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草珊瑚叶片全长cDNA文库构建及EST序列分析
目的 构建草珊瑚Sarcandra glabra叶片全长cDNA文库,进一步发掘与草珊瑚代谢及抗逆相关的基因,为草珊瑚功能基因的发现提供实验基础.方法 以草珊瑚的嫩叶为实验材料,利用SMART法(即Clontech公司SMARTer试剂盒)构建草珊瑚全长cDNA文库.利用ABI3730 DNA序列分析测序获得大量的EST序列,利用生物信息分析方法对EST序列进行功能注释.结果 构建了草珊瑚叶片的全长cDNA文库,经过鉴定草珊瑚cDNA文库的文库滴度为1.14×107 cfu/mL,平均插入片段为1 000bp.利用该文库测序了221个单克隆,共获得EST序列177条,拼接出151个单一序列;利用NCBI数据库进行同源比对分析,共有119条(79％)与已知基因有显著的同源性,进行GO功能注释,显示其表达术语涉及了细胞生长,信号转导,蛋白质合成、转录,抗逆反应以及能量代谢等.结论 构建了符合要求的草珊瑚叶片全长cDNA文库,并对相关EST序列进行了生物信息学分析,为草珊瑚基因组学研究提供一定的参考.
关键词： 草珊瑚 全长cDNA 表达序列标签(EST) 基因注释 GO功能注释 -
小叶女贞叶片转录组研究
目的 探讨小叶女贞中化学成分生物合成的遗传基础.方法 采用Illumina/Solexa Hiseq 2000测序平台在转录水平上对小叶女贞叶片进行高通量测序,结合生物信息学方法开展基因功能注释和SSR位点搜索.结果 共获得4 907 020 800个clean reads,含4.90 Gb的有效数据.利用生物信息学对clean reads进行拼接和组装共获得157 450条Unigene,总长度、平均长度和N5o分别为115.49 Mb,734 bp和1510bp.进一步进行基因功能预测,在GO数据库中共有17 756条Unigene可被分别注释到细胞组分、分子功能和生物学过程3大类别中,将Unigene与COG数据库进行比对,可获得25个功能类别,其中大部分Unigene与叶片中物质的合成与转运相关.在KEGG数据库中进行搜索比对,Unigene可定位到21类代谢途径中,涉及重要次生代谢产物苯丙素类、黄酮类和萜类生成的Unigene数目分别为860,216和806条.利用SSR分析软件,在所有的Unigene中共搜索到17 593个SSR位点,重复类型以二核苷酸为主.结论 本研究首次对小叶女贞转录组进行测序分析,获得的参与次生代谢的关键基因可为研究小叶女贞药用成分的生物合成和调控机制研究奠定基础.
