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老年原发性直肠癌组织中miRNA-143和miRNA-221的靶基因预测及相关生物信息学分析
目的 探讨miRNA-143和miRNA-221在老年直肠癌中的诊断价值及临床意义.方法 收集2015年9月-2016年12月蚌埠医学院第一附属医院老年直肠癌患者标本50例和健康人群标本30例,使用高通量测序技术、荧光定量PCR检测验证直肠癌及正常组织中miRNA差异表达;Pearson检验对miRNA-143和miRNA-221进行相关性分析;miRBase数据库预测两者miRNA的靶基因;R 3.4.0软件绘制差异miRNA热图聚类图,miRNet数据库和cytoscape 3.5.1绘制miRNA与mRNA表达调控网络.结果 对比正常组织,miRNA-143和miRNA-221在老年原发性直肠癌组织中均下调(P ＜0.001,P=0.009),两者表达水平呈正相关(r=0.517,P=0.003).GO功能注释主要富集于MAPKK活性、干细胞发育、STAT蛋白酪氨酸磷酸化调控、蛋白质磷酸化氨基酸结合、酪氨酸磷酸化肽、调节脂质激酶活性、磷蛋白聚合、核转录mRNA聚A尾缩短等生物学过程和分子功能(P＜0.01);KEGG信号通路富集主要涉及TP53基因调节细胞死亡基因转录、VEGF信号通路、IL-4信号通路、抑瘤素M信号通路(P＜0.01).调控网络表明miRNA-143和miRNA221之间有少许靶基因重合,两者之间具有协同作用.结论 miRNA-143和miRNA-221作为直肠癌抑癌因子,为临床老年直肠癌的诊断提供一定的临床意义.
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人子宫内膜细胞基因表达谱研究
目的 通过研究人子宫内膜细胞基因表达谱,分析人子宫内膜特异表达基因的水平及相关信号通路.方法 通过新一代测序数字基因表达谱(DGE)方法对人子宫内膜细胞进行转录组测序,与人脐带间充质干细胞基因表达谱对比获得子宫内膜特异表达基因,进行GO注释富集分析和KEGG信号通路富集分析.结果 人子宫内膜细胞表达基因17 485个.其中与人脐带间充质干细胞基因表达谱对比,子宫内膜细胞特异表达基因3 651个.选取转录本定量FPKM值大于10个拷贝的627个子宫内膜特异表达基因,进行GO注释富集分析发现,子宫内膜特异表达基因与细胞外区域的结构和细胞外基质、胶原蛋白代谢、细胞迁移的调控等功能相关;KEGG信号通路富集分析发现,子宫内膜特异表达基因与黏着斑、吞噬泡、脂肪酸代谢、细胞凋亡等信号通路相关.结论 获取人原代子宫内膜细胞的基因表达谱,并对其差异基因进行GO注释和KEGG信号通路富集分析,可为进一步研究提高子宫内膜容受性的方法提供可靠依据.
