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广州地区无偿献血人群HCV E1和NS5B基因的测序和分型
目的 了解广州地区无偿献血人群丙型肝炎病毒部分基因的核苷酸序列和基因型分布.方法 收集广州地区无偿献血人群中抗-HCV阳性标本201份,采用荧光定量PCR(Q-PCR)的方法对其进行核酸检测,阳性标本同时作HCV E1和NS5B基因扩增;核苷酸序列测定后运用DNASTAR,BioEdit,Mega4.0等软件作序列分析和基因分型.结果 201 份抗-HCV阳性标本的HCV RNA阳性率为54.23%(109/201),其中男性的HCV RNA 阳性率为63.19%(91/144)、女性为31.58%(18/57)(P<0.05).109份HCV RNA 阳性的标本全部扩增出E1和NS5B基因,基因分型显示其HCV基因型比例依次为1b(46.79%)、6a(33.03%)、3a(10.09%)、2a(5.50%)、3b(3.67%)、1a(0.92%).结论 广州地区抗-HCV阳性的无偿献血人群HCV RNA阳性率男性高于女性,HCV毒株以1b和6a亚型多见.
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广州地区献血人群中HCV感染者HCV基因分型及感染途径研究
目的 了解广州地区献血人群中HCV感染者的感染途径及其HCV基因型/亚型.方法 收集2009年10月-2013年7月在广州献血并成功随访到的抗-HCV ELISA呈反应性的献血者标本296(人)份,以转录介导的扩增(TMA)方法检测其HCV RNA;对HCV RNA阴性标本采用RIBA法确证,对HCV RNA阳性标本,膜吸附法提取HCVRNA经RT-PCR扩增E1和NS5B基因后进行sanger核苷酸序列测定.运用DNASTAR,BioEdit,Mega5.0等软件作序列分析和基因分型.对献血者HCV感染途径的调查采用问卷调查的方法.结果 296名HCV感染者中,有197人(157例RNA阳性+40例RIBA阳性)确证为HCV感染者,按照HCV感染途径分为4组:静脉吸毒组8.63％(17/197)、输血或者血制品组17.26％ (34/197)、其他途径组(除静脉吸毒和输血或血制品以外的传播途径,如手术、纹身等)13.71％ (27/197)和感染途径不明组60.40％ (119/197).感染者不同年龄的比例为:18岁-＜25岁32.49％(64/197),25岁-＜35岁26.39％(52/197),35岁-＜45岁29.95％(59/197),45岁-54岁11.17％ (22/197),不同感染途径中不同年龄的分布总体比较具有明显差异(P＜0.05).HCV RNA阳性者157例,其中153人成功获得HCV基因分型:HCV-1b、2a、3a、3b和6a,分别占58.17％ (89/153) 、4.58％ (7/153)、7.84％(12/153)、3.27％ (5/153)和26.14％(40/153);静脉吸毒和输血或者血制品2组间HCV基因型分布有明显差异(P＜0.01):静脉吸毒组中HCV-6a占58.82％ (10/17),输血或血液制品组中HCV-1b占54.16％ (13/24).结论 目前广州献血人群中HCV感染者的感染途径多数尚不明确;HCV毒株以HCV-1b和6a亚型多见,静脉吸毒者中6a的流行率较高,有输血或血制品史的献血者中1b亚型的比例较高.
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中国5个地区献血人群HCV基因型分布及进化分析
目的 了解国内不同地区献血人群中HCV基因型、亚型分布及系统发育情况以及不同地区人群中HCV流行病毒株.方法 收集来自重庆、新疆乌鲁木齐、河南洛阳、四川绵阳和广西柳州5地无偿献血人群的抗-HCV阳性血浆标本802(人)份,1用逆转录巢式PCR对其HCV core基因片段扩增并测序;应用MEGA 6.0软件构建HCV分子进化树并对其做基因分型,用Arlequin和DNAsp软件对不同地区不同HCV基因型做群体动力学研究.采用SPSSStatistics 17.0软来分析HCV基因亚型和人口统计学特征的宣关性.结果 5个地区献血者抗-HCV阳性血浆标本获得HCV core基因片段成功扩增的比例为52.24％(419/892),其中重庆为47.37％ (116/247)、乌鲁木齐为54.17％(104/192)、绵阳为64.35％(74/115)、洛阳为38.95％ (67/172)、柳州为76.32％ (58/76);所有阳性PCR产物经双向测序后均获得核苷酸序列,共检测出8个HCV基因亚型:HCV-1a0.72％ (3/419)、1b 59.90％ (251/419),2a 16.95％ (71/419),3a 4.53％ (19/419)、3b 3.82％ (16/419),6a 12.41％ (52/419)、6e 0.95％ (4/419)、6n 0.72％(3/419),未检测到HCV-4和5型.5地献血人群中比例较高的2种HCV基因亚型:重庆为1b 46.55％(54/116)、6a18.97％ (22/52),乌鲁木齐为1b 67.62％(71/104)、2a 21.90％ (22/104)、洛阳为1b64.18％(43/67)、2a 29.85％(20/67),绵阳为1b 80.00％(60/75)、2a 10.67％(8/75),柳州为1b 41.38％(24/58)、6a 36.21％(21/58).HCV基因亚型和年龄、民族之间有明显的差异(P＜0.05).结论 本组我国5个地区献血人群HCV基因亚型丰度较高,以1b为主,2a次之,其余呈散在分布或未检出;不同地区人群的优势基因型均以1b比例为高,其次分别是2a或6a.HCV基因亚型和年龄、民族存在相关性.
