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肠道病71型文献资料
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肠道病毒71型吉林分离株的全基因组序列分析
目的 对2011年吉林省肠道病毒71型(enterovirus type 71,EV71)分离株全基因组进行序列分析.方法 将手足口病伴发重症脑炎患者的粪便样品接种至Vero细胞,分离EV71；采用RT-PCR法分8段扩增全基因组序列,进行双酶切及序列测定；应用Mega5软件构建EV71系统进化树；通过DNAMAN7和DNASTAR7软件进行EV71分离株核苷酸和氨基酸序列的同源性比较；经RDP4软件对EV71分离株进行同源重组分析.结果 粪便样品接种至Vero细胞2d后,细胞出现圆缩、透亮、聚堆的病变现象；各PCR扩增产物经双酶切鉴定,均可见与预期大小一致的目的条带；经种系进化树分析显示,EV71分离株属C4a亚型,命名为EV71-JiLin-1 1-China;其与A、B和C亚型间核苷酸序列的平均同源性分别为22.44％、17.72％和11.96％,与A、B和C亚型间氨基酸序列的平均同源性分别为96.0％、97.2％和97.3％；全基因同源重组分析显示,EV71分离株的165 ～1 946和7 289 ～7 366核苷酸区有重组现象,分别源于分离自湖北的C4a-EV71-Hubei-09-China及马来西亚的B4-SB2864-SAR-00和C1-S18062-SAR-98.结论 2011年吉林地区流行的EV71为C4a基因型,为EV71基因特征及流行病学的研究提供了实验依据.
