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CIART在肝细胞癌组织中的表达及其临床意义
目的 探讨昼夜相关转录抑制因子(CIART)在肝癌组织中的表达及其与肝癌患者临床特征和预后间的相关性.方法 基于癌症基因组图集(TCGA)数据库与人类蛋白质图集(HPA)数据库,比较CIART在肝癌组织和正常肝组织中mRNA及蛋白水平的表达量;分析CIART mRNA表达量与肝癌患者临床特征及预后间的相关性;利用cBioPortal在线平台分析CIART基因拷贝数变异及其启动子区DNA甲基化情况;采用基因集富集分析(GSEA)研究CIART基因表达水平与京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路基因集的相关性.结果 CIART在肝癌组织中mRNA和蛋白水平表达量均较正常肝组织呈现上调,且CIART mRNA表达量对肝癌具有较好的诊断效能(AUC =0.7794,P＜0.01).除患者性别(P＜0.01)外,CIART mRNA表达量与肝癌患者其余临床病理特征间无显著关联(P均＞0.05).Kaplan-Meier分析及Cox回归分析提示,CIART mRNA高表达是影响肝癌患者总体生存率和无复发生存率的独立危险因素(P均＜0.05).370例肝癌患者中有42例(11.35％)存在CIART基因扩增变异,且与CIART mRNA上调显著相关(P＜0.05).此外,370例肝癌患者CIART启动子区DNA甲基化程度与CIARTmRNA表达量呈显著负相关(Pearson's r=-0.7126,P＜0.01).GSEA分析显示,高表达CIART样本中存在基础转录因子(BASAL_TRANSSCRIPTION_FACTORS)通路和碱基切除修复(BASE_EXCISION_REPAIR)通路基因集的富集(P均＜0.05).结论 CIART可能作为一种癌基因参与肝细胞癌的发生、发展,并具有成为肝细胞癌诊断标志物、预后指标及治疗靶点的潜在价值.
关键词： 肝细胞癌 癌症基因组图集数据库 昼夜相关转录抑制因子 基因拷贝数变异 DNA甲基化 基因集富集 预后
