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柔性对接文献资料
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蛋白质-核酸对接方法研究进展
分子对接技术作为预测蛋白质-核酸复合物结构的有效方法,为研究在生物学过程中蛋白质-核酸的相互作用提供了重要的工具.本文首先分析了当前蛋白质-核酸对接研究中的主要困难,例如构象变化和核糖磷酸骨架的带电性问题.然后从构象搜索、打分函数、柔性策略三个方面比较和总结了蛋白质-核酸对接中主要的计算方法.后回顾了蛋白质-核酸对接计算模型的应用,并对未来的工作进行了展望.
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蛋白质分子柔性对接方法研究进展
细胞内的很多重要生理过程,如细胞信号转导、免疫反应、基因复制、转录、翻译以及细胞周期调控等,都是通过蛋白质复合体或蛋白质分子间相互作用来完成的,因此要充分理解和认识这些复杂生理过程,必须要解析蛋?鞍白质复合物结构并了解蛋白质相互作用过程发生的构象变化.然而当前研究结构的实验方法如X-射线衍射和核磁共振等,尚难以解析蛋白质复合物的结构,这使得理论模拟方法受到了越来越多的重视,并迅速发展和应用.早期蛋白质-蛋白质对接或蛋白质与小分子对接算法中,大都将目标蛋白简化处理为刚性分子,显然这种刚性简化过程可能会造成预测结果的很大偏差,随着计算机处理能力的增强,对蛋白质柔性进行处理的算法也得到了较大的发展.该综述主要介绍将分子柔性引入到对接中的一些新的思路和进展,包括在CAPRI中成功应用的一些方法工具,并就如何恰当地处理分子柔性和构象变化做阐述,同时提出了现阶段仍然面临的挑战以及未来解决的方向.
