产业发展.本实验以水稻(Oryza sativa ssp.Nipponbare)和大豆(Glycine max (L.) Merrill)为内参,通过流式细胞术检测人参基因组大小约为3.42 Gb;同时,分别构建人参基因组插入片段大小为250 bp和500 bp的鸟枪法(shotgun)文库,利用Illumina HiseqXTen平台进行双端PE 150高通量测序,过滤原始测序数据后获得183.82 Gb高质量数据,K-mer分析法预估人参基因组大小为3.35 Gb,测序深度为54.87 X.本研究采用流式细胞术结合K-mer分析法测定人参基因组大小,为人参全基因组测序以及本草基因组学的研究提供基础数据.
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树状DNA原位杂交技术在子宫颈癌人乳头状瘤病毒DNA分型检测和细胞学定位中的应用
人乳头状瘤病毒(human papilloma virus, HPV)是一种环状双链DNA病毒,其基因组大小为7.9 kb.目前,传统的细胞学和血清学方法诊断率较低,特异性欠佳.树状DNA杂交(DDH)技术是一种信号放大技术,它通过增加标记探针的拷贝数或标记物的信号强度来提高敏感度[1],具有与PCR技术相似的高敏感性.本研究采用以4层单体组成的3DNA树状体作为靶序列探针载体的DDH技术,并结合原位杂交方法,对45例临床诊断为宫颈癌患者的癌组织分别进行HPV16、18DNA检测,并就提高杂交敏感性的方法学做进一步探讨,为临床推荐一个行之有效的新方法.
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支原体对大环内酯类抗生素耐药机制的研究进展
支原体是能独立生活的小原核细胞微生物,分支原体和脲原体2个属.按照遗传物质(G+C)%含量、基因组大小、培养时对胆甾体的需求以及其他生物学特性等的差异,支原体可分为肺炎支原体(Mycoplasma pneumoniae,MP)、人型支原体(Mycoplasma hominis,MH)、解脲脲原体(Ureaplasma urealyticum,UU)、生殖支原体(Mlycoplasma genitalium,MG)、发酵支原体(Mycoplasma fermentans,MF)等100多种,其中前三者与人呼吸和泌尿生殖系统感染性疾病密切相关.
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流式细胞术测定蠕形螨基因组大小
目的 采用流式细胞术(FCM)测定蠕形螨基因组大小,为构建蠕形螨基因文库和筛选功能基因奠定基础.方法 自然沉降法清洗收集蠕形螨,组织匀浆器和超声波破碎螨体,在柠檬酸介质中分离蠕形螨的细胞核.以家鸡血细胞核DNA含量为内标,用FCM测定经碘化丙啶(PI)染色的家鸡血细胞核和蠕形螨细胞核混合样品发出的PI荧光强度,通过比较蠕形螨与家鸡血细胞DNA含量峰值的倍数关系,计算出蠕形螨的基因组大小.结果 采用FCM测得蠕形螨DNA含量约为1.05 pg/2C,以1 pg DNA相当于978 Mb计算得出蠕形螨基因组大小约为512 Mb.结论 流式细胞术可快速、精确测定蠕形螨基因组大小,为蠕形螨基因组研究奠定了基础工作.
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茅苍术基因组大小及染色体分析
目的 对茅苍术基因组大小及染色体特征开展研究,以期为阐明茅苍术遗传规律及促进茅苍术良种选育工作提供基础.方法 以茅苍术种子和幼叶为材料,利用流式细胞术及核型分析技术开展研究.结果 茅苍术染色体数目2n =24,核型公式2n =2x =24 =6m+ 18sm(2SAT),基因组2C值为9.73pg,基因组值为9.52×109bp.结论 该研究为茅苍术基因组大小和染色体研究提供了数据参考,对茅苍术基因组研究和新品种选育有重要意义.
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流式细胞法测定茅苍术基因组大小
目的:建立流式细胞术测定茅苍术基因大小的方法,并进一步比较5种类型茅苍术的基因组大小变异情况.方法:以茅苍术幼叶为材料,采用改良Otto两步法提取细胞核,用已知基因组大小的玉米和蚕豆为内标,将处理好的样品上流式细胞仪测定.结果:通过改进实验方法,以蚕豆为内标,建立了流式细胞术测定茅苍术基因组大小的方法.5种类型茅苍术基因组大小的测定结果表明,尖叶类型基因组大,扁茎类型小,裂叶类型的基因组大小稍有下降.结论:本研究为茅苍术基因组大小研究提供了方法和数据参考,也将为茅苍术群体变异、种质资源评价和新品种选育等研究提供基础.
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流式细胞术测定巴戟天基因组大小
目的 估测广东省地道药材巴戟天(Morinda officinalis How)的基因组大小,为巴戟天基因组、种质资源评价等研究提供参考.方法 选取番茄为内标植物,巴戟天嫩叶为实验材料.采用OTTO两步法制备细胞核悬液,用碘化丙啶(PI)进行细胞核染色,使用流式细胞仪测定番茄和巴戟天细胞核的荧光强度,计算巴戟天基因组大小.结果 OTTO两步法适合用于制备番茄和巴戟天核悬液,在流式细胞仪中成功检测到二倍体和四倍体的粒子团,流式细胞仪测定番茄细胞核平均荧光峰值为30 481,巴戟天细胞核平均荧光强度值为15 278,计算出巴戟天的基因组大小约为(451.11±37.16)Mbp.结论 实验估测了巴戟天基因组的大小,所摸索的OTTO两步法可为其他药用植物提供借鉴.
