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2013年杭州地区肠道病毒71型分离株VP1基因特征分析

宋闻;林先耀;王娟;吴亦栋;蒋茂莹;赵仕勇

摘要: 目的 了解2013年杭州地区重症手足口病患儿感染的肠道病毒71型(EV71)分离株VP1区的基因特征.方法 采集2013年杭州市儿童医院收治的重症手足口病确诊病例粪便样本,用EV71特异性引物进行RT-PCR鉴定,选取EV71检测阳性的15例样本进行病毒分离并进行VP1基因的特异性扩增并测序,结合EV71各基因型及亚型的代表株构建系统进化树,并对VP1蛋白的氨基酸序列进行分析.结果 2013年该院分离的15株EV71分离株与A、B基因型参考株的核苷酸同源性分别为77.5%~79.8%、77.7%~83.1%,氨基酸同源性分别为92.8%~96.6%、92.8%~97.9%,与C基因型的核苷酸同源性为83.4%~97.3%,氨基酸同源性为93.4%~99.7%,其中与2008年安徽省阜阳市的EV71流行株[C4a (Fuyang-0508)]的核苷酸和氨基酸同源性高,分别为95.0%~97.3%及96.2%~99.7%.系统进化树显示所有分离株与C4a亚型的代表株处于同一分支.15株EV71分离株与不同基因型代表株进行比对发现,在297个氨基酸位点中主要突变位点有11个.结论 2013年杭州地区重症手足口病患儿中流行的EV71均为C4a基因型,其VP1基因保守性好.

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