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RNA与前病毒DNA进化分析技术在判定HIV-1传播关系中的作用比较
目的 分别以HIV-1 RNA和前病毒DNA为模板进行扩增实验,比较不同实验方法对判断HIV-1阳转家庭基因关联性的效率.方法 对国家分析库中确认的阳转家庭,分别提取HIV-1 RNA和前病毒DNA,用巢式PCR扩增pol区基因,通过系统进化树和基因距离分析配对家庭基因关联性.结果 以RNA为模板扩增211份HIV-1阳性血浆,获得42份(42/211,19.91％)基因序列.其中共有12对配对家庭,确定有传播关系10对(10/12,83.33％),确定无传播关系1对(1/12,8.33％),不确定是否有传播关系1对(1/12,8.33％);以前病毒DNA为模板扩增270份HIV-1阳性全血,获得232份(232/270,85.93％)基因序列.其中共有97对配对家庭,确定有传播关系86对(86/97,88.66％),确定无传播关系7对(7/97,7.22％),不确定是否有传播关系4对(4/97,4.12％).以RNA和前病毒DNA为模板扩增的序列系统进化树Bootstrap值高度相关(r=0.86,P=0.001),基因距离差异无统计学意义(Z=-8.10,P=0.443).结论 以前病毒DNA为模板能显著提高扩增阳性率,特别是在抗病毒治疗家庭中.前病毒DNA在一定程度上可以代替RNA为模板进行扩增,判断家庭内传播的关系.
