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CDPK2B文献资料
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刚地弓形虫钙依赖性蛋白激酶2B的生物信息学分析
目的 对刚地弓形虫钙依赖性蛋白激酶2B(TgCDPK2B)进行生物信息学分析,预测其免疫原性及其功能.方法 利用生物信息学在线预测软件ProtParam、SOSUI、ProtScale、TMHMM、SignalP-4.1、Targetp1.1Server、SOPMA、Motif Scan、SWISS-MODEL、SYFPEITHI等分析预测TgCDPK2B蛋白的理化性质、可溶性、亲疏水性、跨膜结构域、信号肽、亚细胞定位、二级结构、蛋白翻译后修饰位点,以及三级结构、可溶性、柔韧性、表面可及性、B细胞和T细胞抗原表位等. 结果 CDPK2B蛋白含有604个氨基酸,分子式为C2965H4633N823O890S23,相对分子质量(Mr)为66.78676×103,理论等电点为6.40,不稳定指数为31.70,脂溶性指数为77.43,平均疏水性系数为-0.440 562,属于亲水性蛋白.TgCDPK2B蛋白无信号肽和跨膜区,在该蛋白的二级结构中,α-螺旋、β-折叠、β-转角、无规则卷曲所占比例分别为38.58％、15.4％、11.42％和34.60％;TgCDPK2B蛋白含有11个亲水性和11个柔韧性参数＞2.0的区域,28个表面可及性＞1.9的区域,8个暴露表面得分＞2.3的区域.TgCDPK2B蛋白共有4种翻译后修饰位点,33个B细胞抗原表位,13个CTL细胞抗原表位,34个Th细胞抗原表位. 结论 生物信息学预测TgCDPK2B为可溶性蛋白,含有多个B、T细胞抗原表位,可作为弓形虫疫苗抗原候选.
