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注射用丹参多酚酸治疗糖尿病大鼠脑卒中的基因芯片表达谱分析
目的 研究注射用丹参多酚酸对糖尿病大鼠脑卒中脑组织基因表达谱的影响.方法 将Wistar大鼠随机分为假手术组(DM+Sham)、糖尿病脑缺血/再灌注损伤模型组(DM+MCAO/R)、依达拉奉组(6 mg·kg-1,ED)、丹参多酚酸治疗组(5.25、10.5、21 mg·kg-1,SLI),每组13只.缺血/再灌注3 h后尾静脉注射给药,每日1次,连续给药14 d.末次给药 30 min后,分别用TTC染色和基因芯片技术检测梗死体积和脑组织中相关基因表达.结果 给药14 d后,与假手术组相比,模型组筛选出67个差异基因,其中41个上调,26个下调;丹参多酚酸(21 mg·kg-1)治疗组与模型组比较差异基因有59个,其中45个上调,14个下调,由聚类分析可得糖尿病局灶性脑缺血/再灌注损伤恢复期有多种基因如Ly6i、Pax7、Irx2发现明显变化,通路分析发现,主要涉及凝血止血、炎症、氧化应激、物质代谢、神经血管新生及信号传导等.结论 丹参多酚酸治疗糖尿病脑卒中主要通过干预凝血止血、炎症、氧化应激、物质代谢、神经血管新生及信号传导等达到治疗目的.
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基于支持向量聚类的肿瘤表达谱分型识别算法
对肿瘤样本进行准确的分型识别是有效治疗肿瘤的前提.首先,利用方差滤波方法选择肿瘤表达谱中具有大方差的部分基因作为识别特征集,然后,利用支持向量聚类对肿瘤表达谱进行分型识别.针对多类型样本情况和支持向量聚类中出现的孤立点聚类问题,分别提出了有效的解决办法.对两个肿瘤表达谱数据的测试结果显示,基于支持向量聚类的方法能够准确地对肿瘤样本进行分型识别,同时能够自动发现肿瘤样本真实的亚型数量.
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卵巢癌干细胞基因表达谱共有特征分析
目的 分析卵巢癌干细胞共有的差异基因表达特征.方法 将NCBI GEO数据库中获取的细胞系及患者来源的卵巢癌干细胞与各非干性癌细胞的全基因组表达谱进行整合比对分析,运用GeneSifter软件解析出卵巢癌干细胞共有差异表达基因,并对其共同涉及的生物学特性及信号通路进行富集分析.结果 卵巢癌IGROV1细胞系和进展期患者腹水来源的干性侧群细胞相比各非干性侧群细胞,以及OVCAR3细胞系来源的多细胞球相比其他非干性卵巢癌细胞的差异表达基因数分别为1 347、509、6 495个；其中,NAB1、JAK1、PIK3R1、TMOD1和S100A6等为共同上调的关键基因,而PROS1、GREB1、KLF9、CRABP2、GADD45B、Notch1、LATS2和SLFN 11等为共同下调基因(差异＞1.5倍；P均＜0.05).这些差异表达基因显著富集于表观遗传修饰、细胞周期调控、跨膜信号转导及化学排斥蛋白通道活性等分子功能,共同参与了细胞干性维持、细胞增殖调控、细胞分化程度降低及迁徙能力增高、细胞耐受及抗性增强等生物学进程,以及与卵巢癌发生、发展密切相关的ECM、ErbB和Hedgehog等信号通路.结论 各卵巢癌干细胞中存在共有的干性差异表达基因、共同富集的生物学特性及特异信号调控网络.
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cAMP、cGMP及基因表达谱在心气虚型家兔心衰模型中的变化
目的 通过观察cAMP、cGMP的含量和比值,以及对基因表达谱芯片的分析,从微观角度揭示家兔心气虚证心衰模型的发病机制.方法 导管术造成家兔充血性心力衰竭,于15d、30 d取血检测cAMP、cGMP含量并剪取心肌组织进行HE染色及病理观测损伤程度,并利用全基因表达谱芯片分析心气虚型心衰模型家兔的基因表达差异.结果 ①正常家兔的心肌细胞无损伤,造模15 d、30 d家兔均出现心肌细胞损伤,且30 d的损伤更加广泛和严重；②与正常对照组比较,造模15 d和30 d组cGMP含量增加(P＜0.05),cAMP含量和cAMP/cGMP比值下降(P＜0.05),且30 d组与15d组比较cGMP含量增加(P＜0.05),cAMP含量和cAMP/cGMP比值下降(P＜0.05)；③15d、30 d模型组与正常对照组间差异基因的交集基因有665个,对NCBI中功能注释明确的家兔基因,应用序列比对来注释功能,得到16个功能明确的基因,它们主要与离子通道、肌收缩和信号转导等功能有关.结论 血清cAMP、cGMP含量、cAMP/cGMP比值可较好地反映心气虚证家兔心衰的病变程度,可用于对该模型进行评价；交集的665个基因包含模型稳定影响的基因,对该部分基因进行分析挖掘有望找到受模型影响的特异基因.
