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肝细胞癌组织miR-139水平及其靶基因功能的生物信息学分析
目的 探讨肝细胞癌(HCC)组织miR-139水平及其临床意义,并对其潜在的靶基因进行生物信息学分析,为miR-139在HCC发病机制中的作用研究提供理论基础.方法 通过分析国际癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)HCC数据库,比较HCC组织与癌旁组织mir-139水平,分析不同临床和病理学(TNM)分期肿瘤组织mir-139水平差异及其与患者生存之间的关系.通过mirTarBase数据库获取经实验证实的miR-139靶基因,并利用DAVID生物信息数据库对miR-139靶基因进行Gene Ontology功能富集分析及Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes信号转导通路富集分析.结果 HCC组织mir-139水平(143.12±117.55)显著低于癌旁组织[(486.48±145.18)g,P＜0.01];随着TNM分期增加,癌组织mir-139水平呈逐渐下降趋势(Ⅰ期、Ⅱ期、Ⅲ期、Ⅳ期分别为161±104、124.1±132.5、128±128.5、91.08±77.88,P＜0.01);癌组织mir-139水平与TNM分期呈负相关(r=-0.2563,P＜0.001);随着肿瘤T分期的增加,癌组织mir-139水平呈逐渐下降趋势(Ⅰ期、Ⅱ期、Ⅲ期、Ⅳ期分别为159.8±101.8、121.3±129.2、135.3±131.5、72.57±48.52,P＜0.01),且肿瘤组织mir-139水平与HCC T分期呈负相关(r=-0.2586,P＜0.001),而与淋巴结转移(N分期)或远处转移(M分期)无显著性相关(均P＞0.05);肿瘤组织mir-139水平与患者生存呈正相关,将癌组织mir-139水平由低到高分为4个区间,其中位生存时间分别为16.05 m、16.12 rn、24.05 m和24.19 m,组间差异具有统计学意义(Log-rank,P＜0.001);miR-139靶基因功能主要富集于与启动子结合、RNA聚合酶Ⅱ介导转录和细胞内信号通路传递等分子功能上,相关信号通路主要富集于各种肿瘤相关信号通路、B细胞受体信号通路、Ras信号通路和T细胞受体信号通路传递等.结论 HCC组织miR-139水平降低,且与患者临床分期和生存呈负相关.miR-139靶基因功能显著富集于转录调节和肿瘤相关信号通路传递,提示miR-139在HCC的发生、发展中起到潜在的抑癌基因作用,并可能作为新的治疗靶点和预后标志物.
