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全基因组APA谱文献资料
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雌性生殖干细胞全基因组范围选择性多聚腺苷酸化位点分析
目的 描绘小鼠雌性生殖干细胞(FGSCs)和胚胎干细胞(ESCs)全基因组范围内选择性多聚腺苷酸化(APA)位点,通过细胞间的比较,分析生殖干细胞特异性的APA位点对其生物学特性的影响.方法 利用本实验室之前建立的基于高通量测序的转录本3'末端poly(A)位点捕获方法3T-seq确定并比较两个细胞系中所有APA位点,通过DAVID对具有APA位点差异的基因进行Gene Ontology分析.结果 在两种细胞系中共确定16 973个基因的50 243个APA位点,发现FGSCs中相较于ESCs3'UTR发生长度变化的基因1148个,其中795个(66％)3' UTR变短,353个(34％)基因3'UTR变长,与生殖发育密切相关的基因3'UTR存在显著的缩短现象.结论 FGSCs存在与ESCs不同的APA谱,APA介导的3'UTR变化参与生殖发育相关的生物学过程,揭示了生殖干细胞的基因转录后调控机制.
