首页 > 文献资料
-
利用DGGE和454测序研究不同浙贝母种源对根际土壤真菌群落的影响
探讨不同种源浙贝母根际真菌群落多样性差异,以了解浙贝母的土壤微生态机制.利用变性凝胶梯度电泳(DGGE)和454焦磷酸测序技术检测不同种源浙贝在同一块地种植其根际真菌的多样性及组成.DGGE结果表明,本地种源(宁波种)根际真菌Shannon指数高于南通和磐安种源.测序结果显示宁波产地的浙贝根际真菌主要由子囊菌、半知菌、接合菌以及一些未知真菌组成.其中,3个种源根际大部分真菌种类相同,但每个种源均有特异性真菌.454测序结果发现磐安本地种真菌多样性高于宁波和南通等外地种,与DGGE结果相同,这可能是本地种进化适应的结果.磐安实验地的根际土真菌包括Fungi_incertae_sedis,Ascomycota,Mucoromycotina,Basidiomycota,Chytridiomycota等10个门,其中前5门几乎占据了整个群落的90％,其真菌的种类和数量均超过宁波实验地,充分显示出产地的差异以及宏基因组测序的优越性.磐安种根际真菌隶属于10门29科28属159种,宁波种6门20科19属136种,南通种8门37科47属289种,非根际土则隶属于7门25科24属102种.其中Dothidea,Capnobotryella,Conidiobolus等属仅存在南通种,而Pyrenochaeta,Glomus,Pseudonectria等则只存于磐安种,暗示这些真菌的存在与浙贝母相关.种源和产地实验发现本地种的真菌多样性高于外地种,每个种源根际均有特异性真菌,说明根际真菌多样性及组成是由浙贝母种源和产区的土壤类型共同决定,而这些真菌等微生物通过与土壤-根际微生态系统的互作,反过来会进一步影响浙贝母的生长.
-
454测序技术在医学昆虫研究中的应用
医学昆虫是具有医学和经济双重意义的重要媒介生物,严重影响人们生活质量与身体健康.防制技术的进步是基于对其生物学认识(如生态习性、生理特点)的深入,但目前从基因组角度的了解却知之甚少.为此,研究人员采用下一代高通量测序技术从组学角度进行研究,其中454焦磷酸测序技术兼具经济性与读长长的特点,尤其适合于无参考基因组的非模式医学昆虫应用.本文简介了454测序原理,主要从技术特点、应用范围等角度将其与Solexa测序、基因芯片技术进行比较;综述了近期在医学昆虫领域取得的研究结果,包括抗药性分子机制、虫媒病原体检测、系统发育及分类鉴定、重要生理功能相关转录谱分析等,以期为其在更多媒介生物中的应用提供指导.
-
正常胃黏膜菌群特征分析2例
目的:分析消化不良患者的正常胃黏膜菌群特征.方法:收集2例正常胃黏膜病理学消化不良患者的胃窦黏膜,提取黏膜组织基因组DNA,应用PCR方法扩增16S rRNA,进行二代454焦磷酸测序.测序数据应用操作单元(operational taxonomic units,OTU)聚类分析、多样性分析和分类学分析等生物信息技术分析胃黏膜菌群的结构、多样性和丰度.结果:患者A和B胃黏膜菌群的高通量测序分析分别得到20565条和17487条优化序列,测序覆盖深度＞0.98.经过97％相似度归并后分别得到638个OTUs和667个OTUs;菌群多样性分析显示正常胃黏膜菌群的chao指数和shannon指数均低于粪便菌群,患者A的胃黏膜菌群由58个属的细菌构成,归属于14个门,以变形菌门为主(99.49％),其次为放线菌门、硬壁菌门和拟杆菌门等.患者B胃黏膜菌群构成与患者A相似,由64个属的细菌构成,归属于19个门.粘质沙雷(氏)菌为正常胃黏膜菌群的优势主导菌.结论:正常胃黏膜菌群多样性丰富,以变形菌门为主,沙雷(氏)菌为优势主导菌.
-
基于牡丹根际土壤微生物的中药材道地性研究
采用Biolog ECO微平板和454焦磷酸测序技术,研究牡丹皮五产区不同生长发育时期药用牡丹根际土壤微生物的整体活性和真菌的多样性,旨在探讨中药材道地性与土壤微生物的相关性.结果表明五产区牡丹4个生长时期根际土壤的平均颜色变化率值呈升高趋势.按相似性97％分类标准可将测序获得的272 463条优质序列分为9703个可操作分类单元;排除12％～58％未名真菌,五产区药用牡丹根际土壤检出真菌5门、22纲、70目、139科、266属,可分为Blastocladiales、Chytridiomycota、Dikarya、Glomeromycetes四大支系.其中Leptosphaeria等24属真菌在各产区均有分布,Curvularia等6属仅分布于道地产区;Guehomyces、Exophiala、Fusarium为道地产区优势属,Leptosphaeria、Cryptococcus、Exophiala、Fusarium、Ceratobasidium为非道地产区优势属.PCoA分析表明铜陵和南陵产区4个时期以及菏泽产区的萌芽期、果期真菌组成较为接近.Heatmap显示铜陵和南陵产区根际土壤真菌群落结构系统发育相似,亳州、菏泽和洛阳三产区的相似.总体而言,牡丹道地产区微生物整体活性高于非道地产区,根际土壤真菌在各产区大多呈现特异性分布,不仅种群组成多样、潜在新菌种丰富,而且道地产区真菌系统发育相似性较高.
-
高通量测序揭示杭白芍根际真菌群落年际变化
[目的]通过研究杭白芍根际真菌群落年际变化探讨真菌对杭白芍生长的影响。[方法]采用田间实验，收集不同种植年份的白芍根际土壤及非根际土，提取宏基因组DNA，利用真菌引物进行PCR，再利用454焦磷酸测序检测1~4年生杭白芍的根际土真菌多样性和组成。[结果]测序结果表明，杭白芍根际真菌多样性Shannon指数由高到低依次为：2年生＞3年生＞4年生＞1年生。虽然1年生的低，但多样性并不是逐年递增。无论种植年限如何，杭白芍根际的真菌均由子囊菌、毛霉、担子菌、球囊菌、壶菌、梳霉以及捕虫霉等真菌组成，其中子囊菌占绝对优势，其相对丰度均在71.4%以上，说明子囊菌与白芍的生长关系密切。比较后发现，尽管种植年限不同，但其优势真菌的种类在门、纲、目、科、属等层次都差别不大，说明种植年限对杭白芍根际的影响不大。比较根际与非根际土的差异，说明杭白芍的根际真菌组成主要由物种和土壤因子共同决定，与种植年限无关。[结论]杭白芍根际真菌群落的年际变化不受种植年限影响，其真菌的种类组成主要由杭白芍与土壤因子共同决定。
