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广州地区HCMV低传代临床病毒株UL143基因的多态性研究
目的 研究广州地区人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代分离株UL143基因的多态性.方法 对3株经多重PCR鉴定的HCMV临床低传代分离株进行HCMV UL143基因全序列扩增,扩增产物克隆到pMD18-T载体上测序,并将其序列与GenBank中公布的其它临床分离株UL143基因一起进行分析.结果 D3株UL143基因因碱基缺失形成多处终止密码无法产生有功能的蛋白:Toledo株UL143基因开放读码框由279个核苷酸组成,编码蛋白由92个氨基酸残基组成;其它临床分离株UL143基因开放读码框均由252个核苷酸组成,DNA序列比较保守,变异均为碱基替换,编码蛋白由83个氨基酸残基组成,氨基酸序列也很保守,不同临床分离株氨基酸变异率为1.2%～2.4%;HCMV UL143蛋白翻译后修饰位点在除Toledo株之外的所有分离株中均高度保守,没有缺失或新增;不同临床分离株UL143蛋白二级结构有所不同;除Toledo株外,其余分离株UL143蛋白的等电点均为8.75.结论 临床低传代分离株HCMV UL143基因DNA及其编码产物的氨基酸序列极为保守,但仍存在一定多态性.
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广州地区HCMV临床病毒株UL144 ORF的序列变异研究
目的 研究广州地区先天性感染的人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代分离病毒株UL144基因序列的多态性,探讨UL144基因在HCMV致病中的作用.方法 对3株经多重PCR鉴定HCMV DNA为阳性的临床低传代分离株进行HCMV UL144基因全序列PCR扩增,PCR产物克隆到pMD18-T载体上再测序,将其序列与GenBank中公布的其它10株临床分离株UL144基因一起进行分析.结果 本实验克隆并测序了HCMV临床低传代D3、D2和D52病毒株的UL144基因,提交GenBank,已被GenBank收录,序列号分别为DQ180368、DQ180382和DQ180355.HCMV临床低传代D3、D2和D52病毒株的UL144基因均全长531 bp.通过blast分析,从GenBank中找到了10株HCMV病毒株的UL144与D3、D2和D52的UL144基因具有较高的同源性,经过序列的比对,发现UL144基因DNA序列比较保守,只在4处有变异,且变异均为碱基替换,无插入或缺失,编码蛋白由176个氨基酸残基组成,氨基酸序列也比较保守,各分离株中变异率为1.1%;HCMV UL144编码蛋白翻译后修饰位点在所有分离株中均高度保守;所有分离株UL144蛋白的等电点均为8.97.结论 广州地区临床低传代分离株HCMV UL144基因DNA及其编码产物的氨基酸序列是比较保守的,但仍存在一定的多态性.提示UL144基因在先天性感染中可能具有重要作用.
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广州地区HCMV临床病毒株UL137基因的结构特征与多态性
[目的]研究广州地区新生儿感染人巨细胞病毒(HCMV)临床低传代分离株UL137基因的结构特征与基因多态性.[方法]从62份被证实为临床HCMV感染的新生儿尿液标本中分离获得3株低传代临床病毒株,经多重PCR鉴定后分别命名为HCMV D2、D3和D52.对3株临床分离株进行HCMV UL137基因全序列PCR扩增,PCR产物纯化后进行基因克隆,构建HCMV UL137-pMD18-T重组质粒;基因测序;将HCMV UL137基因序列呈报GenBank,并进行基因生物信息学分析.[结果]成功从广州地区新生儿感染HCMV患儿体内分离3株HCMV临床病毒株.克隆测序后呈报GenBank并被收录,收录序列号分别为:DQ180388、DQ180376、DQ180360.通过序列分析,结果显示低传代分离株UL137基因DNA序列高度保守,同源性在96.91%～100%之间.其变异均为碱基替换;编码蛋白均由96个氨基酸残基组成,同源性在90.63%～100%之间,超半数的变异发生在第61～81位氨基酸残基之间;编码蛋白翻译后修饰位点包括PKS、MYS、cAMPs三类,其中4个PKS和44～49位的MYS高度保守,cAMPs位点仅在5株病毒出现;编码蛋白等电点在11.50～12.00之间,呈强碱性.[结论]广州地区临床低传代分离株HCMV UL137基因核苷酸序列及其编码蛋白的氨基酸序列极为保守,但仍存在一定多态性.提示HCMV UL137 ORF可能是一个具有重要功能的基因.
