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生物信息学资源在医学查新工作中的作用
依据分子生物学的快速发展,相关研究课题不断增加的情况,论述了生物信息学资源在医学课题查新中的重要作用,并结合查新实际工作,举例说明生物信息学资源在查新咨询工作中所发挥的作用.
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应用生物信息学网络资源分析预测融合蛋白的二级结构及其理化性质
目的:利用生物信息学网络资源分析融合蛋白的二级结构及其理化性质,探讨分泌型抗成骨肉瘤单链双功能抗体基因的表达.方法:①将单链抗体基因(ScFv)与白细胞介素2基因亚克隆至反转录病毒表达载体PLXSN,重组质粒PL(ScFv-IL-2)SN在脂质体介导下转染PA317包装细胞,G418筛选,直至出现抗性克隆,扩大培养,用NIH3T3测定病毒滴度,将重组病毒感染人成骨肉瘤细胞命名为OSC/ScFv-IL-2.②以PCR,RT-PCR以及Western blotting对ScFv-IL-2基因修饰的OSC9901细胞进行鉴定.在构建融合蛋白之后,运用DNA分析软件DNAssist)和蛋白质分析软件(ANTHEPROT V5)分析融合蛋白的氨基酸序列、二级结构及其理化性质.结果:①经酶切及PCR分析鉴定,成功地构建了融合基因表达载体PL(ScFv-IL-2)SN,并获得高滴度产毒细胞株C26:Western blotting分析证明ScFv-IL-2基因融合蛋白的表达.②运用DNAssist核酸序列分析软件分析ScFv-IL-2DNA序列翻译并获得了氨基酸序列,运用蛋白质分析软件(ANTHEPROT V5)分析融合蛋白的二级结构及其理化性质.结论:利用生物信息学网络资源可以分析预测融合蛋白的性质,为进一步探讨单链双功能抗体基因融合蛋白提供依据.
关键词： 单链抗体 生物信息学资源 融合蛋白ScFv-IL-2基因 生物医学工程 -
利用生物信息学资源进行差异表达ESTs的分析与新基因的克隆
人类真核细胞中大约有70,000个不同的基因,不同类型的细胞所表达的基因不同,即便是同一类型的细胞,在特定时刻同时表达的基因也是很少的一部分,约占基因总数的10～15%.基因差异表达决定了生命的所有过程,分析不同类型的细胞以及同一细胞在不同病理和生理状况下的基因表达差异可以有助于我们获得与生命本质有关的信息,揭示疾病发生发展的分子机制.因此,如消减杂交与基因芯片等差异表达(Differential display)基因的克隆技术越来越多的应用于生命科学研究领域.随着生物技术的发展,各种差异表达基因克隆技术日益成熟,每种方法的应用都会使我们获得少则几十条多则上百条的差异表达的ESTs(expressed sequence taps,ESTs),如何对这些ESTs进行分析以获得有价值的信息并拟定新基因的克隆方案具有重要意义.
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单链抗体及重组白介素-2双功能抗体融合蛋白的表达及其软件预测
目的 利用生物信息学网络资源分析融合蛋白的二级结构及其理化性质,并探讨分泌型抗成骨肉瘤单链双功能抗体基因的表达.方法 采用聚合酶链式反应(PCR)将人工合成的抗体分泌信号肽序列加在抗成骨肉瘤单链抗体(scFv)基因5′端,其3′与白介素-2(IL-2)基因连接构成分泌型单链双功能抗体scFv- IL-2基因,将该基因克隆至逆转录病毒表达载体PLxSN,重组质粒pL(scFv- IL-2)SN在脂质体介导下转染PA317包装细胞,G418筛选,直至出现抗性克隆,扩大培养,用NIH3T3测定病毒滴度,将重组病毒感染人成骨肉瘤细胞命名为OSC/scFv-IL-2,以PCR,RT-PCR以及Western blotting 对scFv-IL-2基因修饰的OSC9901细胞进行鉴定.在构建融合蛋白之后,运用DNA分析软件DNAssist和蛋白质分析软件ANTHEPROT V5分析融合蛋白的氨基酸序列、二级结构及其理化性质.结果 经酶切、PCR及Western blotting分析鉴定,成功地构建了融合基因表达载体pL(scFv- IL-2)SN,并获得高滴度产毒细胞株C26,scFv-IL-2融合蛋白通过DNAssist和ANTHEPROT V5软件分析获得了融合蛋白的二级结构及其理化性质.结论 利用生物信息学网络资源进行分析预测融合蛋白的性质,为进一步探讨单链双功能抗体基因融合蛋白提供依据.
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ScFv及重组TNF-α双功能抗体融合蛋白的表达及其软件预测
目的:利用生物信息学网络资源分析融合蛋白的二级结构及其理化性质,以及探讨分泌型抗成骨肉瘤单链双功能抗体基因的表达.方法:采用PCR方法将人工合成的抗体分泌信号肽序列加在抗成骨肉瘤ScFv基因5'端,其3'与人的肿瘤坏死因子TNF-α基因连接构成分泌型单链双功能抗体ScFv-TNF-α基因,将该基因克隆至逆转录病毒表达载体PLxSN,重组质粒pL(ScFv-TNF-α)SN在脂质体介导下转染PA317包装细胞,G418筛选,直至出现抗性克隆,扩大培养,用NIH3T3测定病毒滴度,将重组病毒感染人成骨肉瘤细胞命名为OSC/ScFv-TNF-α, 以PCR, RT-PCR以及Western Blot对ScFv-TNF-α基因修饰的OSC9901细胞进行鉴定. 在构建融合蛋白之后,运用DNA分析软件(DNAssist)和蛋白质分析软件(ANTHEPROT V5)分析融合蛋白的氨基酸序列、二级结构及其理化性质.结果:经酶切分析鉴定,成功地构建了融合基因表达载体pL(ScFv-TNF-α)SN,以及Western Blot分析证明ScFv-TNF-α基因融合蛋白的表达. 运用DNAssist核酸序列分析软件分析ScFv-TNF-αDNA序列翻译并获得了氨基酸序列,运用蛋白质分析软件(ANTHEPROT V5)分析融合蛋白的二级结构及其理化性质.结论:利用生物信息学网络资源进行分析预测融合蛋白的性质,为进一步探讨单链双功能抗体基因融合蛋白提供依据.
