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副溶血弧菌分子分型数据库建立与分析
目的 对我国8个省(直辖市)分离的副溶血弧菌使用脉冲场凝胶电泳(PFGE)开展分子分型工作进行回顾性分析;建立副溶血弧菌PFGE分型数据库,分析其特征.方法 对2005-2014年期间分离自8个省(直辖市)的617株副溶血弧菌使用SfiⅠ酶切后进行PFGE实验,使用BioNumerics 5.01软件分析菌株的PFGE图谱并建立副溶血弧菌分子分型数据库.结果 本研究所建立的副溶血弧菌分子分型数据库共包含617条副溶血弧菌的分子分型信息.这些副溶血弧菌的PFGE图谱可以分为360个PFGE型别,按照PulseNet China的规则对这些PFGE型别进行编码.不同PFGE型别的相似系数介于35.8％～99.6％.237株外环境和食品分离菌株有221个PFGE型别,345株患者分离株有127个PFGE型别.相同血清型的副溶血弧菌具有相同或者非常相似的PFGE型别,而不同血清型之间的副溶血弧菌的PFGE型别差异则较大.大流行血清型(如O3∶K6和O4∶K8)具有多个优势PFGE型别,对于某些血清型,地理位置相近省份分离菌株的PFGE图谱相似性更高.结论 分离自患者菌株的PFGE图谱克隆化程度高,而分离自食品和外环境的菌株,PFGE图谱多态性较大.PFGE在发现病例成簇中能够发挥作用;对于患者相关PFGE图谱成簇的菌株应加强流行病学调查和溯源工作.
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艾伯特埃希菌PFGE分子分型及其数据库的建立
目的 建立艾伯特埃希菌PFGE分子分型方法,分析不同来源艾伯特埃希菌间的同源关系,并建立其PFGE分型数据库.方法 参考非0157大肠埃希菌PFGE分型方法,对从自贡、泸县地区分离的63株艾伯特埃希菌和1株艾伯特埃希菌参考菌株LMG20976进行PFGE分析,利用BioNumerics 7.5软件分析PFGE图谱并建立数据库,并对分型结果与样本来源、类型、ST型、intimin亚型等进行关联性分析.结果 64株艾伯特埃希菌分型效果明显,被分为46种PFGE带型,分别命名为EASX01001～EASX01046,相似度为55％ ～ 100％,包含9种克隆群(≥2种带型形成克隆群),同种带型超过2株的带型共有8种.结论 非O157大肠埃希菌PFGE分型方法适用于艾伯特埃希菌分型研究,比MLST技术具有更高的分辨能力,通过图谱分析发现艾伯特埃希菌具有遗传多样性的特点.同时,建立的数据库为深入了解艾伯特埃希菌的分子流行病学特征提供科学依据.
