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致病疟原虫分子功能注释二级数据库的构建
为对疟原虫致病分子机制研究过程中产生的高通量实验数据快速高效地进行功能注释,构建致病疟原虫分子功能注释二级数据库.本数据库基于J2EE技术、MySQL和MVC三层体系架构,利用Web Services和Hibernate等技术实现其主要框架,通过调用Fisher's精确检验R程序包对Gene Ontology和Pathway的注释结果进行富集效应分析,并调用Graphviz工具对蛋白质相互作用结果进行图形化描述.致病疟原虫分子功能注释二级数据库提供多入口的分子注释类型,使Gene Ontology、Pathway及蛋白质相互作用注释信息以图形化界面直观显示.该数据库为疟原虫致病分子机制研究提供良好的高通量数据分析工具,可有效促进疟原虫基因功能、信号通路及疟疾疫苗抗原筛选等方面的研究.
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面向对象的硒蛋白生物信息二级数据库
目的构建硒蛋白生物信息二级数据库.方法使用面向对象的方法,利用Java及其相关技术,分析并设计二级数据库的基本表和前台应用程序.结果构建了含有两个数据库nucleotide和protein的数据库系统,以及C/S模式的数据录入程序和B/S模式的数据访问程序. 结论使用面向对象方法来设计这个系统,能够有效的提高系统的可维护性和可扩展性.
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设计与构建动脉粥样硬化相关基因数据库
随着分子生物学的深入研究,生物信息学数据呈指数增长,动脉粥样硬化相关基因的数据搜集和整理势在必行.因此,以NCBI维护的一级数据库作为核酸序列的信息来源,建立动脉粥样硬化相关基因专业二级数据库.该数据库基于Microsoft windows 2000 系统,以Access作为数据库管理系统平台,所有应用程序基于visual basic进行开发.到2007-11-30为止,动脉粥样硬化相关基因数据库中包括有127个相关基因,可通过关键词、染色体图和功能等方面查询数据.该数据库的构建为研究动脉粥样硬化分子生物学和相关疾病的致病机制提供了一个良好的平台.
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神经系统相关蛋白及基因二级数据库的构建
神经分子生物学的深入研究,生成了海量数据,神经系统相关蛋白及基因的数据搜集和整理势在必行.以NCBI和RCSB维护的一级数据库作为核酸序列、蛋白质序列和蛋白质结构信息来源,设计新的数据模型,建立本地二级数据库.该数据库基于Sun Blade 2000系统,以Oracle 9i作为后台软件,所有应用程序基于Java进行开发.其中,采用Web信息自动获取及XML技术,实现序列信息的搜集和数据库提交;使用JSP+JavaBean技术实现数据库网站发布.该数据库的构建为研究神经分子生物学和相关疾病的致病机理提供了一个良好的平台.
