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  • 溃疡性结肠炎发病、疾病活动和生物治疗疗效相关基因CRELD2的生物信息学分析

    作者:陶文惠;王帆;林雪;马敏星;赵秋;李瑾

    背景:应用生物信息学方法能有效挖掘基因芯片数据,并对单基因功能进行预测分析。目的:对与溃疡性结肠炎( UC)发病、疾病活动和生物治疗疗效相关的CRELD2基因进行生物信息学分析,为深入研究该基因的生物学功能及其参与UC发生、发展的分子机制提供理论依据。方法:从基因表达综合数据库( GEO数据库)中下载UC发病、疾病活动和生物治疗疗效相关基因芯片数据,应用BRB-ArrayTools、ProtParam、ELM、SignalP 4.1、PBIL-IBCP Lyon Gerland、GO、STRING等生物信息学工具进行数据挖掘和分析。结果:交叉分析显示,在UC发病、疾病活动中进行性表达增高,同时在英夫利昔单抗治疗有效后表达明显降低的基因共有4个,分别为CDC25B、CRELD2、IL1RN、PITPNC1,其中CRELD2基因功能未知。生物信息学分析显示,人CRELD2基因位于染色体22q13.33,编码由402个氨基酸残基组成的分泌型蛋白。CRELD2蛋白含有多个表皮生长因子( EGF)样结构域,主要分布于高尔基体、内质网和细胞外,主要参与钙离子结合和蛋白结合,与CHRNA4、CHRNB2、RHBDD3等蛋白之间存在相互作用。结论:CRELD2可能具有类似EGF的功能,并可能通过直接或间接参与免疫细胞的调控对UC发病、疾病活动产生影响,有望成为UC诊断、疾病活动性评估、疗效评估的新指标和新的治疗靶点。

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