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淋病奈瑟菌外膜蛋白PorB二级结构及其B细胞和T细胞表位分析
目的 分析淋病奈瑟菌外膜蛋白PorB的二级结构及其潜在的优势B细胞和T细胞抗原表位. 方法 应用在线工具TMHMM对PorB全长氨基酸序列进行跨膜区域分析,利用EXPASY服务器上的GOR4和SOPMA工具预测PorB的二级结构,通过DNAStar软件Protean模块的Karplus-Schulz、Kyte-Doolittle、Emini方法和Jameson-Wolf方法分析PorB蛋白的柔韧性、亲水性、表面可及性和抗原性,以综合预测其优势B细胞表位.选择常见的HLA基因型,并兼顾小鼠H2-Ed、Ek限制性,利用SYFPEITHI软件以多肽氨基酸是否为锚定残基、辅助残基或优势残基进行记分,选择得分高的肽段作为候选T细胞表位,采用NetMHC-Ⅱ软件以肽段分子与MHC分子的亲和力为依据,判断肽段的抗原性,综合SYFPEITHI和NetMHC-Ⅱ软件分析结果以确定T细胞抗原表位存在的可能区域. 结果 PorB蛋白的N端第1-20氨基酸为跨膜区,第20以后的氨基酸则位于膜外;PorB的二级结构以无规则卷曲为主,亦可见α螺旋和β折叠;根据其柔韧性、亲水性、表面可及性和抗原性特征综合分析,PorB优势B细胞表位可能存在于氨基酸序列N端的第165-175,195-206,236-243,275-282肽段;SYFPEITHI和NetMHC-Ⅱ软件预测出T细胞优势表位可能位于第18-32、126-142和186-200肽段. 结论 应用生物信息学方法分析PorB蛋白的T细胞和B细胞优势表位可能分别是第18-32、126-142和186-200肽段,165-175,195-206,236-243,275-282肽段,为淋球菌表位疫苗的研制提供了思路和理论依据.
