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广州地区婴幼儿感染Noro病毒基因型的初步研究
目的 探讨广州地区婴幼儿腹泻中感染Noro病毒的基因型.方法 用Clustal W比对GⅡ组Noro病毒后,设计处于ORF 1与ORF 2连接点两旁两对简并引物,进行巢式RT-PCR扩增出目标片段,克隆于T载体上,测定序列,对ORF1与ORF 2连接点两旁序列和衣壳蛋白N/S区用Clustal W进行同源性分析,用phylip 3.65软件、邻接法构建进化树.结果 标本NVgz100、NVgz10成功扩增出ORF 1与ORF 2连接点两旁1 208 bp片段(相对于Hawaii virus,U07611位置为4476-5683),包含ORF 1的3′端RdRp的大部分基因和ORF 2基因的5′端的S区.对标本NVgz100、NVgz10与另一实验NVgz01(DQ369797)的1 208 bp进行同源性分析发现,3份标本与G Ⅰ组同源性为58%～61%,与GⅡ组同源性为74%～92%;将这3份标本与G Ⅰ、GⅡ组构建进化树,可发现NVgz100、NVgz10和NVgz01与GⅡ组Bristol等病毒密切相关,将NVgz100、NVgz10和NVgz01的衣壳蛋白N/S区与GⅡ组各基因型进行同源性比较,发现3份标本与GⅡ-4基因型Camberwell、Bristoh Grimsby同源性较高(92%～96%),与其他基因型同源性为70%～73%,以N/S区构建进化树可发现3份标本与Camberwell、Bristol、Grimsby、Lordsdale处于同一簇中.结论 本实验结果表明Noro病毒株以GⅡ组为主,病毒流行的基因型为与Camberwell、Bristol、Grimsby和Lordsdale等密切相关的GⅡ-4基因型.F
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2011年广州从化地区诺如病毒感染的分子流行病学研究
目的 探讨广州从化地区诺如病毒分子流行病学特点,分析从化地区诺如病毒的基因型.方法 收集2011年1-12月从化地区腹泻患者标本218份,采用荧光RT-PCR对临床标本进行检测,同时针对诺如病毒ORF2基因区段设计引物,随机选取5株病毒进行ORF2基因序列测定.用ClustalW和MEGA5.0等软件进行序列特性分析和基因型分析.结果 218份临床标本中检测到38份阳性标本,检出率为17.43%.阳性率较高的月份为9、10、11、12月,全年低检出率的时间为6、7月份(均为0),高检出率的时间为11月份(32%).扩增了5株诺如病毒ORF2基因序列,序列分析发现与GenBank中GⅡ组诺如病毒的相似性为76%～98%,与GⅠ组为43%~55%,其中与GⅡ-4组Farmington Hills、Lorsdale、ShanghaiSH52009等株同源性为94%~98%,确认该5株诺如病毒属于GⅡ-4型.进一步的氨基酸序列分析发现与f亚型2006b新变株同源性为97%.结论 广州从化地区诺如病毒主要流行季节是冬季,克隆的5株诺如病毒属于GⅡ-4f 2006b型.2011年从化地区以GⅡ-4f 2006b新变异株为主要流行株.
