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一起由札如病毒引起的急性胃肠炎暴发疫情的分子流行病学研究
目的 调查深圳市某幼儿园发生的一起急性胃肠炎暴发疫情的病原体,并分析病原体的分子流行病学特征.方法 收集患病幼儿及相关人员的粪便标本16份,剩余食物6份,采用国家卫生行业标准规定方法检测肠道致病菌、实时荧光RT-PCR法检测诺如病毒、札如病毒、轮状病毒核酸,逆转录RT-PCR法对病毒衣壳区和聚合酶区序列进行扩增,对PCR产物进行序列测定.序列用Clustalx软件进行多重比对、Mega 5.0软件绘制系统进化树.结果 16份样本中检出11例札如病毒核酸阳性,对其中3例阳性标本进行札如病毒衣壳区和聚合酶区序列测定,3株札如病毒与GII.3型参考株AY603425衣壳区核苷酸同源性为86.3％,聚合酶区核苷酸同源性为90.2％,3株札如病毒与GII.3型参考株AY603425、AB455793同属于GII.3型遗传分支.结论 此起急性胃肠炎爆发是由GII.3型札如病毒导致,GII.3型引起的急性胃肠炎暴发属广东省首次报道.
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河北省手足口病病例的病原构成及EV71病毒基因特征分析
目的 了解河北省不同地区、不同严重程度手足口病病例的病原构成情况及EV71病毒的基因特征.方法 采集河北省不同地区的HFMD患者粪便、疱疹液、咽拭子标本进行核酸检测和病毒分离,同时结合所收集的HFMD患病例的居住地、疾病严重程度信息加以分析.选取18株EV71阳性分离株进行VP1编码区基因扩增和核苷酸序列测定和分析,与其它38株各基因型和基因亚型的EV71代表株构建系统发生树.结果 2009年河北省HFMD临床诊断病例的EV阳性率为65.13％,其中以EV71为主,占阳性病例的58.0％(752/1296).秦皇岛、邯郸、保定、邢台地区手足口病例以EV71感染为主,而衡水、沧州等地区则以CA16为主.轻型病例中EV71阳性率为37.74％,重症病例中EV71阳性率为80.64％,死亡病例检测13例,均为EV71阳性.18株EV71分离株的VP1区核苷酸同源性为94.9％ ～99.8％,与C4亚型代表株的VP1区核苷酸同源性高,为91.9％～99.6％.进化树结果显示,河北省EV71分离株与C4亚型代表株处于同一分支,并在C4a进化分支的不同簇中.结论 2009年引起河北省手足口病流行的病原体主要为EV71和CA16.秦皇岛、邯郸、保定、邢台地区手足口病例以EV71感染为主,而衡水、廊坊、沧州等地区则以CA16为主.EV71是重症病例的主要致病病原体.河北省EV71分离株为C4亚型C4a进化分支.
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tccP2基因在临床分离肠致病性大肠埃希菌中的特征分析
目的 分析2001-2003年某省儿童医院分离的268株大肠埃希菌tccP2基因的携带情况及该基因的分子特征.方法 PCR方法筛查临床分离的268株大肠埃希菌中EHEC、EPEC菌株;再筛查tccP2基因的携带情况,克隆阳性菌株tccP2基因,并进行核苷酸测序,同时与GenBank数据库进行比对.结果 2001-2003年临床分离的菌株共检测到7株EPEC菌株,其中有2株菌tccP2基因阳性,长度分别为1458 bp,核苷酸和氨基酸的一致性为100%,与国际上公布的str.11128(O111:H-)菌株的tccP2基因比对发现核苷酸一致性为61.3%;氨基酸序列比对,发现其N-端与str.11128(O111:H-)菌株具有完全相同的特异的87个核苷酸序列,脯氨酸富集重复片段序列几乎一致,较str.11128(O111:H-)菌株多4个重复片段.结论 在中国临床分离的菌株中也存在具有tccP2基因的EPEC菌株,应进一步加大临床标本中该类菌株的分离与监测.
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2011年南昌市乙型流感病毒HA1基因特征分析
目的 了解南昌市2011年乙型流感病毒HA1基因的特征,探讨2011年流感监测季乙型流感病毒的分子流行病学特征.方法 按照采样时间,选取南昌市2011年从犬肾传代细胞(MDCK)培养分离到的乙型流感毒株共25株,提取病毒核糖核酸(ribonucleic acid,RNA),反转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)扩增HA1基因片段,产物纯化测序,进行基因进化特性分析.结果 2011年南昌市流行的乙型流感病毒优势株为Victoria系病毒(84％).与北半球国际疫苗株B/Brisbane/60/2008相比,2011年南昌市流行的Victoria系乙型流感病毒HA1片段有8个氨基酸位点发生了变异,其中T197D氨基酸变异涉及抗原决定簇的B区.与北半球国际疫苗株B/Wisconsin/1/2010相比,Yamagata系流感病毒HA1片段有19个氨基酸位点发生了替换,其中R130K、T165N、Q195R、Q196T,氨基酸变异涉及A、C、D三个抗原决定簇.结论 2011年南昌市流行的乙型流感病毒优势株属Victoria系,分离到的Yamagata系毒株血凝素基因发生了明显变异,Victoria系毒株血凝素基因未发生明显的变异.
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浙江省绍兴市46例男男性行为者HIV感染基因特征分析及流行病相关因素分析
目的 了解浙江省绍兴市男男性行为者(MSM)人群中HIV-1感染者的亚型类型和特征.方法 分析2013年1月至2014年7月本地区新确证未经抗病毒治疗的50例MSM感染者样本,采用RT-PCR和nest-PCR方法扩增HIV-1的gag和pol全长基因区,成功扩增46份样品,构建系统进化树分析基因亚型.结果 46份样品中发现CRF01_AE、CRF07_BC和B三种亚型和1株AE、BC重组亚型,各占52.17％、39.13％、6.52％和2.17％.结论 绍兴市HIV-1感染的MSM人群中主要流行的亚型为CRF01_AE和CRF07_BC,该人群感染率高,应加强监测.
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猪链球菌血清未分型菌株的荚膜多糖基因簇分析
目的 从基因水平上探究猪链球菌菌株血清不可分型的原因及cps基因簇序列变异规律.方法 根据GenBank登记号下载并提取41株猪链球菌血清未分型菌株的cps基因簇序列,根据wzy序列确定菌株的cps型别,并与相应血清型标准菌株的cps基因簇进行序列比对研究.结果 41株血清未分型猪链球菌中,共有37株菌的cps型别属于已知血清型.其中18株与其对应的血清型标准菌株的cps基因簇相比出现部分cps基因的插入、缺失、倒转、替换和移码突变等变异;另有19株与其对应的血清型标准菌株的cps基因簇序列相同或相似,除携带血清24型cps基因簇的菌株LSS23、LSS31、LSS37与血清24型标准菌株88-5299A的cps基因簇同源性为96％外,其余16株与其各自的标准菌株的cps基因簇同源性均超过99％.此外,有4株血清未分型菌株属于已知的新cps型别.结论 由于猪链球菌cps基因簇序列变异频繁,导致荚膜多糖抗原型别呈多样化趋势,传统的血清凝集方法无法有效应对,亟需引入更灵敏的分子血清分型技术开展监测.
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2016年湖北省部分地区手足口病肠道病毒病原谱及柯萨奇病毒A6型和A10型基因特征分析
目的 了解2016年湖北省部分地区手足口病病原谱特征,对其中的柯萨奇病毒A组6型(Cox A6)和A组10型(Cox A10)基因特征进行分析.方法 采集2016年湖北省部分地区手足口病患者阳性标本,提取病毒核酸,通过一步法反转录-PCR扩增肠道病毒VP1序列并测序,经Blast比对确定病毒基因型.对其中Cox A6和Cox A10的VP1全长序列进行同源性和系统进化分析.结果 病原学监测结果显示,肠道病毒71型(EV71)阳性率为29.4％ (599/2 035),柯萨奇病毒A组16型(Cox A16)阳性率为25.7％ (522/2 035),其他肠道病毒阳性率为44.9％ (914/2 035).对该地区收集的83份肠道通用阳性的非EV71和非Cox A16进行病毒分型分析,Cox A6阳性检出率为56.6％ (47/83),Cox A10阳性检出率为22.9％ (19/83),还检测出其他肠道病毒如Cox A2(2株)、Cox A4(7株)、CB4(2株)、CB5(2株)、CB6(1株)、Echo5(1株)、Echo9(1株)和Echo25(1株).对Cox A6和Cox A10的VP1基因同源性比对及系统进化分析显示,2016年湖北省22株Cox A6的VP1基因核苷酸同源性为95.1％ ～ 100.0％,11株Cox A10的VP1基因核苷酸同源性为95.2％ ～ 100.0％.我国与其他国家Cox A6和Cox A10可分别划分为8个(A～H)和7个基因谱系(A ～G).湖北省Cox A6与我国其他Cox A6位于H基因谱系上;湖北省Cox A10与我国其他Cox A10位于G基因谱系上.结论 2016年湖北省部分地区手足口病病原体除了EV71和Cox A16两种主要病毒外,还检测出Cox A6和Cox A10等手足口病的病原.其他肠道病毒中以Cox A6和Cox A10为主,仍需进一步加强对其他肠道病毒的监测和分子流行病学特征的分析.
关键词： 手足口病 柯萨奇病毒A组6型 柯萨奇病毒A组10型 VP1基因 基因特征 -
2010-2011年北京市儿童甲型H3N2流感病毒的血凝素基因特征和遗传进化分析
目的 了解2010年9月1日～2011年8月31日北京市儿童甲型H3N2流感活动特点,并对病毒血凝素的基因和进化特征进行研究.方法 采集哨点医院收集的1 040份儿童流感样病例样本和14份疫情样本,进行MDCK细胞分离病毒.选取26株甲型H3N2流感毒株进行血凝素(HA1)基因的扩增和序列测定.采用生物信息软件进行序列比对和进化分析.结果 2010-2011年流感监测季期间,总共分离64株甲型H3N2毒株,占分离毒株构成的65.31％.病毒HA1基因出现了Ⅰ、Ⅱ两个明显分支,均有S214Ⅰ氨基酸变异.另外,分支Ⅰ的毒株序列还均出现P162S、R261Q氨基酸变异;分支Ⅱ的毒株序列均出现D53N、K62E、Y94H、K144N、T212A、I230V氨基酸变异,涉及A、C两个抗原决定簇,并新增1～2个糖基化位点.结论 2010年9月～2011年2月期间北京市儿童甲型H3N2流感活动活跃,并且其毒株呈现出两个明显不同的进化分支,其中一个分支毒株的血凝素基因特性发生了明显改变.
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陕西省2012-2014年甲型H1N1流感的基因特性研究
目的 了解陕西省2012-2014年甲型H1N1流感病毒的流行特征和血凝素(HA)、神经氨酸酶(NA)的基因特征.方法 收集陕西省全省18家哨点医院流感样病例的监测资料和12家流感网络实验室病原学检测结果.用RT-PCR方法对部分甲型H1N1流感病毒进行HA、NA基因序列扩增,利用生物软件对序列特征及变化情况进行分析.结果 陕西省2012-2014年度甲型H1N1为当年流行的优势株,占流感样病例的4.73％,占流感病毒阳性的43.44％,流行高峰时间为每年的11月～次年的2月.通过测序得到的各样本HA序列为1701bp,编码566个氨基酸,NA序列为1710bp,编码469个氨基酸,两年间分别有16、21个氨基酸发生变异,其中在142、180、202、220位点出现变异发生在HA抗原决定簇,HA的受体结合位点、潜在糖基化位点比较稳定,两年间没有发生变化,2012-2013年度毒株的NA序列增加了一个42 (NQSQ)潜在的糖基化位点,NA序列没有发现耐药位点变异.结论 2012-2014年度陕西省甲型H1N1处于低流行状态,为流行的优势株,甲型H1N1的HA、NA氨基酸位点的变异属于抗原漂移,甲型H1N1流感与疫苗的匹配程度逐年降低.
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一起幼儿园"痢疾"爆发有关肠侵袭性大肠埃希菌的鉴定
肠侵袭性大肠埃希菌(enteroinvasive Escherichiacoli,EIEC)的生化特性、毒力基因特征和致病性等生物学特性酷似志贺菌,可导致散发或爆发性胃肠炎.其致病特点是侵袭结肠上皮组织,导致感染部位的大肠黏膜出现炎症性反应,引发类似痢疾的临床症状.2003年5月杭州地区某县幼儿园爆发了一起因水源污染引起的园内儿童群体性痢疾样腹泻.我们对从腹泻儿童粪便标本中分离到的10株疑似痢疾志贺菌菌株进行了生化特性、血清型、侵袭性及分子特征等的研究,后鉴定为血清型不明的肠侵袭性大肠埃希菌,现报告如下.
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中国7株W135群脑膜炎奈瑟菌基因特征分析
我国流行性脑脊髓膜炎(流脑)的暴发与流行主要由A群和C群引起[1],W135群脑膜炎奈瑟菌在本世纪初曾引起暴发与流行.目前我国仅从健康人群中分离到W135菌株.我们对健康人群分离的W135群菌株进行多位点序列基因型(MLST)、PorA基因亚型和多位点串联重复序列分析(MLVA)基因特征分析,并与致病性W135群菌株的基因特征进行比较,初步探讨我国W135群菌株是否具有致病性.
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陕西省高危人群TT病毒检测及基因型分析
为了解陕西省人群TT病毒(TTV)感染情况,探讨TTV的基因特征与分型,我们对陕西省部分高危人群进行了TTV检测和基因测序.
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济南市2009-2011年手足口病病原学及基因特征分析
手足口病(HFMD)是由多种肠道病毒(EV)引起的一种急性传染病.2008年5月我国将其纳入法定报告丙类传染病管理.2009年卫生部进一步要求提高其病原学检测比例.2010年山东省开始进行全年监测.本研究采用RT-PCR对2009-2011年济南地区发生的2066例HFMD患者标本进行分析,阐明重症病例其病原及基因特征.
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宁夏回族自治区2013年手足口病患者柯萨奇病毒A组10型分离株VP1区基因特征分析
目的：了解宁夏回族自治区（宁夏）手足口病（HFMD）患者中柯萨奇病毒A组10型（Cox A10）分离株的VP1区基因特征。方法收集2013年real-time PCR 检测非EV71和非Cox A16肠道病毒标本280份，用RD细胞进行肠道病毒分离培养，分离到的毒株采用RT-PCR扩增其VP1区基因并进行核苷酸序列测定，测序结果利用BLAST进行型别鉴定。对鉴定为Cox A10的所有毒株进行VP1区基因同源性分析和进化分析。结果从280份标本中共分离到肠道病毒36株，其中有6株鉴定为Cox A10，核苷酸和氨基酸同源性分别为97.0%～99.8%和99.0%～99.7%。与A、B、C、D各基因亚型代表株之间的核苷酸同源性分别为76.3%～77.2%、81.6%～83.1%、94.4%～98.9%和80.0%～82.3%，氨基酸序列同源性分别为92.3%～93.0%、94.0%～95.3%、98.0%～99.7%和90.6%～94.0%。系统进化显示，6株Cox A10宁夏株与C基因型代表株处于同一分支。结论 Cox A10是引起宁夏2013年HFMD的常见病原体，本次分离到的Cox A10均属于C基因型。
关键词： 手足口病 柯萨奇病毒A组10型 基因特征 -
宁夏地区2008年肠道病毒71型分离株基因特征分析
目的 研究宁夏地区手足口病患者中肠道病毒71型(EV71)分离株的基因特征.方法 采集手足口病患者标本进行病毒分离培养,阳性标本进行RT-PCR鉴定后,选取29株EV71分离毒株,对其VP1区进行核苷酸序列测定,并参考A、B、C各基因型的参考毒株和以往中国EV71的分离毒株进行同源性分析并构建系统发生树.结果 从439份标本中分离肠道病毒215株,经RT-PCR鉴定,93株为EV71.选取其中29株进行VP1基因全序列测定,根据VP1全基因序列构建系统发生树,29株毒株均在C基因型中,与C4亚型属同一分支,与C4亚型代表株核苷酸同源性为91.7%～99.4%,氩基酸同源性为96.6%～100.0%.结论 宁夏地区手足口病患者中分离的EV71毒株属C基因型的C4亚型.
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无菌性脑膜炎暴发中Echo30病毒的基因特征及分子进化分析
目的 了解引起无菌性脑膜炎暴发的Echo30病毒的基因特征,分析其遗传变异规律及进化来源.方法 对2003年济南章丘市无菌性脑膜炎暴发中分离到的Echo30病毒进行了VP1区全基因序列测定,与国内外报道的Echo30病毒VP1区序列进行同源性比较,并通过构建进化树分析其遗传进化规律.结果 济南章丘市Echo30分离株VP1区核苷酸同源性在98.9%～99.5%之间,与同年山东省泰安市Echo30分离株同源性高(98.5%～99.0%),与浙江、江苏两省的Echo30分离株同源性在98.2%～98.9%,而与1997年法国分离株(89.1%～89.7%)和2001年台湾省分离株(87.4%～87.6%)的同源性相差较大,与原型株Bastianni株同源性低,在82.4%～82.8%.进化树分析显示,中国大陆近几年无菌性脑膜炎Echo30分离株独处一支,呈单源性发生关系.结论 2003年,Echo30病毒在山东省部分地区发生了一定程度的传播,并导致了无菌性脑膜炎的局部流行,进化树分析表明,中国大陆Echo30分离株与国外早期的分离株相比,其抗原性不完全相同,已形成新的基因亚型.
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中国六省份水痘-带状疱疹病毒糖蛋白M、L基因特征分析
目的 分析水痘-带状疱疹病毒(VZV)糖蛋白(g)M、L的基因特征.方法 依据国家科技重大专项中发热伴出疹症候群病毒性病原监测项目,以2007—2015年北京(1例)、上海(5例)、吉林(2例)、青海(1例)、广东(2例)、四川(1例)监测到的12例VZV疑似患者为研究对象,收集其疱疹液或咽拭子标本共12份.通过琼脂糖凝胶电泳鉴定标本VZV阳性情况,采用PCR扩增VZV阳性标本以及国产水痘减毒活疫苗v-Oka-BK和进口水痘减毒活疫苗Varilrix-1的gM、gL基因序列片段,进行核苷酸序列测定和分析.采用BioEdit、MEGA 5.0软件,比对VZV阳性标本与疫苗株(v-Oka-BK、varilrix-1)以及GenBank的国外野毒株(41株)、亲本株(p-Oka)、疫苗株(v-Oka、varilrix、varivax)的核苷酸序列.结果12份标本均为VZV阳性.与疫苗株和亲本株相比,1份阳性标本gM基因在86686位点发生碱基突变,并导致氨基酸突变,5份阳性标本在87844位点发生碱基突变,有30株国外野毒株在87844位点上也存在相同变异;1份阳性标本gL基因在101245位点发生碱基突变,并导致氨基酸突变,6份阳性标本在101624、101625、101625位点上均发生了碱基缺失,国外野毒株在这3个位点均发生相同变异.与疫苗株相比,12份VZV阳性标本gM的核苷酸、氨基酸同源性分别为99.2%~100%和98.2%~100%,gL的分别为99.3%~100%和98.6%~100%;与41株国外野毒株相比,gM的核苷酸、氨基酸同源性分别为99.3%~100%和98.5%~100%,gL的分别为99.1%~100%和98.6%~100%.基因亲缘性关系树分析显示,基于gM有7份VZV阳性标本与疫苗株及亲本株在同一分支上;基于gL,有12份VZV阳性标本均与疫苗株及亲本株在同一分支.结论12份VZV阳性标本gM、gL基因序列高度保守,抗原性稳定,存在减毒位点可能.
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传承是中医学术生命的"基因特征"
传承作为传统文明生存发展的主旋律,也是中医学术生命的"基因特征".江苏省中医院一直遵循着这一中医学术生命的传承与发展规律,积极创新传承模式,努力落实保障措施,不断强化传承基因特征,取得了明显成效.
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2013～2014年中国大陆四株不同基因型麻疹病毒分离株血凝素基因特征分析
研究2013～2014年中国大陆分离到4株不同基因型麻疹野毒株血凝素蛋白(HA)编码基因的基因和氨基酸特征及变异程度.选取2013～2014年我国优势基因型H1a 1株,输入基因型B3、D8和D9各1株作为代表株,核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增H基因编码区全序列(1854bp)并测序,使用sequencher5.0进行序列拼接,并与GenBank下载的H1基因型4株、B3基因型和D8基因型各8株、D9基因型2株及中国A基因型麻疹疫苗株沪191(S191)和长47(C47)H基因全序列进行比较分析,使用MEGA5.0比对并构建亲缘性关系树及分析其核苷酸和氨基酸差异.4株不同基因型野毒株与A基因型疫苗株H基因核苷酸和氨基酸同源性为94.2％～96.7％,95.4％～96.7％,氨基酸差异数为20～28,其中Beijing14-1(H1a)与A基因型疫苗株H基因同源性低.H1a毒株与1993～1994年分离的毒株核苷酸同源性较高为97.7％～98.2％.Beijing14-1 (H1a)和Shanghai14-1 (B3)第240位点氨基酸位点由S→N,导致HA蛋白的1个N-糖基化位点丢失.4株野毒株与中国A基因型疫苗株H基因核苷酸和氨基酸同源性较高,且重要中和抗原位点未出现明显突变.从基因层面上分析A基因型疫苗株对我国流行的H1a亚型及B3、D8和D9输入性基因型野毒株感染仍具有较好的保护效果.
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云南省疫苗衍生脊髓灰质炎病毒全基因组序列遗传特征分析
为了解云南省疫苗衍生脊髓灰质炎病毒(Vaccine-derived Poliovirus,VDPV)的基因组特征,对2010年及2012年监测到的4株VDPV进行全基因组序列测定.结果显示,2株Ⅱ型VDPV的基因组全长均为7439nt,与Sabin Ⅱ疫苗株全基因组核苷酸和氨基酸的序列同源性分别为95.4％和97.7％;2株Ⅰ型VDPV基因组全长均为7441nt,与Sabin Ⅰ疫苗株全基因组核苷酸和氨基酸序列的同源性分别为93.9％和97.9％.减毒位点分析发现Ⅱ型和Ⅰ型VDPV毒株分别有两个(nt 481和nt 2909)和三个减毒位点(nt 480、nt 2795和nt 6203)发生了回复突变.VP1序列分析显示Ⅱ型和Ⅰ型VDPV毒株与相应Sabin株的变异分别为1％和2.3％,重组分析显示Ⅱ型和Ⅰ型VDPV的基因组结构分别为S2/S3和S1/S2/S1/S3,后者的重组次数高达3次,显示了重组的普遍性和复杂性,也表明了病毒在人体内复制和传播的持久性与重组的多样性成正相关.因此,从分子水平分析VDPV的特性,可掌握病毒的变异动态,为制定科学可行的VDPV控制策略提供理论依据.
关键词： 疫苗衍生脊髓灰质炎病毒 基因特征 序列测定和分析
