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2013～2015年宁夏地区手足口病柯萨奇病毒A组6型基因特征分析
研究2013～2015年宁夏地区普通手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)病例中柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)分离株基因特征.将2013～2015年收集的普通HFMD病例标本中所有非肠道病毒A71型(enterovirus,71)和非柯萨奇病毒16型(Coxsackievirus A16,CV-A16)的其它肠道病毒(Enterovirus,EV)核酸阳性标本,使用RD细胞进行病毒分离,获得的毒株使用兼并引物进行VP1区基因扩增和测序,测序结果编辑后通过BLAST比对进行型别鉴定,选择CV-A6毒株进行基因进化分析.2013～2015年共收集非EV71和非CV-A16的EV阳性标本998份,共分离到227株毒株,其中61株鉴定为CV-A6,同源性分析表明宁夏61株CV-A6间核苷酸和氨基酸序列同源性分别是96.1％～99.8％和98％～100％,与Gudla原型株同源性为82％～83.5％和93.8％～95.7％,遗传距离较远.CV-A6成为宁夏地区2013年和2015年其它肠道病毒中导致HFMD的主要病原体与国内流行的CV-A6具有较高的同源性,流行趋势一致,并且在宁夏地区存在多个传播链.
关键词： 手足口病(HFMD) 病原 柯萨奇病毒A组6型(CV-A6) 进化分析 -
江苏省2012-2013年柯萨奇病毒A组6型分子流行特征分析
目的 分析江苏省2012-2013年流行的柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6,CV-A6)毒株VP1区序列特征.方法 采集江苏省2012-2013年10例CV-A6感染引发的手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿的咽拭子或肛拭子样本,通过RT-PCR扩增完整VP1区.应用DNAStar软件包的MegAlign对CV-A6毒株的VP1区进行核苷酸和氨基酸序列比对分析,构建系统进化树.结果 同源性和系统进化分析结果显示,10株流行株与2008年芬兰流行株同属于分支F,核苷酸同源性为95.1％～96.5％,而与原型株Gdula核苷酸同源性较低,为82.4％～84.0％.01-PZ/JS/2012、02-PZ/JS/2012、03-PZ/JS/2012、04-BY/JS/2012和08-PZ/JS/2013属于分支F2,05-pZ/JS/2013、06-PZ/JS/2013、07-PZ/JS/2013、09-PZ/JS/2013和10-BY/JS/2013属于F3,不同亚分支毒株之间核苷酸同源性为95.8％～97.2％.结论 江苏省2012-2103年流行的10株毒株分别属于F2和F3分支,属于F2的5株毒株的VP1第30位氨基酸位点为V,而属于F3的5株毒株该位点为A.开展CV-A6流行株分子流行病学研究,了解毒株进化变异的趋势,对防控CV-A6引发的HFMD具有重要意义.
