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广州地区手足口病爆发流行的分子流行病学和气象学研究
目的 手足口病是2～5岁儿童常见的感染性疾病,近年来在亚太地区多次爆发流行,死亡率较高,本研究的目的是分析2008年广州地区爆发流行的手足口病的病毒分子流行病学及其与气象变量之间的关系.方法 从互联网收集气象资料,收集466例疑似手足口病患儿的咽拭子标本,扩增人肠道病毒5'端非编码区,PCR产物测序并在Genbank中BLAST分析,分析肠道病毒基因型.结果 成功从临床咽拭子标本中扩增了5'-NCR用于基因分型.从466例临床标本中扩增出165例阳性标本,获得12种肠道病毒类型:77例(46.67％) EV-71,37例(22.42％) CV-A16,31例(18.79％) CV-A4,20例其它型别.EV-71和CV-A16是本次流行的主要病原.手足口病总发病率与CV-A16和EV-71显著相关.手足口病发病率与疾病症状出现前7天的高气温(P=0.00)、平均温度(P=0.001)和平均湿度(P=0.017)显著相关.结论 5'-NCR测序是手足口病病原体基因分型和监测的敏感、简单、早期、快速的检测方法,EV-71和CV-A16是本次手足口病爆发的重要肠道病毒.气象变量包括高温度、平均气温、相对湿度明显与手足口病发病率相关,在时间上滞后一周,这可作为手足口病暴发监测的潜在指标指导卫生决策.
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脱氧核酶对丙型肝炎病毒RNA的剪切活性
目的观察丙型肝炎病毒(HCV)RNA特异性脱氧核酶的体外剪切活性,探讨其用于抗病毒基因调控的可能性.方法以HCV 5-非编码区及部分C区(5'-NCR-C)中两个具有5'…A ↓ U…3'特征的序列为靶位,以5'GGCTAGCTACAACGA 3'为活性中心,设计并合成两端经硫代修饰的脱氧核酶(TDRz),即TDRz-127和TDRzl.用Nar I将质粒pHCV-neo完全线性化后,以之为模板体外转录获取HCV 5'-NCR-C;用碱性磷酸酶去除其5'端磷酸,再用T4聚核苷酸激酶和γ-32P-ATP进行5'端放射性标记.在pH7.5、Mg2+10 mmol/L等条件下,将两种TDRz分别(5μmol/L)或共同(各2.5μmol/L)与底物RNA(200 nmol/L)混合,经变性、复性后于3 7℃孵育,分别于不同的时间点取出等份终止反应.以8%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和放射自显影分离、显示剪切产物,在凝胶成像分析仪上分析各条带光密度值并计算剪切百分率.结果在所设常用反应条件下于 37℃孵育15、30、45、60、75、90min后,TDRz-127的剪切百分率分别达8.3%、16.1%、24.3%、26.2%、29.4%和31.1%,TDRzl的剪切百分率分别达7.4%、13.0%、15.6%、18.7%、19.4%和20.3%,两者同时剪切时的百分率约15.1%、29.6%、37.8%、39.1%、41.5%、42.6%.结论TDRZ-127和TDRzl对HCV 5'NCR-C的剪切百分率随时间延长而升高,两者联合剪切优于单独剪切的效果.
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SARS-CoV 5'-UTR相应cDNA作启动子时转录起始位点研究
目的:分析具有启动子功能的SARS-CoV基因组5'-UTR cDNA在转录出mRNA时,转录起始的位点,从而分析序列功能.方法将SARS-CoV 5'-UTR驱动下报告基因的真核表达质粒pGL3-5'-UTR,转染HepG2细胞,然后提取总RNA,采用5'-RACE,扩增出相应序列,通过比照,查找转录其始的位点.结果通过逆转录和二轮PCR,得到一个约440bp的产物,经A-T克隆后测序,转录体起始位点在SARS-CoV 5'-UTR的第56位核苷酸,其下游是保守的保守的转录调控序列(TRS).结论 SARS-CoV 5'-UTR在调控基因转录时,第56位核苷酸及其下游的TRS具有重要作用.
