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基于全基因组重测序技术探索原发性高血压易感基因
目的 应用第二代测序技术结合DNA pooling策略和生物信息学分析技术寻找原发性高血压的易感基因.方法 选择2014年6月至2015年6月深圳市人民医院心内科及重症医学院科门诊和住院的患者,以100例原发性高血压患者和100名健康人分别建立DNA pooling,应用第二代测序技术进行全基因组重测序.使用BWA软件对测序结果进行比对,分别对单核苷酸多态性(SNP)、插入缺失(InDel)、基因拷贝数变异(CNV)、单核苷酸变异(SNV)、结构变异(SV)等变异进行检测,应用ANNOVAR软件对所有的变异序列进行注释.针对检测到的基因变异位点数据,采用Fisher精确检验进行检验分析,检测达到统计学意义(P＜0.01)的位点即推测为与疾病相关的变异位点,然后利用公共数据库进行过滤,统计突变类型,并且将其在全基因组水平上进行分布分析,利用基因本体功能注释、京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路分析、突变基因相互作用分析对筛选出的变异位点进行生物信息学检验,推测可能参与原发性高血压发病的易感基因.结果 分组检验分析得到33 919个SNP位点、18 594个插入缺失位点、352个结构变异位点和88 707个CNV位点.纤维连接蛋白1(FN1)、蛋白激酶N1 (PKN1)、融合蛋白19(CD19)、细胞分裂周期蛋白5样蛋白抗体(CDC5L)这4个位点是互相作用网络通路流经数据量大的几个节点.结论 通过全基因组重测序技术获得了全基因组水平上原发性高血压多种基因突变,而且发现尚未报道过的FN1、PKN1、CD19、CDC5L可能是原发性高血压发病过程中的关键节点基因.
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一例汉族瘢痕疙瘩家系全基因组重测序结果及初步分析
目的 通过对瘢痕疙瘩家系进行全基因组重测序筛选与疾病相关的单核苷酸多态性信息.方法 收集瘢痕疙瘩家系资料,绘制家系图谱;选取家系特定成员外周血样,提取DNA进行全基因组重测序并设计软件分析比对,筛选相关突变位点及致病基因.结果 本例瘢痕疙瘩家系遗传稳定,筛选出疾病相关的单核苷酸多态性27个,筛选出8个基因与瘢痕疙瘩发病机制密切相关.结论 全基因组重测序技术可以筛选出新的与瘢痕疙瘩相关的基因突变信息,为瘢痕疙瘩的病因研究提供一种新的途径和方法.
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基于重测序技术对瘢痕疙瘩形成相关基因结构变异的初步探讨
目的 利用全基因重测序技术初步探讨与瘢痕疙瘩形成相关基因的结构变异.方法 选取1个典型瘢痕疙瘩家系,共4代27例,利用全基因组重测序技术,对该家系中5例(4例瘢痕疙瘩患者,1例正常人)基因组DNA进行数据分析,并对所获信息进行数据库比对和变异注释.结果 通过生物信息学分析、数据库比对及变异注释后,发现了2个与瘢痕疙瘩相关的结构变异.利用靶基因功能分析软件DAVID对筛选出来的结构变异进行注释和信号通路分析,发现人四旋蛋白8(TSPAN8)在所有检测的瘢痕疙瘩患者中,均有一段168 bp的倒置,其包含了TSPAN8基因的第4个外显子.结论 TSPAN8表达的肿瘤细胞,可通过上调血管内皮生长因子及其受体的表达,促进相邻的成纤维细胞分泌基质金属蛋白酶及尿激酶.此家系中该基因4号外显子的倒置,可能会导致该蛋白在信号转导过程的调节紊乱,从而导致瘢痕疙瘩的形成.
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肱骨短小症致病相关基因及其变异的筛选与验证
目的 寻找肱骨短小症的特异致病基因及其变异.方法 利用全基因组重测序技术,采用Illumina HiSeq X ten测序系统检测3例肱骨短小症患者和3例正常对照者全基因组,测序数据经过1000 Genomes Project和dbSNP数据库过滤,将测序所得的特异性单核苷酸多态性位点(SNP)在全部患者和对照者中验证,并通过GO和KEGG Pathway分析,筛选致病相关的重要候选基因及变异.结果 肱骨短小症患者没有特异致病基因,但具有31个特异性SNP,其中PLCB4rs6077510和PLAU rs2227564变异与肱骨短小症发病密切相关.结论 肱骨短小症不是遗传病.但其发病与PLCB4和PLAU基因多态性有关,可能是本病发病的重要机制.
