首页 > 文献资料
-
基于Mimox工具分析幽门螺杆菌Catalase模拟表位
目的 利用Mimox软件分析幽门螺杆菌Catalase蛋白模拟表位的性质,并与手工比对结果进行比较.方法 将源于噬菌体随机肽库筛选技术获得的5个Catalase模拟表位输入Mimox网站,参数设定为默认值,进行模拟表位的比对,寻找共同序列并分析其性质.结果 从ClustalW界面比对结果看,氨基酸P、T、S、L、A出现频率较高,通过统计学的方法推导出的共同序列为-[ HST] X[ DST] FRPXA [ TNQ][ LV][FW]T-,其中氨基酸P(80％)和A(60％)的出现频率较高.通过JalView界面推导出的共同序列为-H-DFRP-AT-T-,保守性上氨基酸T(分值8)、P(分值6)、D(分值5)比较高；特性上氨基酸T(分值2.4595077)、P(分值2.235784)、R(分值2.1615076)比较高；共同性(consensus)上氨基酸P(80％)、A(60％)、T(60％)比较高,与先前手工比对得出的结论基本相符.结论 结合噬菌体筛选技术和生物信息学Mimox工具对模拟表位进行分析,可以获得较全面的表位信息.
-
基于Mimox工具分析幽门螺杆菌Lpp20蛋白模拟表位
目的 利用Mimox软件分析幽门螺杆菌Lpp20蛋白模拟表位的性质.方法 将源于噬菌体随机肽库筛选技术获得的6个Lpp20模拟表位输入Mimox网站,参数设为默认值,进行模拟表位的比对,寻找其共同序列并分析其性质.结果 从ClustalW界面比对结果看,氨基酸D、A、S、G、L在模拟表位中出现的频率较高.通过统计学的方法推导出的共同序列为-[-W][PST][LDE]H[SDE][DM]ASG-[LT][YFW][-R]-,第2位置氨基酸W(50％),第7位置氨基酸D(67％),第8位置氨基酸A(50％),第9位置氨基酸S(50％),第12位置氨基酸L(50％)的出现频率较高.通过JalView界面推导出的共同序列为-WPLHSDASG-LYR-,保守性上第6位置S(分值6)、第7位置D(分值5)、第12位置L(分值5)比较高；特异性上第6位置S(分值2.067 059)、第12位置L(分值2.529 612)、第10位置G(分值1.805 491 4)、第3位置P(分值1.761 471 6)比较高；共同性上第7位置D(66％)、第8位置A(50％)、第9位置S(50％)、第10位置G(66％)比较高.结论 结合噬菌体筛选技术和生物信息学Mimox工具对抗原模拟表位进行分析并获得较全面的表位信息,为进一步确定抗原表位及研制新型表位疫苗奠定基础.
