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临床生物信息学文献资料
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利用文本挖掘技术和生物信息学方法研究鹿茸生物学功效
目的 利用文献数据文本挖掘技术结合生物信息学分析方法,从基因表达谱角度探索鹿茸的生物学功效.方法 首先对中国知网、万方数据库和维普数据库三个常用的中文数据库中关于鹿茸的基因表达调控作用的相关文献进行挖掘,提取基因表达数据,进行数据清洗、标准化.其次,通过Cytoscape制作蛋白相互作用网络,再利用自主研发的“疾病-基因-化合物”分析平台进行关联分析,得到鹿茸的适应证和禁忌证.使用DAVID工具对鹿茸基因表达数据进行KEGG通路功能富集分析,筛选出相应的生物学通路及靶点.后,通过查阅鹿茸药理学作用相关古籍、文献验证本方法的准确性.结果 本文共挖掘到鹿茸相关调控基因30个,其中上调基因21个,下调基因9个;制作出鹿茸相关调控基因蛋白互作网络;关联分析找到十几种鹿茸的适应证和禁忌证;KEGG通路富集分析找到鹿茸在抗肿瘤、抗感染、提高免疫力三个功效方面的作用通路及靶点.结论 文本挖掘结合生物信息学方法是一种研究中药药理机制及功效的新方法.
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浅谈临床生物信息学在临床医学教育中的作用及初步实践
生物信息学是一门整合计算机科学及生命科学的交叉学科,已有30余年历史,但仍方兴未艾.21世纪以来,生物医学已逐渐进入大数据时代,海量的以测序为代表的基因组、转录组、蛋白质组数据将为深刻揭示人类疾病发生机制及寻找治疗药物提供了前所未有的契机.目前,在临床医学研究及教学中,生物信息学方法及应用尚未得到足够重视.作者结合临床生物信息学发展现状及未来趋势,探讨了临床生物信息学学科在临床医学教学及转化研究中的作用.
