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基于舌鳞癌Tca8113细胞醛脱氢酶活性不同构建差异表达基因cDNA文库
目的 构建舌鳞癌Tca8113细胞系中高、低醛脱氢酶活性(high/low aldehyde dehydrogenase activity,ALDHhigh/ALDHlow)细胞差异表达基因cDNA文库.方法 用流式细胞仪检测ALDEFLUOR(R)染色的Tca8113细胞中干细胞标志物ALDH的表达,并收集ALDHhigh和ALDHlow细胞；用Trizol分别提取两亚群细胞的总RNA;用抑制性消减杂交(SSH)对2组RNA进行差异基因筛选和扩增,扩增产物与pMD18-T载体连接并转化大肠杆菌DH5α.文库扩增后,每库随机挑取24克隆进行酶切、测序及同源性分析.结果 分选得到ALDHhigh和ALDHlow两亚群细胞,其中ALDHhigh细胞的比例为2.5％；分光光度计测得ALDHhigh和ALDHlow的RNA D( 260 )/D( 280)的比值分别为1.93和1.92;构建了ALDHhigh和ALDHlow细胞差异基因cDNA双向文库,每个库约500个克隆菌落,每库随机挑选24个菌落进行PCR分析,克隆片段均 匀分布在200～700 bp,无假阳性克隆.测序结果经同源性比对分析和PubMed检索,其中与肿瘤有关的基因有SLC25A13、KLHL2、NPC1、WAPL、BARD1、Notch2、EEF2K.结论 成功构建ALDHhigh和ALDHlow细胞差异基因cDNA文库.
关键词： 人舌鳞癌Tca8113 抑制性消减杂交技术 cDNA文库 肿瘤干细胞 醛脱氢酶 -
舌鳞癌中高醛脱氢酶活性细胞相关基因的生物信息学分析
目的:构建舌鳞癌Tca8113细胞中高醛脱氢酶活性(high aldehyde dehydrogenase activity,ALDHhigh)细胞特异性表达基因cDNA文库并进行相应的生物信息学分析.方法:应用抑制性消减杂交(SSH)技术,以ALDHhigh细胞RNA为测试方、低醛脱氢酶活性(ALDHlow)细胞RNA为驱动方,构建文库；应用BLAST、Gene Set Analysis Toolkit V2等软件进行生物信息学分析.结果:随机挑选20个集落进行PCR分析,克隆片段均匀分布在200 bp～ 700 bp,无假阳性克隆,成功构建文库；对120个克隆测序并进行BLAST分析,得到27个差异表达基因；功能聚类发现部分与细胞增殖、生长繁殖、再生等生物行为相关.结论:成功构建的ALDHhigh细胞特异性表达基因cDNA文库,为下一步找出ALDHhigh干细胞特性相关基因提供帮助.
关键词： 人舌鳞癌Tca8113 抑制性消减杂交技术 肿瘤干细胞 醛脱氢酶 生物信息学
