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龙骨马尾杉环阿屯醇合成酶(HcCAS1)基因的克隆和生物信息学分析
目的:对大伸筋草的原植物龙骨马尾杉Huperzia carinata环阿屯醇合成酶(cycloartenol synthase,CAS)基因HcCAS编码区进行克隆及序列分析.方法:根据本实验室已报道的龙骨马尾杉转录组高通量测序结果分析获得1条具有环氧角鲨烯环化酶保守结构域的CAS基因序列,采用RT-PCR技术,以龙骨马尾杉根、茎、叶混合样品总RNA为模板克隆得到龙骨马尾杉HcCAS基因的编码区序列,并对HcCAS蛋白进行理化性质、蛋白二级结构及三维结构预测分析.结果:序列分析表明,所克隆的HcCAS基因编码区开放阅读框(open reading frame,ORF)长为2 274 bp,编码757个氨基酸残基,命名为HcCASI(GenBank登陆号JN790125).结论:该研究在国内外首次获得龙骨马尾杉HcCAS基因的编码区序列,为进一步研究HcCAS蛋白在石杉科植物甾醇合成途径中的功能及酶活性位点的鉴定奠定基础.
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龙骨马尾杉PcHDR1基因克隆及序列分析
该研究采用RT-PCR方法对龙骨马尾杉Phlegarirus carinatus (Desv.) Ching 1-羟基-2-甲基-2-(E)-丁烯基-4-焦磷酸还原酶[1-hydroxy-2-methyl-2-(E)-butenyl 4-diphosphate reductase,HDR1基因PcHDR1的编码区进行克隆并利用生物信息学方法进行序列分析.根据实验室已获得的龙骨马尾杉转录组数据,从中获得1条编码HDR的转录本,采用RT-PCR方法获得该基因的全长cDNA序列,所克隆的PcHDR1基因编码区长为1 437 bp,编码478个氨基酸残基,GenBank登录号为JQ957845.PcHDR1与银杏Ginkgo biloba的HDR序列同源性高,达78％.生物信息学预测PcHDR1蛋白没有跨膜区,具有LytB保守结构域,不含信号肽.该研究克隆并获得了龙骨马尾杉PcHDR1基因的编码区序列,并对其编码的蛋白进行了序列分析及结构域预测,为进一步研究HDR的功能奠定基础.
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龙骨马尾杉PcFPS1基因克隆及序列分析
目的 对龙骨马尾杉Phlegmariurus carinatus法呢二磷酸合成酶(Farnesyl diphosphate synthase,FPS)基因PcFPS1编码区进行克隆及序列分析.方法 根据已获得的龙骨马尾杉转录组数据,从中获得1条编码FPS的转录本,采用RT-PCR方法获得PcFPS1的编码区序列,并对PcFPS1蛋白进行理化性质、蛋白二级结构及三维结构预测分析.结果 序列分析表明,所克隆的PcFPS1基因编码区长为1 119 bp,编码372个氨基酸残基,PcFPS1与挪威云杉Picea abies的FPS具有70％的序列相似性.生物信息学预测PcFPS1蛋白基本不含跨膜区,具有萜类合酶保守结构域,不含信号肽.结论 首次获得龙骨马尾杉PcFPS1基因的编码区序列,为进一步研究PcFPS1在石杉科植物萜类及甾醇类化合物生物合成途径中的功能及鉴定酶活性位点奠定基础.
