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利用全外显子组测序法筛选Leber先天性黑矇一家系候选致病基因的实验研究
目的 利用全外显子组测序法筛选Leber先天性黑矇(LCA)一个家系的候选致病基因,为补充或验证LCA致病基因的研究奠定基础.方法 采用横断面研究方法 .收集一个在深圳市眼科医院就诊的中国汉族LCA家系的临床资料.详细询问并记录全部家系成员的疾病史、家族史及婚育史,并对全部家系成员进行全面的身体检查.其中,眼部检查项目包括视力、眼位、眼压、验光、眼球运动情况、眼前段、眼底照相、光学相干断层扫描及视网膜电图检查等.提取先证者、另外1例患者及其父母的静脉血基因组DNA,采用磁珠提取法对DNA进行提纯.使用高通量测序平台对质量检测通过的DNA文库进行测序.在进行生物信息学分析时,对采集的数据行标准信息分析流程处理,同时对数据进行质控检测.采用GATK基因组分析网络工具库检索单核苷酸多态性位点和缺失标记位点的数量.测序结果 经生物信息学分析工具SeattleSeq Annotation138注释后,与人类HAPMAP、dbSNP138、Exome Sequencing Project及Exome Aggregation Consortium数据库进行比对.过滤掉已报道的常见变异后,再过滤掉位于非编码区的变异和同义突变,并进一步筛选出该LCA家系的候选致病基因.结果 该家系成员共有3代16人.其中,3名LCA患者均为第Ⅱ代成员,第Ⅰ代及第Ⅲ代成员均无发病者,符合常染色体隐性遗传规律.经测序及分析后,得到17个LCA的候选致病基因,分别为ACTN1、C1QTNF3、FAN1、MMP28、MYO9B、NAV1、NUP62、PHLDB3、PRDM12、SLC24A4、ST3GAL3、TCIRG1、TP53、USP54、YIF1B、ZDHHC17及ZNF107.这些基因均与目前已报道的24个LCA相关的致病基因不同.结论 对该家系的DNA进行分析后,发现了17个新的LCA候选致病基因,可为进一步明确该家系LCA致病基因的研究奠定了基础.
关键词： Leber先天性黑矇 家系 全外显子组测序 候选致病基因 -
遗传性肾病综合征候选致病基因筛选策略
部分遗传性肾病综合征(NS)与编码足细胞蛋白的单基因突变有关,目前,仍有80％的遗传性NS致病基因不明.大家系单基因遗传病筛选候选致病基因首选定位克隆,而小家系候选致病基因筛选优先选择外显子组测序.对致病基因不明的遗传性NS小家系核心成员进行外显子组测序,挑选出非同义、罕见、位于保守区域、软件预测有致病性、基因型与表型共分离的变异,携带该变异的基因即为候选致病基因.
