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一起沙门菌食物中毒的实验室诊断与分析
目的 查明内蒙古某市某村发生食物中毒突发公共卫生事件的性质规模,调查可疑危险因素及其污染来源,控制疫情蔓延.方法 制定病例定义,开展病例主动搜索,采集患者肛拭子及粪便样品、可疑食品及环境样品,进行病原菌的分离培养.分离菌株进行生化和血清学鉴定,PFGE分子分型和药敏检测.结果 共出现43例感染病例,均参加了2014年5月6日的婚宴聚餐.19份检测样品中从7份患者肛拭子分离到肠炎沙门菌,志贺菌、致泻性大肠埃希菌、金黄色葡萄球菌及蜡样芽孢杆菌检测阴性.7株肠炎沙门菌XbaⅠ酶切后的PFGE谱型完全相同,说明感染菌株来自同一个克隆,即有共同的感染源头.PulseNet China数据库比对分析显示,本次疫情菌株的PFGE图谱与我国肠炎沙门菌分离株中常见的PFGE带型JEGX01.CN0002完全相同.结果 此次事件为一起肠炎沙门菌引起的食物中毒,感染菌株具有国内优势的PFGE带型.
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辽宁省大连市耐亚胺培南铜绿假单胞菌产金属β-内酰胺酶基因检测及脉冲场凝胶电泳分型
目的 了解辽宁省大连市分离的耐亚胺培南铜绿假单胞菌(PA)的金属β-内酰胺酶携带情况,探讨该地区临床分离产金属β-内酰胺酶PA的染色体多态性特征.方法 选取2013年1月至2014年9月临床分离的400株PA进行菌种鉴定和药物敏感试验,聚合酶链反应(PCR)法扩增产金属β-内酰胺酶的基因,并对扩增阳性产物进行测序确认;脉冲场凝胶电泳(PFGE)检测分析其染色体多态性.结果 药敏结果发现有89株PA对亚胺培南耐药,且多数为多重耐药菌株;金属β-内酰胺酶基因PCR扩增阳性11株,其中8株检出IMP-1基因,3株检出VIM-2基因,其余几种金属β-内酰胺酶基因均未检出.89株耐亚胺培南PA的PFGE图谱可分成15种型(A～O),其中A型46株、B型16株、C型4株、D型5株、E型4株、F型3株、G型2株、H型2株,I型至O型分别各有1株.PFGE图谱集中的A～G型各型中的菌株来源于4家不同医院,呈现多态性,每群均存在型别100％相同的克隆株.结论 大连地区耐亚胺培南的89株PA多数是多重耐药菌株,产金属β-内酰胺酶的基因型只有2种,为IMP-1和VIM-2.PFGE结果提示该地区菌株虽具有基因多态性,但仍存在相似度较高的流行优势PFGE型别,具有高度的同源性.PFGE具有很强的菌株同源性分析能力,适用于细菌耐药传染源溯源.
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2010-2013年广东省深圳市南山区腹泻患者沙门菌血清学和脉冲场凝胶电泳分析
目的 分析广东省深圳市南山区2010-2013年哨点医院腹泻患者分离的沙门菌血清型分布和脉冲场凝胶电泳(PFGE)带型.方法 对1868份腹泻患者的粪便标本进行沙门菌分离、鉴定、血清学分型和脉冲场凝胶电泳.结果 共分离到92株沙门菌,总分离率为4.93％.4～10岁年龄组腹泻病例的沙门菌分离率高,达23.21％,1～3岁组次之,达8.26％,＜1岁组和＞11岁各年龄组分离率差异无统计学意义,介于1.45％ ～5.41％.性别和分离年份差异无统计学意义.92株沙门菌分布于19种血清型,鼠伤寒沙门菌多,占38.04％,肠炎沙门菌次之,占31.52％,第3位是斯坦利沙门菌,占7.61％.61株沙门菌可以分为41种PFGE带型,每种带型多有7株菌.鼠伤寒门菌产生17个PFGE带型,主要带型为T1型,肠炎沙门菌的带型为E1型.发现2起家庭聚集性的沙门菌感染,1起为罗森沙门菌感染导致的1对双胞胎幼儿发病,另1起为1对夫妇和1位老人在家庭聚餐后感染肠炎沙门菌.结论 4 ～10岁年龄组腹泻病例沙门菌分离率高,需高度重视该年龄组的卫生习惯和卫生状况;本地区腹泻患者沙门菌血清型以鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌为主;PFGE分型及时能对传染病的预防和控制起到重要作用.
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广东省珠海市两种常见沙门菌血清型的分子分型分析
目的 研究珠海市沙门菌1,4,[5],12:i:-和鼠伤寒沙门菌的耐药和遗传学特征,为食源性疾病分子流行病学调查提供参考数据.方法 用纸片法进行抗生素敏感试验,根据PulseNet监测网络公布的沙门菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型方案与欧洲食源性疾病监测网公布的鼠伤寒沙门菌多位点可变数目串联重复序列分析分型方案,对从腹泻病例分离的121株鼠伤寒沙门菌和S.1,4,[5],12:i:-进行PFGE和MLVA分型.结果 药敏试验结果显示,鼠伤寒沙门菌和S.1,4,[5],12:i:-的多重耐药株分别为45株(45/51,88.24％)和51株(51/70,72.86％),2种菌多重耐药率差异有统计学意义(x2=4.256,P=0.039),两者的耐药率＞50.00％的抗生素分别是氨苄西林、四环素、复方磺胺甲恶唑和氯霉素.121株沙门菌经PFGE分型后获得88个型别,2种菌株间没有明显聚类特征,但鼠伤寒沙门菌的型别更为分散,优势型别PT15的11株菌包含了2种血清型.MLVA分型结果显示5个位点中以STTR5和STTR6的重复数变化多,分别是11和14个重复数,STTR9和STTR3次之,95.87％的菌株在STTR10p位点无扩增产物.经MLVA分型后获得50个型别,优势型别为MT18和MT10,分别有23株和11株菌,均包含了2种血清型,经构建小生成树分析发现91.74％(111株)菌株分布在Ⅰ群.结论 珠海市2种菌株的多重耐药率较高,分子分型型别多样,但鼠伤寒沙门菌型别更为分散,两者遗传特征相似.
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云南省玉溪市甲型副伤寒沙门菌PFGE数据库的建立及其应用
目的 建立云南省玉溪市甲型副伤寒沙门菌(SPA)分离株脉冲场凝胶电泳(PFGE)数据库,分析玉溪市各分子型别SPA的流行和分布情况,为本市SPA的监测和疫情的应急处理提供科学依据.方法 采用Spe Ⅰ和Xba Ⅰ消化细菌染色体,对来自玉溪市6县1区194株SPA分离株进行PFGE分型和聚类分析.结果 194株SPA中,Xba Ⅰ带型共有7种,分别为Xba Ⅰ 01、Xba Ⅰ 02、Xba Ⅰ 06、Xba Ⅰ 07、Xba Ⅰ 09、Xba Ⅰ 10、Xba Ⅰ 19,其中Xba Ⅰ 01为优势带型,占93.81%(182/194);Spe Ⅰ带型共有10种,分别为Spe Ⅰ01～10,其中Spe Ⅰ 01、Spe Ⅰ02为优势带型,各占46.39%(90/194)和43.30%(84/194).比较分析Xba Ⅰ带型和Spe Ⅰ带型,Spe Ⅰ酶切比Xba Ⅰ酶切具有更多的带型,主要是Xba Ⅰ 01带型和Xba Ⅰ 02带型可以分为更多的Spe Ⅰ带型,Spe Ⅰ 01和SpeⅠ 02带型均来自于Xba Ⅰ 01带型.但是,也有不同的Xba Ⅰ带型归属于相同的Spe Ⅰ带型.结论 建立了玉溪市SPA PFGE数据库,Spe Ⅰ酶切数据库与Xha Ⅰ酶切数据库具有较好的一致性.Spe Ⅰ 01和Spe Ⅰ 02或xh Ⅰ01是玉溪流行的主要克隆,同时也不容忽视其他分子型别的危害.
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脉冲场凝胶电泳技术对海南省两起奇异变形杆菌引起的食物中毒分析
目的 对2007年7月19和22日发生的两起食物中毒事件中分离到的奇异变形杆菌进行分析,判断暴发原因.方法 对患者和食物样品进行常规分离培养鉴定,分离到的菌株进行PFGE分型比较.结果 自海南定安县食物中毒中采集的患者和食物51份标本分离出14株奇异变形杆菌,澄迈县食物中毒调查中采集的5份患者标本分离出3株奇异变形杆菌.这些菌株经PFGE聚类分析得到8种带型,相似性百分比在28.1%～100.0%之间.定安县分离的14株菌株中有9株菌带型一致,澄迈县暴发分离株中有2株菌带型一致.结论 这两起食物中毒中分别分离的具有相同带型特征的奇异变形杆菌应是引起暴发的原因.
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广东省霍乱病例与环境来源霍乱弧菌的耐药性和分子分型研究
目的 比较分析广东省霍乱病例及环境来源O1/O139群霍乱弧菌抗生素敏感性和分子分型特征.方法 选取2006-2007年广东省霍乱病例及相关来源、环境(珠江水体和海水产品)来源的O1/O139群霍乱弧菌.采用血清学、药物敏感性试验和分子生物学方法,研究不同来源的霍乱弧菌在菌型分布、药物敏感性、毒素基因携带以及分子分型方面的异同.结果 2006-2007年,广东省共分离各类来源O1/O139群霍乱弧菌170株.其中,病例及相关来源菌株37株,环境来源菌株133株(海水产品来源37株、珠江水体96株).两种来源菌株的菌型构成均以O1群EI Tor稻叶型为主;病例及相关来源菌株以产毒株为主,ctxA毒素基因携带率(83.8%)显著高于环境菌株(4.5%);药物敏感性试验显示,以产毒株为主的病例及相关来源菌株对萘啶酸和复方新诺明的耐药率(78.8%,78.8%)高于以非产毒株为主的环境来源菌株(50.6%,13.9%,P<0.05).环境来源菌株对多西环素的耐药率(17.7%)高于病例及相关来源菌株(0%,P<0.05).O139群菌株对氨苄西林的耐药率(70%)高于稻叶型和小川型菌株(8.9%,0%,P<0.01).脉冲场凝胶电泳(PFGE)聚类分析显示,O139群霍乱弧菌产毒株之间,O1群霍乱弧菌流行株之间以及其他的O1/O139群霍乱弧菌之间,PFGE型别表现为明显的遗传多样性.结论 广东省O1/O139群霍乱弧菌来源复杂多样,霍乱防控形势严峻,需要密切注意菌株型别变异情况及菌株变异趋势.
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37株枸橼酸杆菌的耐药性及PFGE分型分析
目的 了解食品及患者来源的37株枸橼酸杆菌的耐药性、毒力基因携带及PFGE的分型情况.方法 运用K-B法选择15种抗生素进行药敏试验;以PCR方法检测志贺样毒素(stx1和sex2)、紧密素基因(eae)及溶血素(hly)4种毒力基因;用脉冲场凝胶电泳(pulse field gel electrophoresis,PFGE)方法进行同源性分析.结果 37株枸橼酸杆菌中,25株为杨氏枸橼酸杆菌,11株为弗劳地枸橼酸杆菌,1株为布雷克氏枸橼酸杆菌.分离菌株对大多数抗生素敏感,但对头孢噻吩100%耐药.其毒力基因检测均为阴性.PFGE结果发现不同菌株带型差异较大.其中5株食品来源,1株为人来源的杨氏枸橼酸杆菌同为MAS007型,具有流行病学相关性.结论 该地区枸橼酸杆菌主要以杨氏枸橼酸杆菌为主;部分菌株具有多重耐药,应加强菌株的耐药性监测;脉冲场凝胶电泳对枸橼酸杆菌有较好的分型能力,有助于分析追踪疫情和来源;患者可能存在食源性感染,应引起疾控部门的重视.
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沙门菌监测点汤卜逊沙门菌分离株的分子分型和耐药性分析
目的 应用分子分型技术对2007年上海和重庆市沙门菌监测点的50株汤卜逊沙门菌进行分子流行病学分析和抗生素敏感性测定,了解上海和重庆两地菌株的分子分型特征和药物敏感性特征.方法 抗生素敏感性测定采用微量肉汤稀释法,分子分型方法包括脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点串联重复序列分析(MLVA).结果 药敏试验显示78%的菌株存在多重耐药,其中磺胺甲恶唑和四环素的耐药率高,其次是甲氧苄胺嘧啶;对头孢类抗生素(头孢嚷肟、头孢三嗪、头孢他啶、头孢噻呋)均未产生耐药性.PFGE将50株菌分为15个带型,30株重庆分离株间有较高的相似性;MLVA分析显示除Sa116位点外,其余检测位点在所有待检菌株中没有差别.结论 分子分型支持汤卜逊沙门菌引起的暴发以及散发.目前MLVA分型应用于汤卜逊沙门菌分子分型时,分型能力低于PFGE,需要进一步优化.
关键词： 汤卜逊沙门菌 脉冲场凝胶电泳 多位点串联重复序列分析 分子分型 -
中国六省伤寒沙门菌的脉冲场凝胶电泳分析及数据库的建立
目的 对中国六省分离的伤寒沙门菌进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析,初步建立中国伤寒沙门菌的数据库.方法 采用PFGE技术,对中国1979-2005年六省分离的伤寒沙门菌用Xba Ⅰ酶切,用BioNumeries软件对PFGE图谱进行分析,并且建立中国分子分型数据库.结果 收集的417株菌株共有288种不同的PFGE带型,相似性系数在55.2%-100%之间,不同的省份和年份之间有交叉带型.结论 中国伤寒沙门菌的菌株变异较大,不同的省份可能存在不同克隆系的伤寒沙门菌菌株的流行.通过建立中国伤寒沙门菌PFGE带型数据库,对中国以后伤寒沙门菌的监测具有重要的意义.
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2005年中国EI Tor霍乱弧菌流行优势菌株分子特征分析
目的 研究2005年中国霍乱弧菌流行优势菌株的分子特征.方法 使用脉冲场凝胶电泳对菌株进行聚类分析,使用PCR和序列测定的方法对特异片段进行扩增和序列分析的研究.结果 2005年中国霍乱弧菌流行优势菌株的脉冲场凝胶电泳图谱高度一致并且不同于以往分离的菌株;这些菌株的VSP Ⅱ(Vibrio seventh pandemic island-Ⅱ)区域有相同的由插入序列的插入导致的基因缺失.结论 2005年霍乱弧菌流行优势菌株是一种首次报道的、由VSP-Ⅱ突变菌株引起流行的菌型,其扩散能力较强,应该在今后霍乱的监测中引起注意.
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脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)在分子分型中的应用现状
近年来,以脉冲场凝胶电泳(Pulsed field gel electrophoresis,PFGE)为代表的分子生物学分型方法日渐受到青睐,其原理为通过一定的方法,直接或间接反映病原体变异分化的本质即DNA序列的改变,从而做到微观变化的宏观显示.电泳结果通常是条带图谱.该方法的发展成熟为监测控制细菌的流行提供了广阔的前景.通过分型可以鉴定比较菌株是否一致,对于细菌性传染病监测[1,2]、传染源追踪、传播途径调查和识别等暴发调查有着非常重要的意义[3,4].
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一起由斯坦利沙门菌引起食源性疾病暴发疫情的调查研究
对3起聚集性腹泻、1起疑似食物中毒事件进行调查,并采集部分病例及从业人员生物标本、涉事单位食品和加工场所环境样品共19份进行沙门菌分离鉴定和基因分型.10份样品检出斯坦利沙门菌,4株食品样品分离株和5株病例粪便、1株从业人员肛拭分离株的PFGE带型完全一致,由此证实本起事件为一起由斯坦利沙门菌引起的食源性疾病暴发疫情.
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一起幼儿园肠炎沙门菌食物中毒事件的调查
本次事件共有81名儿童患病,罹患率为48.2％,主要症状为发热(100％)、腹泻(98.8％)、腹痛(97.5％)、呕吐(69.1％);从患者粪便和食物蛋炒饭中分离的肠炎沙门菌PFGE图谱完全一致,且与生鸡蛋涂抹样品中分离株的相似度为96.2％,提示为一起由鸡蛋中的肠炎沙门菌污染导致的食物中毒事件.
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一起多血清型副溶血性弧菌引起的食物中毒脉冲场凝胶电泳分析
目的 对一起食物中毒检出的3种血清型副溶血性弧菌(Vibrio parahaemolyticus,VP),采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行同源性分析,以明确其传染源.方法 参照WS 271-2007等标准,进行副溶血性弧菌分离、生化和血清学鉴定、KP试验、药敏试验、毒力基因检测、PFGE分子分型,利用BioNumerics软件对PFGE分型图谱进行聚类分析.结果 17份样品均检出副溶血性弧菌,血清型可分3个型别,以O3∶K6为优势血清型,占70.59％,O2∶K3和O2∶K28两血清型所占比例不一.PFGE分子分型,按100％相似度可分6个基因型别,XC12001型为优势型别,占58.82％,XC12002～XC12006型所占比例不一,聚类分析显示XC12001和XC 12002型、XC12004和XC12005型相似度较高.17株副溶血性弧菌药敏结果基本一致,对氨苄西林和阿莫西林耐药率高达100％.10株O3∶K6型副溶血性弧菌只携带tdh毒力基因,其余菌株tdh、trh1、trh2毒力基因全部阴性.结论 此起食物中毒是以O3∶K6血清型为主的不同克隆群副溶血性弧菌混合感染所致,PFGE可有效应用于食物中毒溯源分析及分子流行病学研究.
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2015年北京一起鼠伤寒沙门菌暴发流行的病原学检测分析
2015年5月北京一家大型企业发生聚集性腹泻疫情,流行病学调查后收集现场样本,经过实验室检测确认该次疫情为鼠伤寒沙门菌暴发流行.分离到的18株鼠伤寒沙门菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)图谱带型一致,在北京市沙门菌PFGE数据库中未发现相同带型.药物敏感试验结果显示有一株菌株对12种抗生素耐药.这种耐药模式的出现提示需加强耐药监测.
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食品检验用标准菌株分子水平质控方法的建立与应用
目的 建立食品检验用标准菌株分子水平质控方法,并进行应用.方法 使用16S rRNA基因序列分析、脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点序列分型等分子生物学技术手段,对食品安全国家标准中使用的标准菌株进行分子确认,并对不同的批号进行验证.结果 16S rRNA基因序列比对结果符合该菌株所在的菌属,并获得标准菌株16S rRNA基因标准序列,不同批号的标准菌株16S rRNA基因序列完全一致;确定了每株标准菌株的ST型和基因型,并对不同批号的菌株进行了基因型比较,未发现型别改变;对无PulseNet标准操作方法的菌株,开展方法学研究,获得了适用的限制性内切酶和电泳参数,建立了标准菌株分子指纹图谱,比较不同批号菌株的PFGE图谱,相似性均为100％.结论 本研究首次将分子生物学技术应用到标准菌株的质量控制,突破了使用传统质控方法的瓶颈,从分子水平实现对标准菌株稳定性的评价,保证了标准菌株在食品检验过程中的稳定性和一致性.
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多位点串联重复序列分析应用于中国肠炎沙门菌分型能力的评价
目的 比较脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点串联重复序列分析(MLVA)分型方法用于我国肠炎沙门菌分子分型的能力,建立我国肠炎沙门菌MLVA分型标准操作方法及数据库.方法 根据国际PulseNet公布的肠炎沙门菌PFGE和MLVA分型方案,对来自我国6个省(直辖市)的289株肠炎沙门菌进行分子分型分析,并结合流行病学资料,评价这两种分型方法对我国肠炎沙门菌分离株的分型能力.结果 289株肠炎沙门菌经Xba Ⅰ酶切,PFGE后获得55种带型,其分辨能力(D值)为0.8433.PFGE优势带型为JEGX01.CN0003及JEGX01.CN0001,带型频率分别为35.6％、25.6％,但二者仅表现两个条带的差异,其余型别均低于5％.采用MLVA分析,获得63种型别,分为2个群,D值为0.8608,说明MLVA分辨能力高于单酶切PFGE,但分型能力仍然有限.MLVA主要型别ST1包含了97株菌株,占37.5％,分布于各省及各年份.若联合PFGE及MLVA分型,则产生104种型别,D值为0.9058.对流行病学调查显示为肠炎沙门菌暴发病例菌株进行PFGE双酶切及MLVA分型,结果均显示这些菌株具有明显的聚集性,但不能与同期散发菌株完全区分开.结论 MLVA与PFGE分型方法的分辨能力在肠炎沙门菌中较低,在确认肠炎沙门菌引起的暴发事件时,需紧密结合流行病学调查资料,采用双酶切PFGE或MLVA进行分型分析.
关键词： 肠炎沙门菌 脉冲场凝胶电泳 多位点串联重复序列分析 分子分型 -
北京地区2010-2015年宋内志贺菌脉冲场凝胶电泳分型及耐药特征分析
目的 分析北京市2010-2015年分离的259株宋内志贺菌脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PFGE)分型及耐药特征.方法 收集2010-2015年分离到的宋内志贺菌259株,经生化及血清型鉴定后,应用PFGE分型并用小抑菌浓度法(minimal inhibition concentration,MIC)进行12种药物的耐药检测.结果 259株宋内志贺菌经PFGE图谱聚类分析后,发现宋内志贺菌有A、B两个优势簇,2010-2015年A簇菌株所占构成比逐年增高;耐药结果显示257株为耐药菌株,其中245株为多耐药菌株,占所有耐药菌株的95.33％.对头孢曲松(CRO)的耐药性有明显升高.结论 北京地区近年宋内志贺菌有较高的同源性,A簇菌株已经成为目前北京地区宋内志贺菌的优势簇.对三代头孢类药物CRO等耐药性上升可能与临床上大量应用三代头孢药物以及A簇菌株增多有关,多耐药谱的情况也更加复杂,提示应合理使用抗生素.
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中国蜡样芽胞杆菌脉冲场凝胶电泳标准化技术的建立与应用
目的 本研究旨在选择不同的内切酶和电泳条件对蜡样芽胞杆菌(蜡样杆菌)脉冲场凝胶电泳(PFGE)方法进行评价,建立中国蜡样杆菌标准PFGE方法.方法 蜡样ATCC国际标准菌株及分离自我国不同地区和来源的蜡样杆菌,制备胶块用溶菌酶和蛋白酶K分别裂解后,选用不同的内切酶对胶块内DNA进行酶切,比较PFGE电泳结果的分离度,评价获得佳操作方案,选取51株蜡样杆菌菌株进行PFGE实验,对此实验方法进行评价分析.结果 确立的蜡样杆菌PFGE分型方法的标准操作程序,可以较好地对蜡样杆菌进行分子分型研究,初步描述了51株蜡样杆菌菌株PFGE型别特征.结论 实验确定的蜡样杆菌PFGE方法,可以为蜡样杆菌引起的食源性疾病及医院感染的溯源控制提供技术手段.
