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以RdRp酶为例通过蛋白结构比对研究RNA病毒进化历史的方法学探讨
目的 以RdRp酶为例探讨病毒蛋白的保守性以及通过蛋白结构比对研究RNA病毒进化历史的可能性.方法 从GenBank下载6个病毒科RdRp酶的序列,通过多维尺度分析筛选代表性的序列,使用在线预测工具Swiss-Model预测三维结构,分别用Dali和Matt软件进行结构两两比对,对比对结果进行聚类分析.筛选的序列同时进行系统发育分析. 结果 同一病毒科内RdRp酶结构比对的分值一般小于1.0,不同病毒科之间结构比对的分值一般大于3.0.对于同一病毒种,分离自不同年份的病毒蛋白结构相似,病毒蛋白结构的差异性与年份无明显相关性.聚类分析表明同一科病毒均聚在一起,但Dali和Matt得到的不同病毒科之间的进化关系并不完全相同,与系统发育树所揭示的进化关系也不完全相同. 结论 用现有的结构比对方法研究RNA病毒进化所得到的结果并不一致,与系统发育树的结论也不尽相同.因此,通过蛋白结构比对来研究病毒的进化历史,需要开发新的、更复杂的结构比对算法.
关键词： RdRp酶 RNA依赖RNA聚合酶 病毒 结构比对 进化 -
江门株诺如病毒重组鉴定及分析
目的:对诺如病毒(norovirus,NoV)NoV/Jiangmen056/2006/china和NoV/Jiangmen380/2006/china株进行重组鉴定分析.方法:用JV12Y/JV13I、COG2F/GⅡ SKR、JV12Y/GⅡ SKR三对引物对NoV基因组不同区域分别进行RT-PCR,PCR产物纯化回收、测序,利用Clustal X、MEGA4.1、SimPlot3.5.1软件分析其基因序列.结果:NoV/Jiangmen056/2006/china株由Lordsdal株的RdRp区和Mexico株的capsid区重组而成,而NoV/Jiangmen380/2006/china株由NLV/VannesL169/2000株的RdRp区和SaKaeo-53株的capsid区重组而成.结论:Nov/Jiangmen056/2006/china和NoV/Jiangmen380/2006/china是两种不同型别NoV重组株,而后者是国内首次检出的新型G Ⅱ.b NoV重组株,上述结果丰富了我国重组NoV的研究资料.
关键词： 诺罗病毒 重组 RNA依赖RNA聚合酶 衣壳 开放阅读框架
