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人3p24-p25 478 kb完全基因组序列的注释
目的对我国承担的人类基因组测序项目中的3p24-p25 478kb完全基因组序列进行注释.方法采用从头预测、数据库相似性比较和全长或部分mRNA序列与基因组序列的比对等手段,识别基因组序列中的编码蛋白质的基因,并采用EMBOSS软件包分析基因组序列的组分特征.结果识别出该区域中的两个编码蛋白质的已知基因,即SLC6A1和SLC6A11(其中后者在基因组草图序列中未被定位);对这段基因组序列中组分特征预测分析结果显示,该基因组序列的平均GC含量为47%,并存在3个假想的CpG岛,其中两个CpG岛分别位于130685～131 516 bp及307090～307 870 bp,另一个位于415 585～416 308 bp.结论采用上述方法对基因组序列3p24-p25 478kb进行了正确的注释,揭示了基因组序列中的有关的基因结构、GC含量、CpG岛等信息.
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文本挖掘在基因组注释中的应用
为了解生物医学文本挖掘技术在基因组注释方面的基本应用,以Web of Science(WOS)数据库中收录的关于生物医学文本挖掘技术在基因组注释方面的基本应用的文献作为来源文献,利用书目共现分析软件提取文献中的高被引论文,形成来源文献——高被引文献词篇矩阵,利用聚类软件对高被引论文进行同被引聚类分析,后得到生物医学文本挖掘技术在基因组注释方面的基本应用,主要包括权威工具的使用、文本挖掘工具和算法的开发、文本挖掘工具的检验.
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基于多维液相色谱质谱组合分析的痢疾杆菌蛋白质基因组学
目的 应用多维液相色谱质谱组合体系为基础的蛋白质组学方法对福氏痢疾杆菌基因组注释进行完善.方法 痢疾杆菌福氏2a型301株(Sf2a301)的全菌蛋白经胰酶消化,二维液相色谱分离后进行MALDI-TOF/TOF和ESI MS/MS组合鉴定,质谱数据分别应用MASCOT和SEQUEST软件检索基于Sf2a301全基因组构建的6个读码框数据库,完成对原基因组注释的验证和补充.结果 研究表明多维液相色谱质谱组合体系能够增加鉴定蛋白的覆盖率,共鉴定Sf2a301的1231个蛋白编码基因产物,涵盖了COGs数据库22个功能分类组中的20个,包含306个功能未知的假定蛋白.发现了9个未注释的基因,得到RT-PCR和Northern blot的进一步验证.新基因大多数是重叠基因,包含3个嵌套基因.结论 多维液相色谱质谱组合体系相对于单一的串联质谱技术能够更加有效验证、补充痢疾杆菌的基因组注释,更新后的基因组注释库为今后开展痢疾杆菌功能研究提供更多的靶点.
关键词： 福氏痢疾杆菌 基质辅助激光解吸电离 电喷雾电离 蛋白质基因组学 基因组注释
