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四川省急性弛缓性麻痹病例中肠道病毒71型的基因特征分析
目的 了解2006-2014年四川省急性弛缓性麻痹(Acute Flaccid Paralysis,AFP)病例中肠道病毒71型(Enterovirus 71,EV71)的基因特征.方法 对四川省2006-2014年AFP病例中分离到的10株EV71进行全VP1区逆转录-聚合酶链(RT-PCR)反应扩增和核苷酸序列测定,进行序列比对和构建进化树.结果 从3 216份AFP粪便标本中,分离出10株EV71病毒.经测序鉴定10株EV71均为C4基因亚型中的C4a进化分支.来源病例的临床诊断分别为:肠道病毒感染3例,格林巴利综合征4例,肌炎3例.10株EV71之间核苷酸同源性为93.6％ ～98.5％,氨基酸同源性为97.9％～100.0％.结论 2006-2014年四川地区AFP病例中分离到的EV71为C4基因亚型中的C4a进化分支.
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成都地区诺如病毒基因型流行现状分析
目的 了解成都地区诺如病毒各基因型的流行情况,探索疾病暴发增长的原因,为疾病预防控制工作提供科学的依据.方法 选取2014-2016年间,采用荧光PCR方法检测阳性的部分诺如病毒标本,对衣壳蛋白VP1基因的ORF2区进行测序,构建进化树并进行同源性分析.结果 89份标本均为诺如病毒GII群,包括GII.1、GII.2、GII.3、GII.6、GII.13和GII.17 6种基因型.其中2014-2015年以GII.17型为主,从2016年起,GII.2型逐渐取代GII.17型成为了主要流行株.结论 成都地区诺如病毒流行株的基因型变化显著,导致了疾病的暴发增长,增大了疾病防控的难度.需要持续开展诺如病毒的分子流行病学研究,以掌握病毒变异情况,预测疾病可能的流行趋势,提高疾病防控的预警能力.
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西北部分地区无偿献血人群HCV感染的分子流行病学的研究
目的 探讨西北部分地区无偿献血人群中丙型肝炎病毒(HCV)基因型(亚型)的分布.方法 收集无偿献血人群中HCV RNA阳性标本,通过RT-PCR扩增NS5B基因,测定其核苷酸序列后,与Genebank中已知序列进行分子进化分析,确定HCV基因型(亚型).结果 对西北部分地区(新疆、陕西、青海)137例HCV RNA阳性血清进行NS5B基因扩增,扩增阳性128例,其中1b占43.00%(55/128),2a 占35.16%(45/128),3a占 9.38%(12/128),3b占10.16%(13/128),6a 占2.34%(3/128).1b亚型之间同源性高为99%,低为93%,2a亚型之间同源性高为98%,低为91%,3a亚型之间同源性高为98%,低为91%,3b亚型之间同源性高为98%,低为93%.结论 西北部分地区无偿献血人群中HCV基因分型以lb和2a为主,3a,3b,6a亚型占的比例较低,和中国内陆地区的基因型分布相似.
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昆明犬细小病毒的PCR检测及VP2基因的进化分析
目的 自昆明某犬场病死犬心脏扩增犬细小病毒VP2基因并进行测序比对分析,了解其变异和进化情况.方法 从病死犬心脏提取病毒DNA进行PCR扩增,PCR阳性产物克隆至pMD18-T载体测序,并与已知参考毒株序列进行比对及系统发育分析.结果 p1p2引物测序与国内外毒株核苷酸同源性在98.0%～100.0%之间,其中与KU739_09高为100.0%;p3p4引物测序与国内外毒株核苷酸同源性在98.3%～99.6%之间,其中核苷酸同源性与KU739_09、02B9、08 - 5-WH和bj-3高均为99.6%.系统发育分析表明本次犬细小病毒分离株在CPV-2a亚型的进化分支上.结论 从昆明病死幼犬心脏中检测出犬细小病毒,此细小病毒为CPV-2a亚型,并且和KU739_09、02B9、08-5-WH和bj-3遗传关系比较密切.
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白及蔗糖合酶基因结构与功能的生物信息学分析
目的 蔗糖合酶(Sucrose Synthase)是植物蔗糖代谢途径中的关键酶,在植物的生长发育过程中具有重要作用.分析蔗糖合酶的核酸序列信息,预测其蛋白结构与功能,对进一步揭示该酶生物学功能具有重要指导意义.方法 将从白及转录组数据库中筛选得到蔗糖合酶核酸序列,采用生物信息学软件进行全长核酸序列信息与氨基酸结构分析.结果 该基因全长2 957 bp,编码816氨基酸.蛋白结构预测表明分子量为93.09 kD,理论等电点(pI)为5.97.该蛋白质二级结构主要为α-螺旋结构和无规则卷曲结构,结构域分析则发现该蛋白含有蔗糖合酶功能域和糖基转移功能域.同时,该蛋白与铁皮石斛氨基酸序列高度相似,达91.54％.以其与15种近源物种的蔗糖合酶氨基酸序列构建进化树,分析表明白及与铁皮石斛在进化关系上近.结论 该基因具有典型蔗糖合酶的结构特征,氨基酸序列及核酸序列与同源物种相似度高,在进化上高度保守.
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一条土壤来源S-腺苷甲硫氨酸合成酶基因克隆与进化分析
目的 获取土壤来源mctk基因编码s-腺苷甲硫氨酸合成酶基因,为通过基因工程生产s-腺苷甲硫氨酸创造条件.方法 设计metk基因特异简并引物,以土壤总DNA为模板,利用PCR技术扩增得到一条metk基因编码区,通过TA克隆、测序和同源比对及进化分析表明该基因为放线菌来源metk基因.结果 该基因全长编码区为1209bp.推测该基因编码全长为402个氨基酸残基,等电点(Pl)为4.68、分子量为43452道尔顿,含有S-腺苷甲硫复酸合成酶全酶必备的3个完整功能区的酸性蛋白质.进化分析表明该蛋白与天蓝色链霉菌A3(2)来源的s-腺苷甲硫氨酸合成酶基因相似性高达98％.结论 成功从土壤总DNA中克隆得到1条链霉菌同源的s-腺苷甲硫氨酸合成酶基因,为进一步利用该蛋白奠定了基础.
关键词： S-腺苷甲硫氨酸合成酶 土壤总DNA 进化分析 -
云南省2009年至2014年B型流感毒株血凝素基因进化分析
目的 了解云南省2009年至2014年B型流感病毒血凝素(HA1)基因突变及其抗原变异情况.方法 将云南省2009年至2014年流感哨点监测医院采集的流感样病例咽拭子进行病毒分离,随机抽取12株B型流感病毒进行HA1基因序列测定,并对测序产物进行分析,通过MEGA软件进行同源性比对、构建HA基因进化树.结果 云南省流感毒株血清型和基因型鉴定有差异,可能是由于基因变异后量的积累量不够引起.在HA1蛋白的抗原决定簇的3个重要区域120环,150环和160环都有氨基酸的变异.云南省流感毒株在120环的131位置氨基酸变异为N131K,137位置B-Victoria系氨基酸发生了N137H的变异,187位置有2株发生了P187S的变异.结论 云南省的B型流感毒株在血凝素基因重要位置发生了多处变异,有和疫苗株相同的变异,也有不同于疫苗株的变异.
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抗人宫颈癌单链抗体的基因构建、空间结构和进化分析
目的: 构建抗人宫颈癌单链抗体(scFv)基因CSAs-1,并进行二级结构和三级结构预测、理化性质分析及进化树构建.方法: 采用重叠延伸PCR方法, 以能特异性分泌抗人宫颈癌mAb的杂交瘤细胞株CSA125为原料,构建抗人宫颈癌scFv基因CSAs-1, 进行测序; 并通过Internet对其进行结构预测和进化树构建.结果: 抗人宫颈癌scFv基因CSAs-1有834 bp,对应278个氨基酸的多肽, 等电点预测值7.215,为碱性蛋白质; PHDsec二级结构显示CSAs-1属于α+β蛋白, V H和V L区均有多个蛋白激酶C磷酸化位点、酪蛋白激酶II磷酸化位点; CSAs-1三级结构建模显示V L和V H形成一个疏水的“口袋”, Linker游离于此结构之外.以上结果表明: CSAs-1符合scFv的结构特点,明显具有抗原结合位点的空间构象, 理论上应该具有良好的抗原结合活性.进化分析发现脊椎动物V基因形成三个进化群, CSAs-1 V区分布于进化树的A群中.结论: 构建一个鼠源性抗人宫颈癌scFv基因CSAs-1,为该基因的进一步原核和真核表达打下了基础; 应用信息学技术所获得的预测和分析结果为CSAs-1表达、纯化和活性研究提供了大量的信息; 为进一步分析抗体V H、V L在抗体功能中的作用、改造抗体、实现抗体的人源化、提高抗体的活性等方面提供了一定的依据.
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2013年西安地区柯萨奇病毒A6流行情况及基因特征
目的 研究2013年西安地区普通手足口病(HFMD)病例中柯萨奇病毒A6型(CA6)的流行情况及其基因特征.方法 从2013年采集的普通HFMD病例标本中随机挑选250份非肠道病毒71型(EV71)非柯萨奇病毒A16型(CA16)的其他肠道病毒核酸阳性者,利用实时荧光逆转录酶联聚合反应检测CA6,扩增部分阳性标本VP1 (viral protein,VP)基因,并测定序列,与CA6其他参考序列比对,进行进化分析.结果 在250份样本中CA6阳性者共191份,阳性率为76.4％.进化分析显示西安地区2013年CA6与近年来流行于世界各地的CA6新变种同源性较高,而与原型株进化距离较远.序列比对发现本地毒株VP1与CA6新变种核苷酸序列相似性在89.7％～97.5％,编码氨基酸相似性为96.0％～99.7％;与CA6原型株及2006年以前中国大陆分离株核苷酸相似性为82.3％～83.8％,氨基酸相似性为93.8％～94.9％.结论 2013年西安地区HFMD普通病例病原以CA6为主,流行株为近年来流行于全球各地的CA6新变种.
关键词： 手足口病(HFMD) 病原 柯萨奇病毒A6型(CA6) 进化分析 -
一株新的H9N9亚型禽流感病毒的全基因测序及分子特征分析
目的 了解2013年华东地区活禽市场分离的一株H9N9亚型禽流感病毒(命名为:A/chicken/Changzhou/C08/2013)的分子特征,探讨该病毒的出现对新型H7N9亚型禽流感病毒防控的意义.方法 采用高通量测序技术对该分离株进行全基因组测序,MEGA6.0软件进行序列比对,采用邻近归并法(neighbor-joining)构建系统发生树进行基因特征分析.结果 A/chicken/Changzhou/C08/2013血凝素基因(HA)与上海鸡分离株A/chicken/Shanghai/1107/2013 (H9N2)的核苷酸一致性高(99.2％),其HA基因裂解基序为VPSRSSR↓ GLF,呈典型低致病性禽流感病毒(AIV)分子特征;其余的基因则与新型H7N9亚型禽流感病毒的同源性较高(＞99.6％).结论 推测该H9N9病毒是由H9N2亚型AIV与新型H7N9亚型AIV发生重配的新型病毒,其HA基因来源于为H9N2亚型AIV,其他基因来源于新型H7N9亚型AIV,结果提示新型H7N9亚型AIV正在与禽中流行的其他亚型AIV进行重组,需要加强对AIV的持续监测.
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珠海市2013年手足口病患儿柯萨奇病毒A2型分离株基因特征分析
目的 分析2013年珠海市手足口病患儿柯萨奇病毒A2 (CV-A2) 5'UTR-VP4-VP2区基因特征,探讨其与国内外其他地区CV-A2分离株的关系.方法 采集2013年珠海市手足口病患儿粪便标本,提取病毒RNA,用半巢式RT-PCR方法扩增5'UTR-VP4-VP2区,通过测序和Blast比对确定病毒型别,并利用DNAStar软件和MEGA4.1软件分别对珠海市CV-A2分离株进行核苷酸序列分析和遗传进化树分析.结果 共鉴定出4株CV-A2,核苷酸序列分析表明CV-A2珠海株与2012年中国香港株在5'UTR-VP4-VP2区有高的同源性,达97.4％～98.2％;进化树分析显示4株CV-A2珠海株与2012年中国香港株共同构成A进化树分支,Bootstrap值为99％.结论 珠海市4株CV-A2与2012年中国香港株在5'UTR-VP4-VP2区具有较高的同源性,且进化关系密切.
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云南省瑞丽市2013年登革热暴发的分子流行病学研究
目的 调查云南省德宏州瑞丽市2013年登革热(denguefever,DF)暴发疫情的情况,掌握其分子流行病学特点.方法 收集登革热病例资料,采集急性期患者血清标本,用RT-PCR法检测登革病毒(dengue virus,DENV)核酸,并进行登革病毒C/PreM区核苷酸序列测定和分析.结果 2013年8～11月,瑞丽市共确诊登革热232例,其中本地感染病例145例(62.50％),缅甸输入性病例87例(37.50％).2013年瑞丽市登革热本地感染病例发病率为77.69/10万.主要流行地区为瑞丽市城区(53.45％,124/232)、姐告镇(16.81％,39/232)和勐卯镇(8.19％,19/232).经序列测定,获得17株病毒的C/PreM区基因核苷酸序列,系统进化分析表明,5株为登革Ⅰ型病毒,12株为登革Ⅱ型病毒,均与东南亚登革病毒流行株具有较近的亲缘关系.结论 瑞丽市在2013年发生了输入性和本地感染并存的登革热流行,并存在登革Ⅰ型和Ⅱ型病毒共同流行,来自缅甸的登革热输入性病例是引起本次登革热本地流行的主要原因.加强输入性病例的监测和管理是防止该病再次流行的关键措施.
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ORF1编码的四种非结构蛋白可用于戊型肝炎病毒的基因分型
目的 探讨人类戊型肝炎病毒(HEV)开放阅读框(ORF)1编码的四种非结构蛋白的基因序列能否用于其基因组的分型.方法 从GenBank中查找并下载能感染人类测序完整的全基因组的HEV基因组及蛋白序列共35株,用Clustal W程序对35株HEV的ORF1编码区序列进行多序列比对,并用treev32绘制基因进化树,研究其进化关系.结果 HEV的基因组全长为7.5kb;而RNA依赖的RNA聚合酶只有1460bp,其他的基因序列则更短,木瓜样半胱氨酸蛋白酶为479bp、解旋酶为734bp,多聚脯氨酸铰链只有200bp.这四种蛋白的多序列比对和进化分析结果与GenBank中的分型结果相符.结论 HEV ORF1编码表达的木瓜样半胱氨酸蛋白酶、多聚脯氨酸铰链、解旋酶和RNA依赖的RNA聚合酶的基因序列更短,且可作为HEV的分型依据,从而为HEV的分型找到了一种更简便、快捷的方法.
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2015年单县及周边县手足口病病原血清型分析及肠道病毒71型早期诊断意义
目的 了解单县及周边县2015年手足口病的肠道病毒血清型;评价IgM抗体检测在肠道病毒71(EV71)感染早期诊断中的意义.方法 分别在单县中心医院和郊县医院采集的标本共60份,RT-PCR法检测标本中的病毒核酸;采集EV71核酸阳性的急性期病例血液标本,ELISA法检测血清中IgM抗体.结果 在60份标本中,58份检出肠道病毒核酸(96.77％),其中43.33％为其他肠道病毒,40.00％为EV71,13.33％为柯萨奇A16(CA16);24份EV71核酸阳性的急性期病例血清标本中,22份EV71 IgM抗体阳性(84.60％).结论 2015年单县及周边县手足口病病原以其他肠道病毒和EV71为主,CA16为次;ELISA方法可用于EV71感染的早期诊断.
关键词： 手足口病 血清型 肠道病毒71型(EV71) 柯萨奇A16(CA16) 进化分析
