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16SrDNA高通量测序文献资料
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基于16S rDNA测序技术分析不同龄期蚕沙中菌群多样性
该文对不同龄期烘干前后蚕沙中菌群多样性进行分析与评价,以期明确其菌群组成及其丰富度差异,阐明烘干处理对中药材蚕沙中菌群的影响,为其功效科学内涵的揭示提供依据和参考.应用高通量测序技术测定蚕沙细菌的16S rDNA-V4 变异区序列,应用Qiime,Mothur,PICRUSt等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析蚕沙样品中菌群的组成、丰度、分布、Alpha多样性、Beta多样性,菌群差异性及对群落的代谢功能等进行预测.该研究获得用于分析的有效序列数为259 250;稀疏曲线表明测序深度充分,OTU 的数量接近于饱和.蚕沙菌群主要由变形菌门(Proteobacteria,89.3%)、放线菌门(Actinobacteria,5.0%)、厚壁菌门(Firmicutes,4.4%)、拟杆菌门(Bacteroidetes,1.1%)、蓝细菌(Cyanobacteria,0.2%)组成,其优势菌门为变形菌门.烘干后蚕沙的菌群多样性及丰富度降低,五龄蚕沙尤为明显.PICRUSt分析蚕沙菌群对应的基因功能发现膜转运、碳水化合物代谢、氨基酸代谢、脂质代谢、核苷酸代谢,细胞过程与信号传导等基因功能丰度较高.烘干处理可显著降低蚕沙中致病菌的种类和数目,有利于药材药用品质,相比于低龄期蚕沙,五龄蚕沙更适宜入药.Illumina MiSeq 高通量测序技术为蚕沙菌群的研究提供了更加准确、科学的数据资源.
关键词： 不同龄期 蚕沙 菌群多样性 16SrDNA高通量测序
