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天麻为兰科多年生草本植物天麻Gastrodia elata Bl.的干燥根茎，为我国传统名贵中药。其主要有效成分天麻素具有广泛的药理作用， 具有镇静催眠、抗惊厥、增智、健脑、治疗老年性痴呆症、抗氧化、延缓衰老、增强免疫功能、调节心血管等作用。就天麻遗传学研究来看，传统的研究主要是从形态学方面进行研究。
本试验利用AFLP方法分析了23份野生天麻的遗传差异，获得了约72%的多态性位点。邹佳宁等［1］利用RAPD研究天麻种质的遗传关系，获得70.97%的多态性位点，与我们得到的结果略有差异。这可能是由于AFLP在扩增出丰富的多态性带的同时也扩增出了大量的单态性带，使得其多态性带的百分率并没有明显提高。但平均每对引物所产生的多态性带数（69条）明显高于前者的7.75条。
由此可见，AFLP标记显然是快速、高效的分子标记。此外，从DNA分子水平上来说，遗传多样性越高，表明其遗传背景越复杂，该物种存在的历史越久远。约72%的多态性，说明野生天麻在其遗传进化过程中，基因组DNA发生了丰富的变异。同时也揭示了野生天麻种质资源极其丰富的遗传多样性。一个物种的进化潜力和抵御逆境的能力取决于种内遗传变异的大小，遗传多样性越丰富，对环境变化的适应能力越强，其自然分布范围越广。
聚类图中两大群中大部分同一变型、同一来源地的天麻优先聚合，表现出较为密切的亲缘关系。这与天麻野生种源生态条件与生态习性等综合因素有关。但也有同一来源地的品种未聚在一起的情况，这种现象可能是AFLP方可反映基因组本质的差异所致。在第一大类中，红麻和乌麻先聚在一起，再与不同产地的乌麻聚为一大类，同样第二大类中黄麻和绿麻先聚在一起，再与其它产地的绿麻聚为一大类，这一方面表明野生天麻种间变异度比较小，红麻和乌麻遗传相似度比较大，黄麻和绿麻遗传相似度比较大。
另一方面也反映了不同产地的同一品种间变异度比较大，说明不同的环境因素可能是造成天麻遗传变异的主要因素。此与邹佳宁等对野生和栽培天麻亲缘关系的RAPD分析结果有相似之处，邹佳宁等认为，地理分布和生长环境的差异是导致天麻形成丰富的遗传多态性的一个重要的原因。野生天麻种质在长期的自然选择下积累了丰富的遗传变异，遗传组成异常复杂，有必要结合形态与分子分类对野生天麻种质资源进行更深入的研究，以便为野生天麻种质资源利用提供科学依据。此外，不同生态区野生天麻品种间遗传差异相对较大。
在进行天麻杂交育种时，应尽可能选择生态类型差异较大的育种材料，以使杂交后代有更多机会出现理想的性状组合，培育出更多更好的天麻新品种。本研究利用AFLP技术， 以8对引物对23株不同来源的贵州野生天麻基因组DNA进行分析，旨在从分子水平上认识贵州天麻野生资源的遗传多样性和其遗传亲缘关系， 为天麻种质资源的收集保存和有效利用提供理论依据。
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