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毛细管电泳法检测肝细胞癌微卫星不稳定性的影响因素
目的:探索适用于肝癌大规模基因组扫描的自动化微卫星不稳定性基因分型实验方法.方法:应用6对高度多态性微卫星标记物对56例肝细胞癌基因组进行PCR扩增,产物通过MegaBACE 500毛细管电泳测序仪进行电泳,采用Genetic Profiler软件进行基因分型,摸索不同PCR条件以及PCR体系残留混合物对分型结果的影响.结果:通过1次PCR和电泳能得到48个样品的分型结果,常见的等位基因表型包括杂合子、纯合子、杂合子丢失、微卫星不稳定性和等位基因失衡等几种模式,其中微卫星不稳定性基因表型呈多种特征;MSI的频率为32.1%(18/56),10例(18.2%)出现高频MSI;PCR反应体系残留混合物(dNTP、引物和盐离子的浓度等)对基因分型的结果有明显不利影响,可使等位基因片段大小分析结分错误导致结论错误;样品浓度对分析结分影响较小,在50 mg/L时比较合适.结论:少数肝细胞癌存在MSI,表明其在HCC发生中作用较小.应用MegaBACE 500毛细管电泳测序仪和GeneticProfiler分析软件进行微卫星基因组扫描效率高,结果可靠,但测序体系中必须维持佳盐离子的浓度和样品浓度.
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用QF-PCR和染色体核型分析产前诊断原发三体的嵌合
传统的产前诊断方法是染色体核型分析.近年来将QF-PCR用于产前诊断非整倍体的技术已在欧洲多个细胞遗传和分子遗传实验室应用.该方法通过扩增微卫星标记物来提供胎儿的遗传图谱,操作简便、快速,结果准确,适合大规模的产前诊断.
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DNA多态性诊断额外染色体和46,XX/46,XY嵌合体起源
目的:了解额外染色体和46,XX/46,XY嵌合体的起源. 方法:用短重复序列(STR)分别对核型为47,XX,+21和46,XX的一对孪生姐妹、47,XY,+13男婴、46,XX/46,XY嵌合体的患儿进行检测. 结果:47,XX,+21和46,XX的孪生姐妹15个STR位点检测显示有8个位点不一致,孪生姐姐的D21S11位点有3个微卫星标记物,其中2个源自母亲.47,XY,+13患儿的D13S317位点有3个微卫星标记物,其中2个源自父亲.46,XX/46,XY患儿8个位点显示父源的2个微卫星标志物,13个位点显示母源的1个标记物. 结论:47,XX,+21和46,XX为双卵孪生姐妹,孪生姐姐额外21号染色体源自母亲的第一次减数分裂不分离.47,XY,+13患儿额外13号染色体源自父亲的第一次减数分裂不分离.46,XX/46,XY患儿检测结果可解释为其母卵子经孤雌分裂产生了2个DNA相同的配子,分别与X和Y精子受精,产生2个合子在发育的早期阶段融合成1个胚胎.
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一遗传性单纯少毛症家系的基因定位
目的:确定一遗传性单纯少毛症家系的致病基因.方法: 通过定位候选克隆技术,用ABI公司的商品化微卫星标记,进行全基因组扫描,明确致病基因的区域.结果: 在微卫星标记D13S217处得到高LOD值3.74(重组率θ=0.00).结论: 本研究将该遗传性单纯少毛症家系的致病基因定位于13号染色体上.
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常染色体显性遗传白内障一家系基因排除定位研究
目的 对一个4代常染色体显性遗传性先天性白内障(ADCC)家系进行致病基因的定位.方法 对家系所有成员进行眼部检查.选取位于1、2、3、10、11、12、13、16、17、21及22号染色体上已知与ADCC相关的14个致病基因附近的微卫星标记物,并进行多重PCR扩增,经ABI3130型遗传分析仪,Genscan 2.1收集数据,Genotyper 2.1进行基因分型,Linkage软件计算两点LOD值.结果 未发现所选微卫星位点与该家系疾病表型共分离,LOD值均为负值.致病基因与已知的ADCC 14个候选基因不存在连锁关系.结论 在此家系中存在新的致病基因有待于进一步的研究.