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STR 试剂盒在快速数据库建设中的应用
目的：评价 STRtyper-21G Plus 试剂盒在 DNA 数据库建设中的应用。方法针对各种纸质血样本特性，优化扩增体系和引物量、样本的取样量及循环次数，缩短 PCR 扩增时间，以建立适合批量样本直接快速扩增检验的方法，将其应用于2000份数据库样本的检验中，并与 PowerPlex?21试剂盒进行比较。结果采用10μL 扩增体系时，得到了 STRtyper-21G Plus 试剂盒批量样本检验的适取样量和扩增循环次数，建立了快速扩增反应程序，2000份样本的直接快速扩增检验成功率为98．7％，批量检验92份样本（1个96孔板）从取样到电泳结束只需5 h；PowerPlex?21试剂盒分别为98．1％和6 h。结论STRtyper-21G Plus 试剂盒的应用，省去样本 DNA 提取过程，操作方法简单、快速，获得信息量大，适用于 DNA 数据库建设的需要。
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DNA数据库亲缘关系比对2例分析
DNA 数据库经过数年的建设发展，库容规模数量日益增加。由于建设初期受一些因素制约，致使入库 STR 基因座及其数量种类繁多，尤其是 STR 基因座数量一般维持在16个以下，随着 DNA 数据库库容的不断递增，就会给随机亲缘关系的匹配带来一定的风险。作者在两起失踪人员认定案例中遇到此类问题，报道如下。
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男性样本X染色体牙釉基因片段丢失2例
目前已有许多报道,用Profiler Plus试剂盒分型时,性别鉴定中男性Y染色体牙釉基因片段丢失,导致性别误判,而x染色体牙釉基因片段丢失尚未见报道,作者在郑州市公安局用Profiler Hus试剂盒建DNA数据库过程中遇到2例罕见的男性样本x染色体牙釉基因片段丢失现象,报道如下.
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法医物证学中DNA数据库在法医学及其社会实践中的运用
近年来,法医物证学中DNA数据库的发展非常迅速,在其社会实践(包括公安机关等)中的运用也越来越多,本文初步分析统计了其中的部分运用情况(主要是在公安机关中的运用),并总结如下,希望对以后法医物证学中DNA数据库的建设、发展及运用有所帮助.
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试验性法医DNA数据库的研究
目的通过对大规模样本的DNA分型,探讨DNA数据库的建库指标;评估手动系统与自动系统DNA分型的兼容性;探讨DNA数据库计算机管理和需要立法解决的有关问题.方法对 1000份样本包括血液、血痕、唾液斑、精斑、混合斑、肌肉组织进行D3S1358、D9S1118、vWA、D5S818、D16S539、D8S1179、CSF1PO、D20S161等8个STR基因座的DNA分型.构建8个STR基因座的人类等位基因分型标准物;PCR扩增8个STR基因座.样本PCR产物与等位基因分型标准物同步电泳,比较样本PCR产物的电泳谱带对应分型标准物所处的位置,确定样本基因型.采用Microsoft的Access编写DNA数据库计算机管理软件.结果完成了对1000份样本D3S1358、D9S1118、vWA、D5S818、D16S539、D8S1179、CSF1PO、D20S161等8个STR基因座的DNA分型.构建了成都市试验性法医DNA数据库.结论明确了法医DNA数据库建立的核心目的是为侦查提供犯罪嫌疑人的线索;所选择的8个STR基因座累积个人识别能力大于0.99999999,适合在成都群体中用于建立法医DNA数据库.用于DNA分型的手工电泳银染和自动激光荧光检测系统具有可重复性和兼容性,手工电泳银染更易向基层单位推广.设计的计算机管理软件允许现场生物检材DNA分型数据缺项检索;允许DNA数据库容量任意扩大.积累的经验提示法医DNA数据库建库应首先立法确定入库的对象和解决保护个人隐私问题.为建设适合中国国情的法医DNA数据库提供了一个参考模式.
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人类基因组多态数据库Go!Poly及其应用
数据库在遗传多态研究中有着十分重要的作用.为满足我国医药学界人类基因组多态性研究的需要,四川省疾病基因组学与法医学重点实验室和北京大学生命科学院国家生物信息中心合作,建成了国内第1个人类基因组多态数据库Go!Poly.该数据库为基因取向的数据库,并具有一系列的特点.
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单核苷酸多态性及其数据库
随着人类基因组研究计划(human genome project, HGP)DNA序列测定工作的快速发展,研究人类基因组变异的重要性日益突出.将人类DNA变异的数据收集整理和建立起数据库,不仅可以用于研究人类的起源、进化以及现代人群遗传变异的发展机理,而且为检测与疾病、尤其是肿瘤和复杂性疾病如糖尿病、肥胖症、高血压和老年痴呆症等相关的基因提供了基础.基因组变异常见的一种形式是单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP).近两年来,美国、欧洲、日本和中国相继建立了SNP数据库.现就对SNP的研究近况和SNP数据库的建立与发展进行综述,对SNP数据库的应用价值和目前存在的问题加以讨论,并且在此基础上分析了研究中国人群基因组变异和发展具有中国特色的SNP数据库的必要性.中国是世界上人口多的国家,建立中国人群特有的SNP资料库,不仅可以为研究中国人群基因组变异及其与复杂性疾病的相关性提供迅速可靠的情报,同时还将为发展新的医药产品提供科学的依据,并为全人类基因组变异的研究提供近1/5的资料.
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我国法庭科学DNA数据库的建设与应用
国家法庭科学数据库对于我国具有重大的意义.本文探讨了法庭科学DNA数据库的在国外的情况、国内的情况并对法庭科学DNA数据库的发展进行了展望.
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多种载体人体生物检材直扩方法在DNA数据库建库中的实验研究
目的 研究适合基层法医DNA实验室建立DNA数据库的新产品和方法.方法 采用国产Goldeneye 20A-M免提取试剂盒对3 977份多种建库人体生物检材进行检测,并对多种人体生物检材的结果进行比较.同时探索WhatmanFTA卡的洗脱方法.结果 直接用免提取试剂盒进行实验研究,检出率为99.4%,对保存了1a的普通血滤纸、棉签血痕、纱布血痕、AuSBio卡、公安部物证鉴定中心监制的采血卡检出成功率高达100%,口腔拭子和FTA分别为97.1%和98.5%.Whatman FTA卡经过1%的Triton X-100洗脱1次,植出成功率可以达到100%.结论 Goldeneye 20A-M免提取试剂盒可以用多种载体人体生物检材做为直扩样本进行DNA建库,是一种简单、快捷的DNA建库方法.
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运用DNA多态性分析技术和DNA数据库串并系列案件
1 案例资料例1 2005年6月30日凌晨1时许,高某(女,24岁)在某中学附近被一男子抢劫并杀害;6月30日凌晨1时许,吕某(男,21岁)在某路口被抢劫致伤; 7月3日,陈某(女,26岁)在另一中学附近被一男子抢劫并强奸.
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24个基因座复合扩增系统的应用
目的 建立24个基因座的复合扩增系统,并对其性能指标进行评价.方法 选择24个基因座(包含D8S1179、D5S818、D2S1338、D18S51、D6S1043、D2S441、D3S1358、vWA、D19S433、D16S539、CSF1PO、Penta D、D22S1045、D13S317、D1S1656、D7S820、TPOX、Penta E、D10S1248、TH01、D12S391、D21S11、FGA等23个STR基因座及1个Amelogenin基因座);合成引物,上游端标记荧光染料;收集DNA数据库建库血痕及口腔拭子样本及相关11种动物样本,采用本文方法进行复合扩增;并对方法的准确性、灵敏度、稳定性、种属特异性、检材适用性、混合样本的检验等系统性能指标进行验证.结果 本文复合扩增系统对长保存9年的各种血痕检材完整分型成功率为100％,且均衡性良好,无非特异性扩增,口腔拭子的成功率为97.8％,灵敏度达125pg,对含有抑制剂样本,在血红素浓度≤600μmol/L,腐殖酸浓度≤50ng/μL时检出效果稳定,种属特异性好.结论 本文24个基因座复合扩增系统在DNA数据库建设中具有较好的应用价值.
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GoldeneyeTM 20A-M试剂盒在数据库建设中的应用
目的 研究GoldeneyeTM 20A-M试剂盒在DNA数据库建设中的应用.方法 针对血滤纸特性,优化不同条件血痕样品的取样量、扩增循环次数,缩短PCR扩增时间,以建立适合批量样品直接快速扩增检验的方法,并将其应用于1 200份数据库样品的检验中.结果 确定了批量样本检验的适取样量和扩增循环次数,建立了快速扩增反应程序,1 200份样品的直接快速扩增检验成功率为98.4％,批量检验92份样品(1板)从取样到电泳完成只需6h.结论 GoldeneyeTM 20A-M试剂盒的应用,免去DNA提取过程,方法简单、快速、获得信息量大,适用于DNA数据库建设的需要.
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DNA数据库建设中批量样本直接扩增检验法的应用
目的 研究批量样本直接扩增法在DNA数据库建设中的应用.方法 打孔机打取血滤纸600份,剪取芝麻大小的口腔拭子300份,放入96孔扩增板,加入扩增试剂后直接扩增,并对其中200份血滤纸用磁珠法,100份口腔拭子用96孔板Chelex-100法,经DNA提取后扩增检验进行比较.结果 血滤纸采用直接扩增法及磁珠法STR检测成功率均为100%;口腔拭子采用直接扩增法的成功率为95%,采用96孔板Chelex-100法的成功率为94%.结论 血滤纸和口腔拭子通过直接扩增均能获得很好的DNA分型结果 ,该方法 省时省力,可用于DNA数据库建设.
关键词： 法医物证学 DNA数据库 直接扩增法 磁珠法 Chelex-100法 -
DNA数据库9个STR基因座比中认定亲权的可靠性分析
目的 探讨Profiler plus试剂盒9个常染色体STR基因座用于DNA数据库中双亲亲缘关系比中结果认定亲权的可靠性.方法 在DNA数据库中搜集无关个体与已知母子(或父子)在9个STR基因座不排除亲缘关系的比中记录54例,组成54例假定的三联体家庭,计算其PI值与RCP值;应用Identifiler试剂盒加做到15个常染色体STR基因座,观察其排除情况.结果 在54例假定三联体中PI值低为178.598597(RCP=99.443203%),高为97318.085812(RCP=99.998972%).加做到15个STR基冈座后,54例假定三联体中每个三联体至少出现2个基因座排除,多5个基因座出现排除的现象,平均排除基因座数为3.52个.结论 Profiler plus试剂盒9个STR基因座用于亲缘关系鉴定可能出现错误结论;单纯利用RCP值来认定亲缘关系是不安全的;建议应用16个或更多的基因座建设DNA数据库和进行亲缘关系判定.
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DNA数据库建设中批量样品不同DNA提取方法的比较
目的 比较和选择自动化工作平台提取DNA的方法,并用于DNA数据库建设.方法 用手工Chelex-100法、Biomek3000自动化工作平台结合Chelex-100法及DNA-IQTM磁珠法对实验室收集的建库滤纸血样进行DNA提取,荧光定量技术对上述3种方法提取的模板DNA进行测定;扩增产物用3100基因分析仪检测并用基因分析软件分析.结果 手工Chelex-100法、自动化Chelex-100法及DNA-IQTM磁珠法提取的DNA模板浓度分别为0.593ng±0.131ng/μl、0.579ng±0.096ng/μl、0.447ng±0.056ng/μl;成功率分别为100%、98.9%、99.5%.结论 本文建立的自动化Chelex-100法可用于大规模DNA数据库建设.
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DNA数据库大样本量检验的自动化应用
DNA数据库建设是一个检验量大、持续时间长的项目.目前,大样本量检验主要以人工操作来完成,检验速度慢,易出现因人工操作造成的错误,且质量和准确性也受检验人员水平的影响.法医DNA自动化分型是近年出现的新技术,它具有检验量大,成本低,速度快,结果准确可靠,并具可重复性等优点[1].在DNA数据库大样本量检验分析和检验标准化方面,优势更明显.本文采用Biomek(R)2000-ORCA系统对建库过程中大样本量进行自动化检验,现报告如下.
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一种快速批量DNA检测方法
本文在硅珠法提取DNA的基础上,研究建立了一种快速高效批量提取、扩增、检测DNA的方法.现介绍如下.
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关于法庭科学DNA数据库若干问题的探讨
本文论述常染色体STR基因座的选取和数量对数据库直接匹配、亲缘关系检索、失踪人员检索等数据库检索应用可能带来的影响,指出大容量DNA数据库在应用中可能出现的问题,并讨论应用数据库时需要考虑的群体和群体内差异,以及Y染色体和线粒体DNA对数据库检索的辅助作用.旨在为今后建设和完善具有中国特色的大容量DNA数据库提供参考和帮助.
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云南汉族人群19个STR基因座遗传多态性
本文对中国云南地区汉族2 384个健康无关个体进行19个STR基因座遗传多态性调查.采用Chelex-100法提取样本DNA,用GoldeneyeTM 20A试剂盒进行扩增及检测.结果在19个STR基因座共检出266个等位基因和1246种基因型,其分布符合Hardy-Weinberg平衡定律(P＞0.c5).所调查的云南汉族人群19个STR基因座具有较好识别能力.
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DNA数据库样本数据分析中常见问题探讨
随着DNA软件的升级换代,DNA数据库数据处理起来更方便快捷,也可减少人为疏忽的发生.本文意在浅析数据库样本数据分析中常见问题的解决方法,以供同行在实践中借鉴.
