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4对猴空泡病毒40核酸检测引物的生物信息学分析
目的 从引物设计的合理性、扩增片段的保守性、检出目的 片段的敏感性等方面比较4对猴空泡病毒40(SV40)核酸检测引物之间的差异,为寻找保守性好、稳定高效的SV40核酸序列检测法提供理论基础.方法 以目前已知的23个不同SV40毒株完全基因组为基础数据,用DNAMAN 6.0.40软件对4对引物及其扩增片段的保守性进行分析;用clust-alX1.83软件对23个SV40基因组序列进行多重序列对齐分析;用Tree View 1.6.6软件构建系统进化树;用Oligo 6.71软件对4对引物的特性进行分析.结果 对于接受号为DQ218418病毒株而言,4对引物的序列均不保守;对于接受号为J02400、NC_001669、AF316139和AF316141的4个病毒株而言,引物对GCVp1和GCT的序列是保守的;对于除了DQ218418之外的病毒株而言,引物对VP1的序列是保守的;对于除了DQ218418、AF180737之外的病毒株而言,引物对T的序列是保守的.结论 目前通用的SV40核酸检测引物针对的SV40病毒株只有4个,本室合成的检测引物针对的病毒株有21个;本室设计的SV40检测引物和通用引物相比具有保守性好、适用性广、参数理想等优点;对于某些高度变异的毒株,应单独进行引物设计.
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基于蛋白质结构的多重序列比对的黄金标准评估法:平均相似性法
目的:建立蛋白质多重序列的质量评估法.方法:假定在多重序列比对中的一条序列是未知的,以其他序列作为模板,通过将模板蛋白质的三维结构作为未知蛋白质的预测模型,进而比较预测与实际结构的相似性,将它们的平均值作为多重序列比对的质量.结果:通过SCOP数据库的检验,所得的质量标准与专家分类的标准基本一致.结论:本方法是一种有效的蛋白质多重序列比对的质量评估法.
