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探索应用反向对接技术研究蛋白激酶抑制剂选择性的可行性
本文探索了应用反向对接技术研究激酶抑制剂选择性的可行性.首先通过收集晶体结构数据或使用同源建模方法建立了包含422个激酶的靶点三维结构数据库,在此幕础上建立了反向对接激酶靶点筛选方法,并对相关参数和打分函数进行了优选.后,选取了7个典型的选择件激酶抑制剂作为例子.用于测试该反向对接激酶靶点筛选方法.结果表明,这些激酶抑制剂的选择性作用靶点均具有较高的打分值(打分值均排在所测试激酶的35%以内).本文的研究提示,反向对接技术可以应用于激酶靶点虚拟筛选,并进而应用于激酶抑制剂的选择性研究.
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丹参抗成纤维细胞增殖作用的分子机制研究
目的 探讨丹参抗成纤维细胞增殖作用的有效成分及分子作用机制.方法 采用索氏提取法制备丹参多种提取物及萃取部位;以抗人增生性瘢痕成纤维细胞(HSF)增殖的活性为导向,MTS法筛选活性部位,流式细胞仪检测细胞周期；UPLC-Q/TOF法分析丹参活性成分；通过反向对接预测试药抗细胞增殖的机制,RT-PCR检测caspase-3、MAP2K1、MAPK1增殖相关基因的表达水平.结果 丹参石油醚提取部位有较强的抗HSF增殖的活性,能显著增加G0/G1期细胞的比例,降低增殖指数(PI),其主要活性成分为丹参酮类化合物；反向对接预测结果显示,丹参酮类化合物抗HSF增殖机制主要与调节caspase-3和MAP2K1等靶点及其相关通路有关;隐丹参酮能够上调caspase-3基因的表达,下调MAP2K1、MAPK1基因的表达,与预测结果相吻合.结论 丹参抗HSF增殖作用的机制与丹参酮类成分调节MAPK、VEGF等信号通路有关.
关键词： 丹参 人增生性瘢痕成纤维细胞 MAPK1 反向对接 丹参酮 -
三七抗增殖作用的有效成分筛选及机制研究
目的 筛选三七抗瘢痕成纤维细胞(human hypertrophic scar fibroblasts,HSF)增殖作用的有效成分并研究其作用机制.方法 采用索氏提取法将三七药材按照极性依次提取;以MTS法筛选其中具有较好抗HSF增殖作用的提取物,结合流式细胞仪检测其对细胞周期的影响;进一步采用HPLC对其有效成分进行谱效分析,将其中高活性成分进行UPLC-Q/TOF-MS鉴定及验证,通过反向对接技术预测有效成分的抗增殖作用机制.结果 三七醋酸乙酯提取部位有较高的抗HSF细胞增殖活性(P＜0.01),能显著增加G0/G1期细胞的比例(P＜0.01),降低增殖指数(proliferation index,PI)(P＜0.01),其中主要活性成分为皂苷类化合物;以人参皂苷Rh1和人参皂苷Rg1为例的验证结果显示,这2种成分均能抑制细胞的增殖且呈剂量依赖性.反向对接预测结果显示,皂苷类化合物可能通过MAP2K1、MAPK14、HRAS等靶点作用于抗HSF细胞增殖相关信号通路.结论 三七醋酸乙酯提取物对瘢痕成纤维细胞增殖有抑制作用,主要成分为其中的皂苷类化合物,其作用机制可能与调节MAPK、黏着斑等信号通路有关.
关键词： 三七 瘢痕成纤维细胞 谱效分析 UPLC-Q/TOF-MS 反向对接 -
牛蒡苷元抗肿瘤潜在靶点预测及验证
目的 研究牛蒡苷元潜在抗肿瘤作用靶点.方法 以idTarget反向分子对接在线服务器为工具预测牛蒡苷元潜在抗肿瘤作用靶点,采用正向分子对接分析其相互作用,并进一步进行体外分子水平和细胞水平试验验证对接结果.结果 反向分子对接结果显示牛蒡苷元能够较好地与肝细胞生长因子受体c-Met结合,预测结合常数Ki值为248 nmol·L-1 (PDB ID:3EFK);正向分子对接结果显示牛蒡苷元与靶点存在合理的氢键相互作用;酶联免疫法测定牛蒡苷元100 nmol· L-水平对受体酪氨酸激酶c-Met酶活抑制率为47.5％;磺酰罗丹明B蛋白染色法测定牛蒡子苷元对非小细胞肺癌细胞株(EBC-1)增殖抑制的IC50值为(201.7±19.8)nmol·L-1.结论 c-Met是牛蒡苷元抗肿瘤作用的潜在靶点.
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异白花丹酮的人类疾病靶点预测研究
目的:预测异白花丹酮的人类疾病靶点.方法:采用PharmMapper在线反向对接服务器预测异白花丹酮的靶点,运用PyRx软件将异白花丹酮与各靶点蛋白分子对接,以Discovery Studio Visualizer 4.0软件进行对接构象分析.结果:人类靶点中得分高的20个靶点中有5个靶点与疾病相关,得分高的前3个蛋白靶点分别是Vitamin D3 receptor、GTPase Hras和Leukocyteelastase,分子对接结果显示异白花丹酮与这3个靶点都存在氢键或范德华力作用.结论:Vitamin D3 receptor、GTPase Hras和Leukocyte elastase可能是异白花丹酮的人类疾病靶点.
