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应用DNA条形码技术鉴定未知双翅目蛹
目的 建立应用DNA条形码技术鉴定未知病媒种类的方法,尤其是非成虫态虫体或者肢体残缺个体的DNA条形码鉴定的方法和技术,以缩短鉴定周期.方法提取从英国进口废纸中截获的双翅目单只蛹基因组DNA,利用多细胞无脊椎动物线粒体细胞色素氧化酶I(COI)的通用引物进行DNA扩增.PCR产物直接从两端测序,测序引物同扩增引物,序列经拼接后得到清晰可读的709bp COI基因片段碱基序列.同时将截获的同批蛹的其他个体在实验室内孵化成成虫进行形态学鉴定,并抽提孵化的成虫的基因组DNA,扩增其COI基因片段,测序并与蛹的序列进行比较.与GenBank中的序列进行同源性比对,并用Clustal W2在线建立AD系统发育树.结果未知种类的蛹和Genbank中红头丽蝇Calliphora vicina的COI DNA序列(包括引物序列)99.4％相同.蛹化成虫形态鉴定为红头丽蝇,孵化后的成虫的DNA条形码数据与蛹的数据完全相符.结论根据结果可以判断所截获的未知种类的蛹为红头丽蝇Calliphora vicina.本文的研究证明了DNA条形码技术是一种快捷准确的种类鉴定方法,尤其是运用在非成虫态的种类鉴定上.
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基于ycf1的姜科植物条形码鉴定及聚类分析
目的:利用DNA条形码技术分析比较姜科植物的ycf1序列,对姜科药用植物进行条形码鉴定及聚类分析,评价ycf1序列对姜科植物的鉴别能力.方法:用ycf1通用引物对姜科6个属16种药用植物进行PCR扩增和测序,用BioEdit v7.0.9.0及MEGA 6.0对目的序列进行比对分析,以美人蕉为外类群构建系统进化树.结果:姜科ycf1序列长度约为900bp,17条目的序列差异位点150个,除山姜属4个种的种间遗传距离为0无法鉴别以外,其余5个属种间均存在序列差异;构建的系统进化树显示,ycf1序列能明显区分姜科6个属的植物.结论:ycf1序列可对姜科植物进行可靠的遗传聚类分析,且可对本研究中除山姜属4个近源种以外的姜科植物进行鉴定.
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DNA条形码技术在动物类药材熊胆粉及其混伪品鉴定中的应用
应用DNA条形码技术对名贵中药材熊胆粉及混伪品进行DNA条形码鉴定研究,并建立其标准实验流程,以保障熊胆粉的安全有效利用.对收集到的12份熊胆粉样品进行DNA提取、PCR(聚合酶链式反应)扩增并双向测序、运用CodonCode Aligner V 7.0.1进行序列剪切去除引物区得到COI序列,同时与GenBank中得到棕熊及混伪品COI序列,运用MEGA 7.0对研究的5个物种50条序列比对分析,计算变异位点及种内和种间K2P(Kimura 2-Parameter)遗传距离并构建邻接(NJ)树.黑熊、棕熊的种内大K2P遗传距离远小于其混伪品间小K2P遗传距离;NJ树结果显示黑熊、棕熊各聚为一支,均可以与混伪品明显区分开.DNA条形码技术为一种安全便捷可靠的物种鉴定技术,建立动物类药材COI序列标准话流程,在中药研究领域具有重要的作用.
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三种分子标记技术对有毒植物鉴定效能的评价
目的 评价3种不同的分子标记技术对植物属级的鉴定能力以选出适合在中毒现场快速鉴定有毒植物的分子技术. 方法 选取毛茛科、大戟科共18种19份有毒植物叶片样品,用改良十六烷基三甲基溴化铵法提取基因组DNA,分别使用随机扩增多态性DNA标记(RAPD)、简单重复序列间标记(ISSR)和DNA条形码技术进行物种鉴定(属级),使用NYSTS、SPSS、PAUP、MEGA软件进行聚类分析,比较3种DNA分子标记技术的准确性、可靠性、时效性和可操作性. 结果 准确性:RAPD技术未能鉴定样品的属级,ISSR技术和DNA条形码技术的鉴定准确率分别为68％和100％.可靠性:RAPD技术与ISSR技术主观影响率分别为44％、26％,条带重复率分别为47％、45％；DNA条形码技术trnH-psbA片段扩增成功率与测序成功率均为100％.时效性:从总DNA提取开始至得到终鉴定结果,RAPD、ISSR、DNA条形码技术耗时分别为8.5、9.0、42.2 h.可操作性:RAPD与ISSR技术的鉴定工作可在普通实验室完成,DNA条形码技术的鉴定工作则需要特殊的测序设备. 结论 初步认为DNA条形码技术是比较适用于突发有毒植物中毒事件中快速病因判定的分子鉴定技术.
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基于DNA条形码技术对青海鼠疫疫源地内主要媒介蚤的分子鉴定研究
目的 应用DNA条形码技术对青海省鼠疫疫源地内主要媒介蚤进行分子鉴定,弥补蚤类传统形态分类方法的不足.方法 于青海省3个州、2个市、5个县采集36份蚤种肌肉组织,PCR方法扩增细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ(CO Ⅰ)基因片段并进行测序和比对;用Mega 6软件(K2-P双参数模型)计算种内及种间遗传距离,以邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统发育树.结果 共测得2总科4属6种媒介蚤36条CO Ⅰ基因部分序列.全部蚤种平均遗传距离为0.119.细钩盖蚤种内遗传距离小(0.002),斧形盖蚤大(0.027).斧形盖蚤和细钩盖蚤的种间遗传距离小(0.039),人蚤和细钩盖蚤距离大(0.207).种间遗传距离显著大于种内遗传距离.NJ树显示,同一物种的不同个体均形成高支持率的单系,种间分支明显.结论 DNA条形码技术适用于青海省鼠疫疫源地内主要媒介蚤种的分子鉴定,可弥补蚤类传统形态分类方法的不足.
关键词： 蚤目 细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ DNA条形码技术 -
DNA条形码技术在软体动物分类学中的研究进展
DNA条形码技术在物种分类和鉴定中具有快速、准确的特点.近几年,基于CO Ⅰ基因的DNA条形码技术已成功应用于软体动物物种水平的鉴定.本文对DNA条形码技术的概念、优点和局限性,以及该技术在软体动物物种分类鉴定中的应用进展进行综述,主要阐述其在医学贝类分类研究中的应用和CO Ⅰ基因序列的相关研究现状.
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基于COI基因的柴达盆地常见寄生蚤种的DNA条形码分析
目的 COI基因对柴达木盆地部分蚤种进行分子生物学鉴定,旨在完善蚤类传统形态分类法的不足.方法 PCR扩增68份蚤类标本的COI基因片段(约600 bp)并进行测序和比对;用MEGA 6软件的K2-P双参数模型计算种内及种间遗传距离,以邻接法(neighbor-joining,NJ)构建系统发育树.结果 共测得柴达木盆地19种蚤的68条COI基因序列,种内遗传距离0.01％～2.9％,种间遗传距离3％～15.4％,种间遗传距离显著大于种内遗传距离.结论 NJ树显示同一物种形成高支持率的单系,种间分支很明显,表明COI可以作为DNA条形编码基因对柴达木盆地的常见蚤类进行物种鉴定.
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DNA条形码技术鉴定我国部分白蛉蛉种
目的：探讨DNA条形码技术在白蛉物种鉴定中的可行性。方法通过研究白蛉亚科3个属9个物种的线粒体细胞色素C氧化酶亚基I基因序列，以Kimura双参数模型进行种内种间遗传距离分析、使用邻接法构建系统发育树。结果种内平均遗传距离（0．8％）远远小于种间平均遗传距离（11．2％），同种个体聚为高支持度的单一分支。结论基于线粒体COI基因的DNA条形码可以将不同蛉种很好的区分开来，可以作为一种有效的工具在白蛉物种鉴定中应用。
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DNA条形码技术在鉴定蛆症异蚤蝇中的应用
目的:建立应用DNA条形码技术鉴定蛆症异蚤蝇的方法.方法:分别提取在口岸检疫中截获的双翅目幼虫和成虫的基因组DNA,利用节肢动物线粒体细胞色素氧化酶I(COI)的通用引物进行DNA扩增.PCR产物直接测序,测序引物同扩增引物,得到清晰可读的665 bp COI的DNA片段碱基序列.与GenBank中相近的序列进行比较,并用ClustalW2在线建立NJ系统发育树.结果:成虫和幼虫COI的DNA序列100%相同,与GenBank中公布的长度为559 bp的蛆症异蚤蝇的COI相应片段相似性高达98.9%,与同属其他种类的可比片段的DNA序列相似性则低于90%.结论:根据结果可以判断所截获的双翅目昆虫为蛆症异蚤蝇.本文的研究再一次证明了DNA条形码技术可以直接应用于昆虫种类的鉴定.
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艾叶的DNA条形码鉴定研究
艾叶为菊科植物艾Artemisia argyi Levl.et Vant.的干燥叶,常用于艾灸、中药临床等.由于艾属植物形态特征的相似性,使艾叶难以快速地鉴定,不利于药材流通管理规范化以及用药安全.基于ITS2序列以及psbA-trnH序列,从分子水平对艾叶及其近缘种的15个蒿属植物进行鉴定分析.研究结果表明,艾叶及其近缘种的基因组DNA较容易提取得到,提取率为100％,PCR扩增,测序后能够得到稳定的ITS2片段以及psbA-trnH片段.根据序列特征、K2P遗传距离、聚类树的分析结果分析,相对于psbA-trnH以及ITS2+psbA-trnH序列,ITS2序列更适用于鉴定艾叶及其近缘种或混伪品,是鉴定艾叶的理想条形码.56批艾叶样本的ITS2序列比对后长度为225bp,种内暂未发现变异位点,种间大遗传距离为0,艾叶与其混伪品间的大种内距离小于小种间距离0.005.以邻接法、大简约法、大似然法估计构建系统聚类树的结果表明,56条艾叶ITS2序列独自聚为一支,表现出良好的单系性,与其混伪品能够很好地区分.同时,除了东亚栉齿蒿、大籽蒿之外,艾叶近缘种以及混伪品之间也都能各自单独聚为一支,单系性良好,能够很好地与艾叶区分开.因此,ITS2序列可用于鉴定其近缘种及其混伪品,是基于分子条形码技术鉴定的理想序列.
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贵州威宁草海国家级自然保护区蚊蚋类调查
目的:调查贵州威宁草海国家级自然保护区蚊蚋相.方法:收集贵州威宁草海国家级自然保护区内有水环境的积水或流水中水生植物和石头上的蚊、蚋类幼虫、蛹,培育出蚊、蚋成虫,经形态学和DNA条形码技术进行分类鉴定.结果:在保护区沿岸共采集到蚊幼虫400余条,育出成虫68头;蚋蛹400头、幼虫1 000余条,育出成虫159头;经经形态学和DNA条形码技术鉴定为蚊科(Family Culicidae Meigan,1818)2亚科3属共10种,占贵州省记述种9.17％;蚋科(Family Simuliidae Newman,1834)1亚科1属共8种,占贵州省记述种21.62％;调查亦见贵州省新记述五指库蚊、窄足真蚋和昌隆蚋.结论:此次调查贵州威宁草海国家级自然保护区蚊科10种、蚋科8种,多为嗜吸人、畜血常见种.
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基于DNA条形码技术的重楼栽培品基原鉴定
目的:基于DNA条形码技术鉴定重楼栽培品的基原,并比较同物种重楼栽培品与野生品的DNA条形码差异.方法:通过聚合酶链式反应(PCR)对重楼的ITS和ITS2序列进行扩增;通过与GenBank数据库进行Blast比对,确定收集重楼样品的物种;利用距离法和建树法比较重楼样品种内和种间的亲缘关系;比较不同物种样品之间,以及同物种样品的野生品与栽培品之间的碱基差异.结果:收集重楼样品经Blast比对共有10个物种,分别为宽瓣重楼、毛重楼、七叶一枝花、花叶重楼、独龙重楼、五指莲重楼、西藏延龄草、平伐重楼、华重楼、南重楼;除南重楼的ITS序列与毛重楼的平均种间遗传距离小于南重楼的大种内遗传距离外,各个物种的ITS和ITS2序列的大种内遗传距离均小于其小种间平均遗传距离,通过建立NJ树聚类分析,重楼样品的10个物种中相同物种聚类,且具有良好的单系性;从碱基比较结果上看,野生重楼样品与栽培重楼样品的碱基差异很小,甚至完全一致.结论:市场流通重楼药材的性状多样且差异很大并非由于人工驯化造成,而是由于重楼栽培基原的混乱造成的,且多数流通样品为非《中华人民共和国药典》收载物种,通过DNA条形码技术为重楼属药用植物鉴别开辟了一条新途径.
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DNA条形码--医学媒介生物快速准确鉴定的利器
DNA条形码为一种新兴的物种鉴定方法，为古老的物种鉴定学科注入了新鲜的血液，具有不受发育状态限制，减少对专家的依赖性，数据共享性高，可以建立国际鉴定平台等特点，为媒介生物的快速准确鉴定提供了一种新的利器。本文结合实际工作，参阅已发表的文献，分析传统形态学物种鉴定方法与DNA条形码方法鉴定物种的优缺点，DNA条形码技术的发展现状，DNA条形码数据的基本要求，以及DNA条形码鉴定物种的基本流程等，全面系统地介绍DNA条形码这一新的物种鉴定技术。在目前数据库DNA条形码数据不完善、不充足的情况下，尤其是在建设数据库的过程中，DNA条形码技术的应用离不开形态学鉴定，但当数据库中数据足够充足后，该技术将被广泛应用，对缩短鉴定周期，准确、快速鉴定媒介生物具有重要的意义。
