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不同可变数目串联重复序列组合对中国流行结核分枝杆菌分辨力的评价研究
目的 在规范化的结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)可变数目串联重复序列(variable number of tandem repeats,VNTR)基因分型的基础上,构建我国31个省(自治区、直辖市)VNTR数据库,每个省优化一套VNTR位点组合,为我国结核病预防控制策略的制定提供科学依据.方法 对2007-2008年全国结核病耐药性基线调查的4 116株MTB15位点VNTR(15-VNTR)基因分型.汉高指数(Hunter-Gaston Index,HGI)分析每个位点的分辨率.依据谱系流行特征,以分辨率高和稳定性强为原则,为各省设计一套VNTR优化组合(12-VNTR、10-VNTR、8-VNTR和5-VNTR),采用HGI和成簇率进行评价.结果 完成了涵盖率为96.36％(3 966/4 116)MTB完整15-VNTR图谱.发现QUB11b、MIRU26等7个高分辨率位点;QUB26、MIRU16、Mtub21、QUB1 1b在部分地区遗传稳定性差.内蒙古自治区、重庆市、黑龙江省的优组合为10-VNTR,其他各省的佳组合为8-VNTR.结论 VNTR数据库的建立将推动全国范围MTB传染源的追踪;各省优化VNTR组合的推出有助于当地结核病疫情的监测和群体遗传学的研究.
关键词： 结核分枝杆菌 可变数目串联重复序列 基因分型 分辨率 成簇率 -
贵州省结核分枝杆菌临床分离株MIRU-VNTR位点基因分型研究
目的 了解贵州省结核分枝杆菌临床分离株的数目可变串联重复序列(MIRU-VNTR)基因多态性及近期传播情况. 方法 收集2014年贵州省结核分枝杆菌临床分离株185株(耐多药菌株57株,全敏感菌株97株),采用MI-RU-VNTR 12个位点分析法进行PCR检测,应用NTsys2.10软件对全部基因型数字化结果进行非加权组平均法(UP-GMA)聚类分析. 结果 185株结核分枝杆菌临床分离株分为5个基因群(Ⅰ,Ⅱ,Ⅲ,Ⅳ,Ⅴ),呈现156个基因型,其中135个为独特基因型,其余50株为16簇,大簇包含10株菌,小簇包含2株菌,成簇率为27.03％,近期感染小估计为18.37％,Ⅰ群结核分枝杆菌为147株,占79.46％,为优势菌群,在MIRU12个位点中,26、31位点多态性较高(h＞0.60),4、10、23、27、39、40位点呈中等程度的多态性(0.3≤h≤0.60),2、16、20、24位点多态性较低(h＜0.30).结论 贵州省结核分枝杆菌具有基因多态性,其主要的流行群为Ⅰ群,MIRU26和MIRU31呈高等程度多态性,MIRU2、MIRU20和MIRU24、MIRU27呈低等程度多态性.
关键词： 结核分枝杆菌 基因分型 成簇率 耐药性 数目可变串联重复序列
